改革开放以来，特别是党的十四届三中全会把发展商会等市场中间服务组织的作用，规范其行为写进党的决议后，我国的农产品行业协会组织得到了很大的发展，其作用和功能得到了有效的发挥。但是，和我国社会主义市场经济仍处在初级阶段一样，我国的农产品行业协会的发展还很不规范，其功能的发挥还受各种因素的影响。
（一）现阶段我国农产品行业协会自身建设中存在的主要问题
1、代表性不强
我国的农产品行业协会多是各地自行组建，跨地区的、全国性的较少。目前我国的农产品行业协会大约有40%的成员来自官员，它成为政府官员分流的一条主要渠道，因此与政府有着千丝万缕的联系。农产品行业协会本该代表企业的利益，是企业之间、企业与政府及企业与市场的中介桥梁，但是因处在政府的不合理管制下，并因政府官员把行政权力带进农产品行业协会，使农产品行业协会长期处于政府行政职能的附属地位，因此它代表的只能是政府和国企的利益。因此，我国的农产品行业协会在会员数量上和行业产量上就缺乏代表性，不能够代表本行业的利益，在国内、国际上统一行动。
2、职能定位模糊
目前的农产品行业协会，或偏重于管理而服务不够，或偏重于服务却不到位。我国的农产品行业协会多是伴随政府机构改革自上而下产生的，也有部分农产品行业协会是由企业根据自身需要自发组成，为会员服务，这符合农产品行业协会的发展方向。不可忽视的是，近年来，许多地方出现了政府部门“收编”工商联下属同业商会的做法，这反而是一种倒退。这种做法，既不符合农产品行业协会作为非政府组织的属性，也不符合我国政企分开的改革趋势，更不符合wto的公平贸易原则。locaLHOSt
3、人才缺乏
从目前我国农产品行业协会的人才结构来看，基本以离退休和兼职人员为主。真正属于以协会为工作岗位，专业从事协会工作的人员很少。农产品行业协会人员的年轻化、专业化、知识化更谈不到。据1999年上海市有关部门对部分农产品行业协会的问卷调查，被调查的农产品行业协会中专职工作人员来源主要来自离退体和内部借调，分别占总数的48.25%和31.84%，不足20%来自社会招聘、分配、主管部门任命或其他途径；协会工作人员数量在1-5人或6-10人的分别占总数的52.2%和38.97%，对专职工作人员的设置期望1-5人或6-10人的分别为32.41%和50.93%，与实际情况基本相符；工作人员中，在本行业工作10年以上的多达79.61%，30年以上的占总数的49.7%，在本协会工作5年以上的有46.77%，具有大专以上学历的为58.12%。这些统计数据，大致描绘了目前农产品行业协会专职工作人员的基本情况，存在的主要问题是工作人员来源没有保证、离退休人中过多，影响协会工作的规范和进一步发展。
4、经费投入机制不健全
由于覆盖面过窄,且非主流会员企业缺乏动力,因此使在协会内部筹集资金变得十分困难。国家财政部门又缺乏对农产品行业协会的投入机制，给协会多少财政资助，完全取决于政府职能部门对协会的重视程度。社会投入机制也不健全。会员单位除了交纳会费外，是否要给协会资助以及资助多少，常务理事单位和理事单位是否要比普通会员多给协会一些资助，协会可否接受社会上的其他捐助，尚无政策对之作出规定。投入机制不健全使许多农产品行业协会的办公场地、活动经费和人员等无法落实。在资金紧缺、管理资源匮乏的条件下,农产品行业协会通常很难提供充分的信息服务和开展集体协调活动。
（二）现阶段农产品行业协会所面临的外部环境问题
1、政策支持不够
改革以来，尤其是进入深化改革阶段以来，我国政府一直对农产品行业协会采取鼓励和努力培植的做法。中央政府从政府机构改革入手，通过体制内转型的方法，已经在组织上基本将政府对行业的直接部门管理转移到通过农产品行业协会的间接管理；尤其是国家经贸委，不但一再制定鼓励农产品行业协会的政策，而且还进行了农产品行业协会改革的试点，以试验其全面推开的可行性。但现在政策还存在许多制约农产品行业协会健康发展的因素。表现在：（1）政府在鼓励农产品行业协会发展时，更多的强调了农产品行业协会对政府的辅助和保护国有企业利益的作用，而忽略了农产品行业协会的生命之源乃行业内所有企业的共同利益。因此政府原有的许多不合理的管理职能向农产品行业协会转移，而且利用农产品行业协会维持行政性行业垄断，反而会引起广大企业的反感和抵触；（2）现有的社团管理法规，把农产品行业协会与其他社团组织混同管理，忽略了农产品行业协会对建立新的市场秩序的独特作用，同时延缓了有关农产品行业协会的专门立法进程；（3）现有的双重管理体制，尤其是通过行业主管部门对农产品行业协会行政合法性和*合法性进行严格的限制，如成立审批制度和在农产品行业协会内建立党的基层组织，目的在于防止社会组织的快速发展，从而危及政府的社会合法性，这实际上严重否定了农产品行业协会的自治性质，使农产品行业协会无法履行其契约原则和民主原则，难以真正成为会员企业所信赖的组织；(4)对农产品行业协会课以税收和鼓励其经商办实体，实际上混淆了农产品行业协会的非营利性质，造成它的功能弥散，很可能使其由会员企业的利益代表转变成企业的负担。
2、法制不健全
农产品行业协会管理既有社会合理合法性问题，也有*、行政、法律合法性问题。目前，国家对农产品行业协会管理的法律法规性文件，主要依据是《社会团体管理条例》（1998年10月），和原国家经贸委下发的一些文件。主要包括：《关于选择若干城市进行农产品行业协会试点的方案》（1997年），该试点工作在该年年底，未按计划完成；《关于加快培育和发展工商领域协会的若干意见（试行）》（1999年10月）；《关于加强农产品行业协会规范管理和培育发展工作的通知》（2002年4月）。
《社会团体管理条例》，对社团管理以考虑*、行政性因素为主；分类过粗，把经济类农产品行业协会与其它社会团体等同起来管理，同样

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