出于减轻农民负担和财政供养压力等原因，许多地方在农村税费改革中，对村、组进行了大规模的合并，甚至在一些地方还取消了村民组长的设置，由村干部分片包组。
例如，湖北省阳新县在税费改革前的2001年有村委会449个、村民小组3987个；到了2003年底，村委会减为312个、村民小组减为2544个，平均每村人口达2582个人，每组317人。又如湖北南漳县在2002年合并村组中，村委会由原来的521个减为274个，几乎减少了一半；村民小组由3207个减为1446个。尤其是该县李庙镇，村民小组一下子由332个减为71个，基本上是4－5个村民小组合并为1个小组。不仅湖北省在农村税费改革中大规模撤并了村组，其他省份也同样进行了一定的村组合并。根据民政部的统计，我国农村村委会1999年底为80.1万个，以后逐年减少，到2004年底只有62.5万个。5年间村委会数减少了近1/4。[1]在最近几年内，村组合并力度之大和合并速度之快，是令人吃惊的。像这样大规模合村并组，势必会对村级换届选举和村级治理带来新的问题。如所周知，农民一般的日常生活很少会超出"自然村"的范围，"自然村"是在农民长期的生产、生活中形成的。有的地方一个村民小组就是这样的一个"自然村"，有的地方几个村民小组形成一个"自然村"，但是，这样的"自然村"一般要比一个行政村的范围要小，基本上少于1000人。如果说"自然村"是农民的"熟人社会"的话，一两千人的"行政村"可以算得上是"半熟人社会"。"行政村"大多是由人民公社时期的"生产大队"直接演变过来的，农民之所以会认同"行政村"为"半熟人社会"，是由于长达二三十年的人民公社体制造就的集体主义新传统的缘故。LocALhost
虽然后来"撤社建乡"以后，"生产大队"逐渐改为"村委会"，"生产队"改为"村民小组"，并渐次推行村民自治制度，但是，直到农村税费改革之前，村委会和村民小组的撤并还十分缓慢，在大多数农村基本上仍然维持着原来的"生产大队"和"生产队"的范围。广大农民生活在这样千万个"熟人社会"和"半熟人社会"之内。
农村税费改革带来的大规模村组合并，一下子打破了农民的日常生活界限，农民不可能在较短的时间内适应村组合并的新范围，他们的日常交往一如既往地局限在原来的界域内。由于各个村组之间原来的土地、山林等资源丰歉不均，债务和集体经济也不尽均衡，合并后的村组为了避免矛盾，许多地方采取"一村多制"的方式进行治理，即涉及到土地、债务这样农民敏感的经济利益问题依然维持原来的村组格局，不再打乱重分。这样一来，虽然形式上进行了村组合并，但是农民的日常生产、生活乃至地缘认同却未随之改变。
在这种情况下，合并村组的治理必须注意到原来各个村组之间人事的平衡，即，甲村与乙村合并后，如果甲村的人出任村支部书记，乙村的人必须出任村委会主任。如果是几个村合并，这种人事上的平衡将更为复杂，必须照顾到原来各个村组的利益，否则很难开展工作。
可是，在村委会换届选举中，一般都是采取"海选"的办法进行选举。这种选举的结果，未必会如愿达到以上人事均衡的目标。很显然，原本人数众多的（甲）村的人选极易当选，而另一个（乙）村由于人数少很难有人当选，这样经过民主选举产生的村委会就难以正常开展工作，因为那个没有人当选的（乙）村往往不配合新的村委会的工作。甚至还会出现：人数少的村因为当选无望而不去参加（或抵制）选举，使得新的村委会难以顺利产生。这是村组急遽合并引发的新问题，需要引起高度的重视。
对于这样合并的村组，建议采用"组合竞选"的办法进行村委会选举。"组合竞选制"是辛秋水先生最早提出并在安徽一些农村实验的一个村级选举制度。[2]这一选举方式，首先也是由广大村民通过"海推"的办法确定村委会主任及成员的人选；然后，由两个或两个以上参加正式竞选的村主任候选人各自在村民"海推"的人选中挑选人员，组成自己的竞选班子，参加最终的村委会角逐。每个村主任候选人为了使自己"组合"的班子能够当选，他都必须考虑到各种因素的影响、各种力量的分布（包括工作的合作、人员的分工、人事的均衡，以及家族、村民小组和各种地缘的联系等），既要争取更多的选票，也要便于以后的工作。"组合竞选"能够克服上述"海选"的不足；对于一个合并不久的村组，更宜采取"组合竞选"。
另外，关于村民组长的设置，我们认为，不宜撤销。其一，因为村民组长一般是由村民小组的农民真正民主推选出来的，这些人在村民小组"说话办事都令人信服"，具有较强的群众基础或较高的群众威望。换言之，他们的权力更多地来自当地的（民间）社会，是农民日常生活在那个社会的"权力文化网络"的自然代表。这些人对于维护一个地方的稳定、调解民间的纠纷、通过他们将国家的政策落实到农户，都具有乡、村干部或各种正式组织无法替代的作用；因为即便是村委会干部，在农民的眼里，依然（习惯地将他们视作，而且事实上往往）是"国家"的代表。切不可忽视村民组长在村级日常治理中发挥的重要作用。虽然撤销了村民组长的设置，从表面上看（近期）可以减少村级的运转成本，一旦某个村民组发生重大的纠纷或者突发性事件（例如山林起火等），又岂是三四个村干部所能应付得了的？由此造成的损失可能比减少的运行成本更大，更加不可估量。
其二，如果没有村民组长的日常作用，所谓的村民自治更可能徒有虚名。村民小组历来就有"自治"的传统，村民自治的发展必须建立在村民小组的基础上，村民小组在一定程度上恰恰是村民自治的生长点或基础。尤其是那些农民大量外出打工的村庄，日常的村级治理更加依赖于村民小组和村民组长的作用，所谓的"村民会议"或"村民代表会议"往往难以召开；如果再失去了村民小组和村民组长的作用，村民自治将更加虚化。撤销村民组长的设置，只会强化村级治理的集权化、行政化倾向，不利于农村村民自治的发展。