我国农村经济发展迈入新时期以后，一方面加入wto迫使我国农民越来越多地面对来自国际市场质优价廉进口农产品的竞争，另一方面我国人多地少的基本国情和一家一户的小农经济造成农业生产规模效益差，农产品出口经常受到绿色壁垒的阻碍，国内农业产业结构调整效果不明显，劳动力转移不彻底，农村经济发展还没有步入良性循环。要改变这一局面，需要采取一系列有效措施，在政府管理体制、组织机制、保障机制等方面进行改革。
（一）免征农业税，消除对农产品的负保护 不少国家对农业实施各种形式的保护与补贴，与此相反我国不少农产品的有效保护率（epr）和生产者补贴等值（pse）均是负值，表示政府对这些农产品的征税大于对它们的补贴，所以我国还存在如何消除负保护的问题。政府决策部门应改变指导思想，将从农业和农民处抽取剩余资本来支持工业发展转变为由工业化支撑起来的财政来支持农业。
许多国家都不征收农业税，免征农业税可以作为政府在wt0框架下支持农业的一个有效手段。由于我国农业税的计税方式是按照历史的产量基数确定的，因此农产品主产区农业税赋较重，免征农业税可以降低生产成本，有效增强我国农产品的国际竞争力，提高农民收入。从减轻农民负担看，由于很多乱收费总是跟着农业税来搭车收费，免征农业税可以从根本上减轻农民负担，最有效地完成税费改革。
一些地方已经开始进行对农民实行直接补贴的试点，在实际操作中有两种补法：一种是按照农民人头补，另一种是按照承包地面积补，由于农村的实际情况较复杂，有些农户人多地少，如果按照面积补这些农户就比较吃亏；而另一些农户人少地多，如果按照人头补又不合理。LOCALHoSt由于wto规定绿箱支持只能以不刺激生产为前提对生产者提供直接支持，如按耕地面积、农业人口、收入水平为依据提供各种直接补贴，不能与产品挂钩。因此这种直接补贴搞得不好会造成新的矛盾与不公平，农民即使让耕地抛荒也可以照样领补贴，从而培养懒汉农民。农民按一种标准向国家交税，政府再按另一种标准向农民提供补贴，农村基层干部收税时难，向农民提供补贴时繁，很难做到公平合理。还不如干脆用免征农业税取代对农民实行直接补贴，这样做的优点是：既符合wto原则，减少了黄箱与蓝箱补贴，又简化了手续，减少了农村基层干部的工作量，公正合理又不产生副作用，对农业生产贡献越大的农民从此政策中得到的利益也就越多。在一些地区已经开始了免征农业税的试点，取得了良好的效果。但政府主管部门认为在广大欠发达地区还不能推广，原因是害怕由于免征农业税造成农村基层政府财政收入的大幅度下降。实际上在这些地区收税的成本也很高，有的地方收税的成本甚至大于农业税的收入，同时这些地区征收农业税给农民造成的负担也特别重。这一问题可以通过财政转移支付来解决。
（二）推动农村基层政府机构改革与农村组织制度变革 上一届政府曾下大力气进行了机构改革，但也有一个明显特点，就是机构改革只减人不减事。各级政府官员花大量精力所干的事可能恰恰不是他们该干的事，这种只减人不减事的机构改革不能从根本上精简机构。
政府机构改革的指导思想应该是：在市场经济体制下，采取小政府、大市场的策略，市场能够解决的问题政府就不要插手。目前我国大多数地区乡级政府债台高筑，据调查，全国平均乡级政府债务为429万元，到了难以维持的地步。当乡级政府不需要指挥生产、不需要向农民催缴税费、乡镇企业改制后，乡级政府就没有多少实实在在的事可干了。随着信息技术的发展，行政管理的范围也将扩大。建议撤消乡级政府，这样可以有效地精简基层政府机构，重构农村组织制度，实现管理机制转型和政府职能转变。精简全国的乡级政府机构，一方面可以有效地清理乡级政府的债务负担，另一方面可以显著地减轻农民负担，因为乡级政府的开支实际上有很大部分需要分摊到农民的头上。
在新的农村组织制度中，原乡级政府的一些重要职能部门可以转化为县级政府相应职能部门的派出机构，以市场机制作为资源配置的基本方法，通过经济手段和导向性政策来实施宏观调控。通过发展合作经济组织（如专业协会、合作社）把众多小农户重新组织起来，行使农业生产方面的组织职能，将农村合作经济组织发展成为农业产业化的主导组织模式。而村级的日常事务则可以由村民委员会处理，实行村民自治。
（三）推动涉农财政制度改革 1998年以来，尽管积极财政政策在经济回升中发挥了重要的作用，但回过头来看，还存在一些问题：（1）积极的财政政策是以巨大的财政赤字为代价的，过去的5年我国累计发行建设国债6600亿元，2003年又发行1400亿元建设国债。2003年中央财政赤字达3198亿元，虽然所占gdp的比重不到3％，但却占中央财政总收入11940亿元的26.78％，再加上多年积累的国债余额、国有企业亏损、银行坏账，这些包袱已经很重了，还会越滚越重，因此巨额赤字预算不是长久之计。（2）基础设施建设并不能成为经济增长点，大型基础设施建设项目的短期经济效益不明显，对拉动内需作用不大，而长期经济效益目前还不可预料。一些地方的基础设施建设甚至出现超前现象，成为政府形象工程的产物，实际利用率很低。（3）中央财政增长过快，地方财政紧张，影响了财政对农业的投入。在全国平均gdp增长率约8％的情况下，中央财政年增长20％，而地方财政十分紧张。由于财权与事权不统一，60％～70％的财权集中在市以上，而60％～70％的事权在县以下，造成基层政府负债运行，并把负担转嫁给农民。
可以考虑逐步改变现行的积极财政政策，准确把握财政风险，有计划地减少预算赤字。建议将五级财政（中央、省、市、县、乡）减少为四级财政（中央、省、市、县）管理体制，取消乡级财政设置。在财力的分配上需要重视地方的利益，改变目前中央财政增长快而地方财政尤其是县级财政紧张的状况。逐步解决财政包干制和分税制的缺点，采取政府公共财政支出形式，通过动态优化财政支出的结构，即各部门预算管理加年终审计的方法动态确定下一年度的财政预算方案，使财权与事权相统一。
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