由于我国农民专业合作经济组织的发展尚处于起步阶段，它的发展还有许多不成熟的地方。这既有内部因素，如机构设置不够合理、管理制度不够完善等；又有外部因素，包括要正确理顺与农村其他组织的关系等；既有宏观的原因，如缺乏相配套的法律法规和政策；也有微观的原因，如内部活力不足、民主氛围有待加强等。因此，需要全面认识农民专业合作经济组织这一新生事物，也需要更多的人士献身到这项伟大的事业中去。现在，我国社会主义市场经济体制已经初步确立，这为农民专业合作经济组织提供了良好的外部环境。下一步，就是在农村改革与发展的进程中，遵循自然和经济发展的规律，积极借鉴国内外有益的经验，稳步推进农村专业合作经济组织健康发展。
1.发展农民专业合作经济组织必须从我国农村的实情出发
我国12亿多人口，9亿为农民，农民约占全国人口的80%。这是我国最大的国情。中国是一个发展中国家，地区间发展极不平衡，一部分地区农民的温饱问题还没有解决，农业生产的专业化、市场化发展受到较大的限制；其次，农村人口的文化素质不高，文盲半文盲数量较大。当务之急，是加大基础教育力度，努力改变目前这种现状；再者，一部分先富起来的农村能人或专业大户要真正意识到，只有周围的农民都富裕起来，整个经济发展水平才能上一个新台阶。先富起来的农民通过兴办专业合作经济组织吸引广大农民，实行自我服务，自我管理，自我发展，自下而上，循序渐进，已经在一些地区的农村形成了一种气候，成为推动农村经济发展的重要组织形式。在看到农民专业合作经济组织的发展存在着艰巨性和长期性的同时，也要看到它的发展又孕育着巨大希望。LOcalhoSt
此外，从实地考察和中外合作社发展比较来看，兴办农民专业合作经济组织也必须具备一定的条件，这些条件主要是：市场发育程度、专业化生产水平和规模、农民参加合作的积极性，还要有一批热心合作事业的带头人以及当地政府的引导和扶持等。
2.发展农民专业合作经济组织还应该考虑到：一是组织类型多样化。很多地方是利用和依托了目前农村丰富的组织资源，发行和兴办专业合作经济组织，类型可以多种多样。二是民办公助。这是由我国的经济体制所决定的。目前我国正由计划经济向社会主义市场经济体制过渡，各种利益关系相互交错，也还存在一定程度上的部门之间的制约，单靠农民自己的力量办专业合作经济组织，有许多困难。因此，在专业合作经济组织的起步阶段，需要政府的正确引导、扶持和保护。三是服务的多样性。由于各地经济发展程度不一样，农民的需求不一样，专业合作经济组织的经济实力不一样，服务的内容和手段也是多种多样的，不要强求一律。四是脆弱性。从宏观环境看，由于我国目前还没有《合作社法》以及相关的配套法规，也没有系统的扶持政策；从微观组织看，由于专业合作经济组织处在初步发育阶段，整体实力不强，人员素质也不太高，如何管理也缺乏经验等。因此，它的发展还需要一个较长的历史发展过程。
3.根据我国国情以及农民专业合作经济组织的特点，现阶段发展农民专业合作经济组织的总体思路是：以市场需求为导向，以家庭承包经营为基础，以增加农民收入为目标，发挥资源优势，培育支柱产业，在巩固试点成果和总结各地经验的基础上，稳步地办好一批农民专业合作经济组织，充分发挥农民专业合作组织在农村社会化服务体系中，在农业产业化经营中的示范作用，自下而上、循序渐进、实事求是地引导专业合作经济组织健康发展。根据这个发展思路，结合各地的具体情况，我们要引导农民专业合作经济组织按照合作制和股份合作制的一些基本要求，逐步向多模式、网络化、区域化的方向发展。