从财政经济理论分析，取消农业三税，意味着政府将大幅度减少甚至基本取消来自农业的收入，财政需要通过收入和资源的再分配，将非农产业创造的资源向农业大规模转移，用工业和服务业的收益反哺农业，以满足农村公共服务的需要。然而这一举措的实施，将会对现行的政府间财政关系、农村基层政权、农村公共服务的供给方式和管理产生巨大的冲击和影响。取消农业三税起码有以下几个相互联系的问题需要解决。
中央以及省级财政等上级财政的改革成本和承受能力
根据国家税务总局农税局的统计，2002年全年农业三税：农业税、牧业税和农业特产税，实际征收入库492．7亿元，其中农业税384．43亿元，牧业税1．57亿元，农业特产税107．7亿元。按照大数估计，2003年农业三税的总量不过600亿元左右。从这个角度和数量来分析和作出判断，农业三税的取消对于中央和省级财政的压力并不很大。但是从实际的需求角度，并对目前农村公共服务实际运行的资金来源状况进行全面分析，得到的判断和结论可能大相径庭。财政部全国农村税费改革办公室统计，1997-2001年各年税费规模分别为1225亿元、1407亿元、1304亿元、1315亿元、1199亿元，其中农业税收占整个税费总规模的比重约为25％左右；“三提五统”约占50％左右；其余为各种社会负担，包括教育集资，劳动积累工和义务工中的以资代劳款等。从农村实际的维持公共服务运行的资金需要和全部供给来看，大头不是来自农业三税，而是来自各种摊派和收费等税外收入。
因此，在五年取消农业三税后，为了维持农村各项公共服务的正常需要，中央、省和市级财政所需要承担的改革成本和转移支付规模不是仅限于所取消的600亿元左右的农业税，而起码是1600亿～1800亿元左右的农村公共服务的资金需求，亦即农业税收的3倍左右，这还不考虑基层财政的债务问题和农村公共服务的完善所需要的资金增长。loCalhost那么必须对中央、省级、市级的财政承受能力进行全面分析，测算五年的滚动预算，做好全面的改革预案。否则，可能难以避免财政赤字规模的急速扩张。
为此提出以下建议：一是对于农村公共服务所需要的资金，打破原有的基数法，通过典型调查确定数量标准，包括政府机构的人员定编、经费定额，义务教育经费的合理定额等，然后确定总的转移支付规模；二是对确定中央、省级和市级政府所应承担的责任，以及各自承担转移支付的规模；三是采取区别对待经济发达地区、中等发达和不发达地区的转移支付政策，经济发达地区的农业税取消后，可以由省级财政承担转移支付的主要责任；四是有关部委要全面做好改革成本的预算，以便由财政部做好中长期的滚动预算，防范政府的财政风险。
农村基层政权的稳固与重构
取消农业三税以及改革的成本有多大，与政府级次的设置有密切关系。地方政府级次越多，改革的成本就会越高；反之，减少政府的级次和基层政府的数量，就能够降低改革成本。但是不可忽视的是在取消农业三税的过程中，必须保持农村基层政权的稳固，这关系到整个农村乃至全社会*经济的稳定。
多年来，对于政府级次设置和农村政府组织设置存在不同的争论意见。比较一致的看法是目前中国五级政府的级次过多，消耗了大量的财政资金，加重了纳税人的税收负担，应该压缩政府的级次。笔者认为，在地方政府层面上，要强化两头：一头是省级，一头是基层政权。基层政权的重构，可以采取县乡两级政府合并为一级政府，即扩大县级政府数量，缩小县级政府所辖范围，同时取消乡镇级政府。
主要理由是，中国具有特殊的国情，根据特殊国情必须保持农村基层政权的稳定和有效运转。特殊国情包括：一是土地的公有制，即农村土地以集体所有制为主的土地制度。这种制度实质是基层政府以及村级组织作为农村居民的代表，实现农村土地的集体所有。尽管这种实现形式在现实中存在着大量的问题，但是在没有找到新的土地所有制替代方式的时候，这种实现形式依然要发挥其维持农村土地集体所有制关系的作用；农村基层政权是宪法确定的农村土地制度的执行和维护者，村级准政府组织是维持土地集体所有制的现实载体，它们共同贯彻中央政府的联产承包责任制、协调土地关系、农业结构调整等重要农业政策。二是众多的农村人口。中国农村人口密度比经济发达国家要高得多。农村社区的服务和管理的对象密集度决定了基层政府的个数要多，所辖区域不可能过大。三是中国正处于经济体制的转轨期，尤其是在全面建设小康社会的历史过程中，农村的变革将是巨大的。在消除城乡二元结构、工业化和城镇化的过程中，将有大量的问题需要政府来解决，中国以政府为主导的渐进式改革路径还将发挥积极的作用。鉴于以上的特殊国情，中国农村基层政府所担当的职责要明显多于经济发达国家和土地私有制国家。
因此在取消农业三税后，通过各级政府财政的转移支付，满足农村基层政权和农村公共服务的资金需要，稳定基层政府的服务和管理，并不断地对其进行改革，是至关重要的。
农村公共财政资金的管理与监督
取消农业三税和各种收费、摊派后，在一段时期内，农村公共品供给的财政资金中很大部分将来自中央及地方各级政府财政的转移支付。那就必须对受益的农村政府和提供各项公共服务的行政事业主体制定更为严格和科学的管理监督制度。否则，农村公共服务的提供可能成为一个“大黑洞”，搞得不好会拖垮中央和省级财政，使得政府财政背上巨额赤字和债务的包袱。
根据国内国际经验，需要建立和完善以下制度和机制：
1．对政府的行政事业单位实行明确和严格的定员、定编、定额标准，并坚决不允许突破这个标准。杜绝通过自筹经费，随意增加人员编制的做法。2．建立绩效业绩考核制度和政府问责制，对财政资金的使用要进行切实的绩效考核；对于达不到绩效考核标准，或者出现工作差错，工作失职者，要通过建立政府问责制，追究责任，给予应有的处罚。3．建立公民对政府工作人员实施有效监督的机制。上述两点可以看作是上级政府对下级政府的管理监督制度，但仅有“上”对“下”的管理监督是不够的。

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