《中共中央国务院关于进一步加强农村工作提高农业综合生产能力若干政策的意见》（简称《意见》）提出：“要针对农村金融需求的特点，加快建立功能完善、分工合理、产权明晰、监管有力的农村金融体系。”围绕建立这一体系，提出要重点做好深化农村信用社、邮政储蓄、农业政策性金融改革，扩大农业政策性保险试点，制定农村新办多种所有制金融机构的准入条件和监管办法，培育竞争性的农村金融市场等方面的工作。《意见》关于农村金融工作几个方面的部署，基本上涵括了当前我国农村金融体系的主要问题，体现了这些年来我国农村金融理论的研究成果。
目前，我国的农村金融体系还很不成熟。就其各个组成部分看，功能不完善、产权不清晰。中国农业发展银行的政策性支农作用相当有限，农村政策性金融功能不完全；国有商业银行从农村大量撤并机构，商业性支农功能严重萎缩；农村信用社没有体现出应有的合作金融的特征，对承担农村金融“主力军”的角色力不从心，合作性金融的支农功能基本空白；邮政储蓄抽走了大量农村资金；政策性农业保险刚刚起步，远远不能适应农村经济发展的需要；非正规金融由于现行法律和政策限制，始终处于“地下”运作，潜藏着很大风险。就农村金融体系的总体来看，分工不明确，运转不协调，监管不到位。正是由于我国农村金融体系的不健全和制度功能的缺陷，使广大农户和农村其他经济主体贷款相当困难，存贷款之外的其他金融需求更难以得到满足。
在农村金融改革问题上，当前要处理好几个关系。
1、财政与金融的关系 财政履行公共职能，对于农村的许多基础设施建设、农业技术开发推广、贫困农户的扶持等，都属于财政支持范围，如果把本属于财政的职能由金融机构去服务，结果只能是低效的。LOCaLhOsT如对贫困农户的救济应该属于财政支持的范围，而我们经常把它纳入小额信贷的支持对象，简单地把小额信贷作为扶贫的工具，从而忽视了小额信贷机构财务的可持续性。
2、城市金融与农村金融的关系 金融具有共性、具有普遍性规律，但金融在不同地区、不同领域又具有各自的特点。当前，在发展农村金融方面要注意两种倾向：一是片面地把城市金融的理念完全照搬到农村，用城市金融来改造农村金融。二是消极地延用传统农村金融的工具、组织形式，认为还是“越老越好”、“越小越好”。农村金融的组织形式和经营方式必须考虑到农村经济结构的特点，但金融供给主导也可以在一定程度上创造需求。当前，要承认金融市场的“二元”事实，但我们发展金融市场的最终目标是金融市场的“一体化”，千万要避免由于我们体制和政策的因素，使金融市场“二元”结构更加强化、固化。
3、政策性金融、商业性金融、合作性金融的关系 作为弥补金融市场“失灵”，政策性金融是必要的，不仅发展中国家，就是市场经济发达的国家，也仍存在相当数量的政策性金融。我国经济正处于转型时期，政策性金融在经济发展过程中将发挥重要作用，但随着市场经济的发展，政策性金融萎缩是一种趋势，政策性金融的商业化运作是一种规律。过去，我们总认为，政策性与商业性必须完全分开，政策性金融必须成立专门的机构来实施，现在看来未必如此。对我国而言，最需要注意的是“政策性”与“计划性”的区别，政策性银行并不等于计划性银行。通过财政有限补贴、公开招标、商业银行市场运作，是一种完全基于自愿和市场机制运作的金融模式。我国目前没有真正意义上的农村合作金融组织，但这并不意味着我国不需要农村合作金融组织，更不能由此推出我国不能产生真正的农村合作金融组织。在我国，土地家庭承包经营是农村基本经营制度的核心，这一制度条件下农户要规避农业生产、经营的自然风险、市场风险，对农民专业合作组织有着强烈的需求，在市场经济条件形成真正意义上的合作金融组织完全有它的制度和经济基础，并与政策性、商业性金融一起构成农村金融体系的稳定“三角”。
4、正规金融与非正规金融的关系 农村正规金融与非正规金融各具优势及其存在的合理性，两者有一定程度的替代性，但我们应该更多地看到两者的互补性，努力促进彼此之间的交易合作。要充分重视民间金融组织的培育，不能把所有的非正规金融组织都正规化，那样就失去了非正规金融的优势和特点。
我国现有400多万个自然村，2.3亿小农户。如果按居住地算，2004年有58.5%的人口居住在农村。解决好农村金融问题，对整个农村改革和金融改革，从而对完善社会主义市场经济体制，全面建设小康社会意义重大。通过此轮农村金融改革，要形成一个金融主体多元、金融产品多样、金融服务多层次，商业性、政策性、合作性金融组织相协调，正规金融组织与非正规金融组织相补充，政策扶持与市场配置相结合，各类金融组织有效竞争、充满活力的中国特色的农村金融体系。