形成城乡二元结构的一系列制度设计，不仅制约了国民经济的良性循环和健康发展，而且危及社会稳定乃至国家的长治久安，已成为一个复杂的、重大的*问题、经济问题和社会问题。“解铃还须系铃人”，系统解决这些问题，必须在科学发展观的指导下，彻底打破一切阻隔城乡交融、束缚农村发展的城乡二元制度框架，使农村居民在经济和社会生活的各个方面，享有与城市居民同等的权利和义务。
就业制度
虽然时下城市企事业单位招聘广告中，多数已不再强调城市户口，但不争的事实是，农民进城就业还是非常困难。绝大多数农民工获得的就业岗位主要是城市居民所不愿为的粗活、重活。地方政府对城市失业人员、下岗职工提供免费就业培训，对聘用下岗职工达一定比例的城市企业给予减免税、甚至财政补贴等种种优惠。但这些优惠政策并不惠及农村。对农村剩余劳动力，不仅少有实质性的优惠扶持，在就业观念及政策措施上仍存在对农村劳力的歧视现象，农村劳动力转移工作的基础薄弱，有关农村劳动力转移的政策法规还不完善，许多城市甚至还设置重重障碍，使得农村劳力的就业成本大大增加。
义务教育制度
在义务教育制度方面，城乡之间存在显著差别。首先是义务教育投资体制上的差别。尽管《中华人民共和国义务教育法》第12条明确规定，“实施义务教育所需事业费和基本建设投资，由国务院和地方各级人民政府负责筹措，予以保证”。目前农村中小学教师工资的发放，也已实行以县为单位统筹的措施。但实际上，城市义务教育经费主要是由地方财政负担，而农村义务教育却主要是由农民“埋单”。LoCaLhOst乡镇中小学教师的工资，必须先由乡镇财政统一上解，再由县财政发放，而农民上交的农业税费，则是经济欠发达地区乡镇财政收入的主要来源。许多村办学校的校舍维修费用，至今仍是由村委会负担，也即由村民集体承担。其次，在义务教育资源的分配上，城乡之间也存在显著差距。优质教育资源多集中于城市，农村学校的办学条件、办学经费、师资水平、教师工资待遇远不如城市学校。农村小学和初中学生的升学率也比城市低得多，造成农村青年总体文化素质水平低于城市，使农村劳动力在转移到农业外部从事非农就业的竞争中，处于非常不利的地位。
基础设施投资体制
基础设施建设投资体制的城乡二元分割是十分显著的。城市道路、桥梁、广场、绿化、水电等公共基础设施建设，通常是由市财政投资，从不用城市居民操心。而农村乡村间道路、桥梁、沟渠等公共基础设施建设，或广义称之为农村公*品的提供，通常需由农户各家各户摊派筹资建设。每年各级财政支出中，均有“城市维护费”专项开支，南京市每年的城市维护费支出，占全市财政总支出比重高达20%左右。直到今年南京市决定为农村、农民做八件实事前，农村基础设施建设投资（除农田水利工程外），长期以来从未列入财政支出计划之中。在以建立公共财政为目标的财政体制改革中，相对于“城市维护费”专项支出项，增列“农村发展费”并作为一项长期、固定的预算支出项，是否更加公平、合理呢？
融资体制
农村存款多、贷款少，农村金融资金存贷差的问题日益突出，严重制约了农村经济的发展。当前，金融机构普遍存在重吸储、轻放贷的现象，只要有足够的存款，上解到上级金融机构，就可以过上赢利的安稳日子。这种体制和做法，造成了金融机构从农村吸储多、放贷少，农村资金大量流向城市，农业和农民办的乡镇企业贷款十分困难。就全国而言，农村（农业和乡镇企业）从国家银行系统获得的贷款额度最高的年份也没有达到17%，而且从1995年以来一直呈下降趋势。这种状况与农业的基础地位不相称，也与农村各产业对国民经济的贡献份额不相称。上世纪90年代的大多数年份中，农村社会总产值在国内生产总值中基本上一直保持半壁江山的地位，但其获得的国家银行系统的金融资源却不到1/7。
产业准入制度
虽然，如今早已不存在计划经济时代那种“农村搞农业、城市办工业”的典型的城乡二元结构。农村办工业也早已不必局限于农机具制造或农产品加工领域，但这并不代表在产业准入方面已无城乡差别。最典型的是在土地资源的商业性开发利用方面，仍保留着对农村集体经济组织的严厉的产业准入限制。农村土地为农民集体所有，但农村集体却没有完整的土地发展权。尤其是没有将自己拥有的土地变更现有用途而获利的权利。为了维护国家的安全和公众的利益，对土地用途变更进行管制是必要的。事实上，任何国家和地区都会对土地用途加以规划和控制。但是，这种规划控制和用途管制的过度与错位，对农民集体土地发展权将产生重大负面影响。现行法律规定对非农业建设用地实行“先征后用”的国家垄断“批租”制度。这种对农村土地用途变更的严格管制，其结果是，一方面保护了城市房地产市场和开发商的利益，增加了国家和地方政府的土地收益。另一方面，却严重损害了农民的利益，压抑了农民集体土地的发展权。
税收制度
农业税与我国其他税种相比，很不合理。目前，江苏执行的是7%的农业税率，再加上20%的附加，每亩征收农业税及附加的理论税负约55元左右，而每亩地的净收益只在200元左右，若按工商企业增值税率为17%，若按工商企业增值税的计算方法，农业税折合成增值税率高约28%。若扣除活劳动成本，农业特别是粮油生产实际上是没有经济效益的，是亏本的。而农业税既没有起征点,也没有扣除额。另外，城市居民缴纳个人所得税有每月800元的起征点，月收入超过800元部分，才按章纳税。而农村居民却不能享有同等的待遇。2002年南京市农村居民全年人均纯收入为4579元，平均每人每月为381.5元。这还不是真正的现金收入水平，其中还包括相当部分自产自食的农产品的折算金额。其中也包括了农户作为简单再生产的投入资金。

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