从财政经济理论分析，取消农业三税，意味着政府将大幅度减少甚至基本取消来自农业的收入，财政需要通过收入和资源的再分配，将非农产业创造的资源向农业大规模转移，用工业和服务业的收益反哺农业，以满足农村公共服务的需要。然而这一举措的实施，将会对现行的政府间财
政关系、农村基层政权、农村公共服务的供给方式和管理产生巨大的冲击和影响。取消农业三税起码有以下五个相互联系的问题需要解决。
中央以及省级财政等上级财政的
改革成本和承受能力
这个问题需要从两个角度进行全面分析。一个是农村公共服务的资金供给角度，一个是需求角度。从供给角度分析，农村公共服务的资金供给在农村税费改革以后，似乎主要来自新的农业税。从这一假定出发，新的农业税应该是作为维系农村基层政权指农村县、乡两级政府以及村级准政府组织 运转和农村公共服务的主要资金来源。取消农业税，如果不考虑开辟新税收财源的话，就意味着这部分资金的来源要由中央、省和市级财政来承担。能否承担以及如何承担这部分改革的成本是首先需要解决的问题。
根据国家税务总局农税局的统计，2002年全年农业三税农业税、牧业税和农业特产税 实际征收入库493．7亿元，其中农业税384．43亿元，牧业税1．57亿元，农业特产税107．7亿元。按照大数估计，2003年农业三税的总量不过600亿元左右。从这个角度和数量来分析和作出判断，农业三税的取消对于中央和省级财政的压力并不很大。
但是从实际的需求角度，并对目前农村公共服务实际运行的资金来源状况进行全面分析，得到的判断和结论可能大相径庭。LocalHost下面列举三个方面的数据来说明。一个是国家税务总局许善达主持的“农村税费改革研究课题组”所提供的《取消农业税，改征增值税》的报告：据农业部统计，2000年全国对农民征收的收入总量为1779亿元，其中农牧 业税、农业特产税为335亿元，只占18．8％，其他各项收费1444亿元，占81．2％。另一个数据是来自2004年2月中国税务学会会长杨崇春的报告，根据农村税费改革前一年调查资料分析，农民一年缴纳的各项税费合计平均每人为195元，其中税收负担只有46元，仅占农民负担总额的23．59％，而其它税外负担为149元，所占比重高达76．4ｌ％。第三组数据是财政部全国农村税费改革办公室统计，1997～2001年各年税费规模分别为 1225亿元、1407亿元、1304亿元、1315亿元、1199亿元，其中农业税收占整个税费总规模的比重约为25％左右；“三提五统”约占50％左右；其余为各种社会负担，包括教育集资，劳动积累工和义务工中的以资代劳款等。上述三组数据从不同角度得出的结论是相同的：从农村实际的维持公共服务运行的资金需要和全部供给来看，大头不是来自农业三税，而是来自各种摊派和收费等税外收入。
因此，在五年取消农业三税后，为了维持农村各项公共服务的正常需要，中央、省和市级财政所需要承担的改革成本和转移支付规模不是仅限于所取消的600亿元左右的农业税，而起码是1600亿～1800亿元左右的农村公共服务的资金需求，亦即农业税收的3倍左右，这还不考虑基层财政的债务问题和农村公共服务的完善所需要的资金增长。如果只按照农业税收来考虑改革的成本和转移支付的规模，那么，即使取消了农业税，按同等数量增加上级财政的转移支付，但是由于这部分资金只相当于农村公共服务所需资金的ｌ／3左右，短缺的资金将仍通过摊派和收费等非税方式进行筹集。这样不仅难以解决农民负担问题，反而可能导致农村收入分配关系的进一步混乱。为了防止上述情况的发生，就需要按照农村现实维持公共服务的1600亿－1800亿元左右资金规模进行转移支付，那么必须对中央、省级、市级的财政承受能力进行全面分析，测算五年的滚动预算，做好全面的改革预案。否则，可能难以避免财政赤字规模的急速扩张。
为此提出以下建议：一是对于农村公共服务所需要的资金，打破原有的基数法，通过典型调查确定数量标准，包括政府机构的人员定编、经费定额，义务教育经费的合理定额等，然后确定总的转移支付规模；二是对确定中央、省级和市级政府所应承担的责任，以及各自承担转移支付的规模；三是采取区别对待经济发达地区、中等发达和不发达地区的转移支付政策，经济发达地区的农业税取消后，可以由省级财政承担转移支付的主要责任；四是有关部委要全面做好改革成本的预算，以便由财政部做好中长期的滚动预算，防范政府的财政风险。
农村基层政权的
稳固与重构
取消农业三税以及改革的成本有多大，与政府级次的设置有密切关系。地方政府级次越多，改革的成本就会越高；反之，减少政府的级次和基层政府的数量，就能够降低改革成本。但是不可忽视的是在取消农业三税的过程中，必须保持农村基层政权的稳固，这关系到整个农村乃至全社会*经济的稳定。
多年来，对于政府级次设置和农村政府组织设置存在不同的争论意见。比较一致的看法是目前中国五级政府的级次过多，消耗了大量的财政资金，加重了纳税人的税收负担，应该压缩政府的级次。意见的分歧主要产生在如何减少政府级次，去掉哪一个政府级次的问题上。主要的观点和做法有：1．撤消或虚化地市、乡镇两级政府，将它们变成上级政府的派出机构，尤其对于撤消或虚化乡镇政府的呼声更高。将政府级次变成实*——中央、省和县、加两个半级——地市和乡镇的架构。在实践中，浙江、安徽等省级地方政府在管理中创造和尝试省直管县的模式。2．撤并乡镇政府，减少乡镇政府数量。从1998年开始， 中国开展了乡镇撤并、精简机构工作。截至目前，全国已有25个省份基本完成这项工作。乡镇总数由撤并前的46400多个减少到39000多个，五年撤消了7400多个乡镇。3．在地方政府层面上，要强化两头：一头是省级，一头是基层政权。基层政权的重构，可以采取县乡两级政府合并为一级政府，
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