“三农”问题即农业问题、农民问题、农村问题，不仅是事关我国实现现代化的全局问题，也是事关建设小康社会和社会主义市场经济发展大局的问题。怎样合理征收农业税是解决“三农”问题的关键环节之一，因此，面对现实，彻底改革我国农业税制度势在必行。
一、现行农业税制存在的问题
1.农业税征收制度与实际严重脱节
在纳税人方面，农业生产合作社、有自留地的农民早已成为历史，实际上农业税纳税人已不再是税法规定的具体纳税义务人了；在税率方面，平均税率和纳税人适用税率与我国1958年颁布实施的农业税率已经相差甚远，到了说不清道不明的地步；减免优待方面的规定在实际操作中已面目全非；在农业税征收方面，折征代金和实物征收并行造成负担不公。
2.农业税征收基础变化很大其表现在：(1)计税田亩。我国农村土地面积情况很复杂，再加上农田水利建设、工业用地、滩涂改造等多种原因，有税无地、有
地无税的现象比比皆是。而农田地亩是农业税的征收基础，农田地亩不清，农业税根本无法征收得清楚明白。(2)按常产计税。常产的含义与高估常产在实际操作中已是两码事。因此，农业税已起不到鼓励增产的作用。
3.农业税的地位已经降至历史最低点。农业各税占税收收入的比重从1950年的39％、1951年的29％、1952 年的28％降至1978 年的5.5％、1988年的3.1％，再到2001年的不足3％。不仅如此，农业税的征收已经不再是粮食生产和农村农民向城市居民、工人提供粮食的主要调节手段。
除上述问题外，更为严峻的是现行农业税已成为乱收费的载体。LocaLhOSt各种附着于农业税的税外收费，名目繁多，使农民负担加重。这方面笔者难以提供准确的数据，仅从2000年安徽全省实行农村税费改革试点当年取得的成就来看： (1)全省征收的农业两税及附加，比改革前的农业两税、乡统筹、村提留减少了23.6％，加上取消的屠宰税、农村教育集资，农民总的负担下降了31％；(2)农民人均负担从109.4元减少到75. 5元，减少了33.9元；(3 )农民人均“两工”(农村义务工和劳动积累工)负担由29个减少到20个；(4)省政府取消了各种行政性收费、集 资、摊派和达标项目50多种。由此可见，农业税负担只是农民负担的一小部分，更有乡统筹、村提留、集资、摊派、基金等数不清的税外收费项目，还有所谓的“两工”负担。据有关资料透露，全国农民的农业各税负担一年仅三四百亿元，可税外收费等负担高于税收负担三倍多，一年达1200多亿元。所以，现行农业税似乎成了乱收费的载体。
二、我国农业税制应该怎么改
用现代税制取代传统税制，是历史的必然。
第一，20世纪下半叶，新中国成立后的一个相当长的时间里，中国依然是农业社会为主体，所以，农业税依然有着生命力。改革开放以后，特别是上个世纪90年代中后期起，计划经济逐步被市场经济所取代，中国传统的农业社会形态发生了巨大变化，农业税这一农业社会的伴生物表现出来的不适应性越来越明显，越来越突出。目前，正在兴起的农村税费改革就是为了解决这种不适应性。
第二，进行农村税费改革是为了减轻农民负担，从而保护农民利益和保护农业生产力，在*上还有增强农民群众对党和政府信任、拥护的作用。但是，如果没有彻底改革的农业税制作基础，农村税费改革的成果就难以巩固。
第三，现代市场经济要求有与之相适应的税收制度。现代市场经济的发展突出地表现为，产业相互渗透，甚至相互交叉，传统社会的产业分工被取代，产业之间的界限被打破。工农商联合体只是从一个侧面说明了产业的粘连。这样，那种按产业、按部门设置税种的传统做法，显然已经不适应现代社会化大生产的需要。过去，工商业有工商业税，农业自然也有农业税。现在工商业界限已模糊，“工商业税”作为一个税种已被取消。自然，农业税也没有存在的必要。
那么，现代市场经济税收制度是什么？显然就是以增值税为主体的流转税和以所得税为主体的收益税，以及其他税种相配合的复税制体系。主张用现代市场经济税制取代农业税，并不意味着对农业不课税，而是主张用增值税、所得税等取代农业税，实现农业税的彻底改革。
三、国外的农业税收制度值得借鉴
世界各国对农业、农民的税收制度各不相同，但大部分国家已经没有专门针对农业、农民课征的农业税税种，国外的经验为我们提供了有益的借鉴。
1.对农业和其他产业一样实行统一的税制，不专门设置农业税。
2.对农业、农民比对其他行业有更多的税收优惠。
3.把对农民、农业的课税纳入现代市场经济税制体系，即纳入增值税、所得税等课税制度中。
当前的农村税费改革是一项综合性系统工程，需要不断深入探讨。本文认为，农村税费改革试点中确定的8. 4％的常产负担值得商榷，因为从事工商业的小规模纳税人增值税税率只有6％和4％，而且不少人认为这6％和4％的负担过重，那么农民的负担岂不更重了。但是，再降低农民负担，目前恐怕是困难的选择，因为乡镇政府的财力需要保证。所以，笔者主张转变农业税改革思路，要从公平着眼，即不问工农商，税负都一样。