农村税费改革坚持实行“多予、少取、放活”的方针，通过减免涉农税收、实行农业税附加、治理乡镇政府乱收费行为、增加中央和省转移支付、乡管村财等方式，基本实现了村村减负、户户受益，调动了广大农民的积极性。应当承认，“减轻”农民负担成效显著。但是，从“规范”的角度看，现行农村税费改革“有破有立”，“破”的成分多，“立”的成分少，影响农民负担的一些深层次问题并没有得到解决，主要表现为：
一是公共支出责任（事权划分）的如下四个基本关系并没有理清：政府与市场的支出责任、各级政府（纵向）的支出责任、政府各部门（横向）的支出责任、村民委员会职能定位。
二是公共收入权限（财权）的如下四个主要问题并未澄清，首先是涉农税收，减免农牧业税后，农村到底是走向一个“免税区”，还是一个“税收优惠区”，抑或是应该建立与城区相统一的税制，理论上没有说清楚，实践中更是存而不论，也没有一个明确的说法；其次是涉农收费，村集体是群众性的自治组织，不是一级政府，“三提”收入权归村集体，提取的标准应当由村民大会民主决定。农村税费改革取消“三提”，代之以农业税附加，并实行村财乡管，尽管强化了管理，但违反了“费”的经济属性；取消统一规定的劳动积累工和义务工，村范围内的筹资筹劳实行“一事一议”，尽管回归了其经济属性，但在操作管理上存在问题；再次是涉农价格，承包费就其本质来说是租，是土地等生产要素使用权的价格，经常出现的问题是发包人未经承包人同意，单方面提高承包费或收回标的物；最后是公共收入的归属与管理方面，各级次政府间收入权限的划分、乡镇政府与集体间收入权限的划分尚待规范。LocaLhosT
三是公共预算平衡的三大问题没有解决：县乡镇财政平衡问题、村集体财务、农村中小学财务债务问题。
四是实施机制的两大问题亟待完善，首先是公共机构设置、乡镇财政预算和村财务预算编制与执行以及决算监督中的民主表达机制问题；其次是公共机构设置问题、乡镇财政预算和村财务预算编制与执行以及决算监督中法治约束缺乏或失效问题。
因此，可以说，我国农村税费改革目前只是处于“减轻”阶段，并没有实质性地进入“规范”阶段，要长期“稳定”农民负担就必须“深化”农村税费改革。
如果仅从字面上理解，农村税费改革只是农村政府公共收入的改革，而不是政府公共支出的改革，也不是政府行政管理的改革。但是，如果只停留在这样一个认识层次上，改革显然是无法“深化”的，农民负担是无法“规范”和“稳定”的。事实上，农村税费改革是一项系统工程，需要多方面的改革配套进行，必须统筹兼顾转变县与乡镇政府职能、县与乡镇政府财政收入的减少、保证提供均等化的公共服务、乡镇基层机构改革和中央与省政府的财政转移支付，在此五者之间寻求平衡，并努力实现县乡村财政财务的收支平衡、财政财务的相对独立性、财政财务的民主化和法制化。换言之，从财政的角度看，要认识到“深化”农村税费改革的关键就是要全面而正确地理解农村公共财政，建设农村公共财政、分级财政、民主财政、法制财政。
（一）建设农村公共财政。从经济职能看，市场经济中，市场应该在资源配置中起基础性作用，政府的作用是弥补市场，而且，政府的作用应该是中性的，应该对市场主体一视同仁，不扭曲市场主体的选择行为，即“公共”的财政。主要是如下三个方面：
１、规范公共收入形式。市场经济体制的“税”是公共商品的成本或价格，其设计应体现“中性”原则，兼顾效率和公平。要调整国民收入分配政策、统一城乡税制，使城乡居民享有平等的税收权利与义务，体现国民待遇原则。“费”是准公共品的价格，收费项目的确定应体现“受益原则”，有服务才能收费，应坚决杜绝有收费无服务的现象。行政性收费和事业性收费标准应体现“补偿”原则，对农村中的婚姻登记、畜牧防疫、农民建房、子女上学等收费，为规范收费主体的权力，应明确规定收费项目和标准。经营性收费标准遵循“盈利原则”，但政府应该进行管制，约束其利润空间，还应以价格听证会制度约束经营主体利用垄断性地位抬高收费标准，以及防止把经济行为转变为行政行为以行政手段加以干预等，如水费、电费等。
２、明确公共支出范围。按照市场经济要求明确划分政府和市场的职责范围，使政府部门的职能限定在为农业和农民提供道路、电网、饮水、通讯等基础设施的建设，农业技术研究与指导、良种培育与市场开发及提供供求信息，社会治安和教育服务等“社会公共”需要上。
３、建设规范的公共机构。综合考虑对上工作衔接和本地实际的需要，以“小政府、大服务、大社会”为宗旨，精简机构，本着“行政单位、事业单位、经营单位”三分离的原则，保留必要的行政单位；对事业单位实行差额预算管理，并对其运行进行规制；经营单位坚决推向市场，让其自主经营，自负盈亏。
（二）建设农村分级财政。从行政管理角度看，公共商品的受益范围是有幅度的，管理机构的管理能力也是有幅度的，因而，基于效率的考虑，公共财政管理也是分层次的，应该是“分灶吃饭”。
１、收入的划分。税收收入的划分主要应体现效率原则，兼顾税基的流动性和税收征纳成本，应实行城乡统一税制，在此基础上划分各级政府收入。同时，税收收入的划分还应有利于实现地方财政相对自主性，为地方政府的财政努力提供诱因机制，加强其自我约束的行为模式。收费项目的确定主要体现受益原则，收入的归属则实行属地原则，行政性收费归各级次政府所有，事业性收费和经营性收费分别由事业单位和经营单位所有。
２、支出的划分。按照公共商品提供的层次性原理和体现工业反哺农业的政策支持，构建农村公共商品提供体系：其一，全国性公共商品，应当纳入中央财政预算内统筹；其二，按照工业反哺农业（体现城乡间公平）的原则对某些地方性公*品给予资助，如卫生防疫，环境保护等，促进农村可持续性发展；其三，在具有“准政府”性质的村集体成为农村真正的自治组织后，通过村民代表大会民主地决定公共项目的可行性和服务费

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