国家下拨用于支农的各项专项资金对于促进农村发展、加强农业基础设施建设、提高科技含量、增加农民收入、改善农村生产、生活条件，提高农民生活水平起到了很大作用。通过几年来对支农专项资金的审计检查发现，这些资金在使用中仍存在不少问题。
存在的主要问题审计发现，支农专项资金存在的问题主要包括：地方财政配套资金不足，甚至有的搞虚假配套，有的是将配套改为自筹，把地方配套资金转移嫁到农民身上，加大农民义务工比例，增加了农民负担；财政资金在拨付过程中滞留时间长、金额大，特别是在县一级财政问题更为突出；随意改变项目，个别项目因资金拨付到位晚，过了施工季节，原项目已不适宜，不得不改项，错过了发挥效益的机遇；挤占挪用资金，有的用于平衡预算、有的用于弥补行政经费、还有些用于建房买车等；有偿资金回收率低；主管部门擅自提取或收取项目管理费；财务管理不够规范，执行财政资金报账制程序上、手续上不严谨，存在大额提现问题；票据管理不规范，存在用大量白条或用当地税务部门代开正规票据弄虚作假，套取专项资金，侵占国家资金。
应采取的对策专项资金的管理和使用要列入政府主要领导和项目单位“一把手”目标责任制。签订责任状，制定专项资金考核量化指标，有计划地连续性考核，不达标的要追究其责任；应实行专项资金公示制。包括立项时的公示、工程完工时的公示、征求所在单位及所在地群众意见的满意度公示，增加透明度。还要实行工程招投标制度。通过公开招标，选择有资质的单位共同投标，实行市场竞争机制，以花最少的钱做最好的工程。在财务上可实行专项资金的报账制。LoCALHost实行报账制可以规范财务手续、工程验收手续、资金拨付手续，做到各部门之间互相监督、互相制约。对物资采购要实行专项物资政府采购制。通过集中采购，缩小中间环节，减少中间费用，节约资金。
另外，还要加强监督，要实行经常性审计制度，加大上审下和交叉审计的力度。审计实践表明，这样做，可以引起被审计部门、单位领导的高度重视，同时，对好的经验和做法可以得到推广；对审计中发现的问题，既能够有利于摆脱当地政府的干预，又能够摆脱因审计对象熟悉而带来的各种因素的影响，还便于统一口径和标准来恰当处理审计中发现的问题，从而保证专项资金审计结果的真实性。
上级应统一拨付检查专项经费。由于市、县行政经费不足，而专项资金检查不光是检查各级主管部门，大量的工作在乡镇和项目单位上，这样就需要足够的经费来保障这项工作的顺利开展。同时，审计、纪检、财政部门应做好相互协调，杜绝对同一项资金、同一单位的重复检查。要加大处罚力度。对违纪问题应根据有关规定进行处罚，审计、财政、纪检和监察部门应相互协调，对发现的严重违纪问题既可借助纪检、监察部门直接对责任人进行处理。同时，对那些严重违纪问题，进行通报批评，对损失浪费严重问题进行公开曝光，对重大案件要移交纪检、监察、公安等部门进行处理。特别是《中国*党党内监督条例(试行)》、《中国*党纪律处分条例(试行)》的实行，更有了充分依据；再者就是实行奖励惩罚制度，对管理和使用混乱的在今后的立项上予以削减，对开发工作好的给予奖励。还要加强后续执法整改力度。以往在专项资金的检查上只注重对项目资金的监督检查，而如何督促有问题的单位去整改落实监督较少。因此，应通过经常性后续检查、追踪落实的方法，督促审计意见和决定的落实，保证专项资金真正发挥效益。要建立信息反馈制度，扩大检查成果。在专项资金审计信息反馈中，应从微观入手，宏观分析，紧密结合当前国家的政策，针对审计检查中发现的问题，实事求是的向领导提供真实信息，提出好的建议，为各级领导宏观决策服务，使专项资金充分发挥效益。