农村税费改革拆除了农村附加收费的平台，大大减轻了农民负担，但乡村财力匮乏和提供公*品能力不足的问题却日益凸现，乡村治理结构亟待改革。
－－乡村治理结构改革势在必行
我国从１９９４年通过分税制改革形成中央和地方权力的重新划分，总的态势是财权上收，事权下放，造成乡村公*品的过度供给（各个垂直部门为做工作、实现政绩而布置下来的各项任务）和严重短缺（该干的事没有钱干）并存。由于自身利益驱动，政府部门最终把负担转嫁到农民头上，造成农民与集体和地方政府之间的纠纷。
据国家统计局提供的数据，２００３年我国共有乡镇３８０２８个，其中镇１９５８８个，乡１８４４０个，村民委员会６７８５８９个。据中编委提供的数据，到２００２年底，全国乡镇行政编制为１１５万人，事业编制为８４１万人，每个乡镇吃“财政饭”和“事业饭”的人员平均在２３０个以上。另据有关资料，全国村干部人数３８０万，村民小组干部人数更多。据农业部调查，到１９９８年底，全国乡级净债务１７７６亿元，乡均４０８万元；村级净债务１４８３亿元，村均２１万元；全国农民人均负债３７４元。严峻的现实说明，乡村治理结构的改革与完善将是我国乡村*、经济和社会方面的焦点问题。
－－乡村治理结构改革走向引发争议
目前在深化农村改革中，如何改革乡村的治理结构引发了众多争议。
以中国人民大学农业与农村发展学院院长温铁军为代表的观点认为，按现代制度来规范传统村社，必然产生政府与分散的、剩余太少的农民之间交易费用太高的问题……无论集权或民主，都对小农经济作用不大，除非把小农经济基础彻底改变。locALhOsT
以原湖北省监利县棋盘乡党委书记李昌平为代表的观点主张国家政权从农村撤退，“官权退、民权进”。乡镇体制改革和乡村社会发展的终极目标是乡镇自治。一是官方权力退出乡村社会，还权于民，让民间自治；二是乡村社会的最高权力归农民，让政府和部门官员真正成为农民的公仆。有些学者从另一个角度认为，乡镇财政收入不足，因此没有必要设立独立一级政府，应将目前的乡镇一级政府变为县一级政府的派出机构。
还有一种观点认为，我国农村并无脱离国家介入的传统，今天政府在乡村土地制度、计划生育、税收、教育等方面都介入极深，因此乡村自治的想法是极不切合实际的。
中国社科院农村发展研究所所长张晓山表示，在目前形势下，乡镇作为一级政府仍有必要存在，在县与村之间没有一级政府不利于农村发展。关键是乡镇机构要能真正为农村发展服务，为社区群众提供高质量的公*品。有效率的乡镇组织应有利于上情下达和下情上达，能动员社会资源，扩展市场，传播信息，促进政府与社会沟通。总之，乡镇基层政府的走向应从全能型、多功能的政府转向有限功能的政府，从自上而下、行政指令式、搞运动、围绕中心工作转的工作方式和治理模式，转向群众参与的、自上而下和自下而上相结合的工作方式；从行政管理型的政府转向自治程度较高的政府，从统治型政府转向服务型政府。而村委会则应成为受到有效制衡的真正的群众性自治组织。
－－建立乡村公共财政体制
张晓山认为，如果乡村基层组织的走向应是有限功能的政府，那么应当着重关注三个问题：一是上级布置的任务是否减少，二是传统的管理模式能否改变，三是有无其他类型组织来接手乡村组织的部分功能。尤其值得一提的是，乡村公共财政体制的建立与乡村治理结构的改革是互相联系、互为因果的，建议从以下几方面来改变传统的乡村治理模式：
首先，确立和实施省以下一直到乡镇和行政村的分税制，规范转移支付，使各个政府部门的职权、责任和财政预算相匹配，使基层组织能公正地履行自己的职责，而不是追逐本部门利益。
北京市房山区的东南召镇靠近河北省的涿州市，共有人口１４８００人，１４个行政村，３．３万亩耕地，经济结构以农业为主，二、三产业不发达，而且集体债务沉重，集体企业欠款本息合计达６０００多万元，上级拨付的一些专项款也几乎都被挤占和挪用，严重影响了政府职能部门的正常运转。２０００年实行新的财税体制，统一核定每个乡镇的基本需求，然后实行区与乡镇之间的收入分税，现在取得明显效果，不仅财力增加，基本需求有了保障，而且“吃”“挤”专项资金的情况得到扭转。
其次，建立有效的制衡机制，提高乡镇与村两级组织的自治程度。乡镇政府和村委会的职能是否能真正改变，要看其行为能否受到有效制约，必须限制和规范这些组织使用行政权力的范围。以前在各地普遍推行“村账乡管”，现在则进一步提出“对一般乡镇，要大力推行‘乡财县管’财政管理方式”。通过制度创新，在议政和行政之间建起一种民主制衡的机制。由村代会对执行机构（村委会）进行有效的监督和制约，防止违背民意、权力腐败等问题的发生。如果这种体制能够成功，就可进一步把乡镇人民代表大会做实，由它来监督和制约乡镇政府的决策和行政。只有在乡村两级建立起有效的制衡机制，农村的公共财政体制才能真正落实，民主决策、民主管理、民主监督才不至于流于形式，农村基层才能真正做到“有人办事，有钱办事，有章理事”。
第三，政府提供政策保障来促进农村多元化的组织结构，为农民的社会资本和组织资本的发育创造条件。要使政府真正成为对人民负责的政府，就要改变政府的职能，使其财力、人力、物力真正用于公共服务领域，造福于广大农民群众．还要建立有效的监督机制、群众参与机制，大力发展农村的非政府组织、社区、农民的合作社及协会等，提升农村弱势群体的社会资本和组织资本。不断提高农民的组织化程度，提高群众对公共事务的参与度，使他们对行政管理机构的监督更为有效，再分配更为透明、公平，最终也将有利于增加产出、提高效率。