乡镇机构改革是中国农村改革的难点之一。提出这项改革的任务已经有很长时间，但改革的步履始终不尽如人意。农村税费改革启动以后，原本以为会给乡镇机构改革提供契机，但看起来事情并没这么简单。据国务院发展研究中心赵树凯先生的报告，在近几年内，乡镇机构看起来减少了，但精简的目的没有达到，财政开支也没有减少，一些地方陷入进退维谷的境地(2月19日《中国经营报》)。
从根本上说，乡镇机构改革的困境有其历史渊源。改革开放以来，我国社会经济生活出现了多元化发展趋势，但以"官本位"为核心的行政垂直控制体系还没有根本改变。乡镇管理机构是连接广大农村社会与国家权力体系的最基层的控制枢纽。乡镇机构向上承接政府机构的各项有关指令，向下承担几乎一切农村公共事务管理任务，甚至还介入了农村社会的私人事务。国家权力的运作形式决定了乡镇机构的工作异常繁复和艰难。
在承接上级行政指令时，乡镇机构几乎没有独立性可言，其中政府资金的拨付方式是制约乡镇机构运转的重要因素。面向农村的各项专用资金是通过"条条"关系下拨的，上级官员对资金的拨付有很大的自由裁量权。一项资金能不能拨付给某一个乡镇可以有很多冠冕堂皇的理由，但从以往的经验看，乡镇机关中是否设置对应上级拨款单位的机构或专职人员，是上级官员考虑资金拨付的重要因素。鉴于这种情形，乡镇机构为了扩大资金来源，维持机构运转，不得不"建庙招和尚"，使乡镇机构难以消肿。
在管理农村公共事务时，乡镇机构承担了过多的职能。过去，"要粮、要钱、要命(计生)"被看做乡镇机构的"中心工作"，通过多年的改革，这些职能已经大大减弱了，但乡村社会的许多公共事务还压在乡镇机构头上。LOCAlHOSt维持乡村社会治安，发展乡村基础设施，调解民间纠纷，发展各项农村社会保障事业和公共服务机构，组织农业生产，推动农村*活动等等，都是乡镇机构躲不开的任务。如果我们的社会是一个权力分散的扁平化的社会，这样一些公共事务可以部分地由民间组织来承担，公共事务管理的成本由此可以大大降低。显然，在我们社会还没有完成转型的时候，乡镇机构改革不会一帆风顺。
乡镇机构改革将是一项长期的艰巨任务，完成这个任务必须通过全社会的系统性改革。
要在全国范围内建立科学的公共财政制度。任何财政资金的使用方案必须由相应级别的人民代表大会决定，并形成全国性的或地方性的法律，以减少行政官员对资金使用的自由裁量权。通过这样的制度，将减少乡镇官员为争取资金而发生的"跑部钱进"的现象，增大乡镇机构在使用资金上的自主权。
要扩大乡村民主*，把乡镇主要官员的任免权力真正交给农民或乡镇人民代表大会。乡镇领导面对某些上级部门的错误指令不敢抵制，说到底还是自己的乌纱帽攥在上级手里，如果由老百姓直接选举乡镇领导，乡镇领导与上级的关系由法律来规范，情况就会大不相同。最近，胡锦涛总书记在诠释"和谐社会"时，把"民主法制"作为和谐社会的首要特征。有了这样一种关于和谐社会的新的治国理念，进一步扩大乡村民主选举的日子也不会太遥远了。
要积极发育农村民间组织，包括农民的经济组织和社会组织，由这些组织承担一部分公共管理工作。中国历史上就有类似志愿者服务活动，"不下县"的官员依靠他们对乡村社会进行管理。甚至一些农村基础设施的管理和经营也可以完全依靠农民自己的组织来实现。现在的一些发达国家也大量依靠民间组织来处理农村公共事务。有了民间组织的介入，乡镇机构的职能就可以大大简化，其工作人员也就可以大大减少。
乡镇机构改革当然还需要做一些其他工作，但最根本的是上述几个方面。最近两年，中国又一次进入农村改革的大好时机，相信我们能攻克乡镇机构改革这个难关。