出纳核算方法是完成出纳任务的手段，与整个会计核算方法基本相同。主要包括设置账户、复式记账、审核和填制凭证、登记账簿、财产清查、编制报表，以及对出纳核算资料进行分析和利用等方法。
(１)设置账户。设置账户是对核算对象的具体内容进行分类反映和监督的一种专门方法。就出纳核算而盲，要分现金、每一种银行存款、每一种有价证券设置账户进行记录和核算。出纳常设账户有：“现金日记账”、“银行存款日记账——结算户存款”、“银行存款日记账——××专户存款”、“长期股权投资——股票投资(××股票)”、“短期投资——股票投资(××股票)”等。
(２)复式记账。复式记账是对每一项经济业务通过两个或两个以上有关账户相互联系起来进行登记的一种专门方法。在我国，几十年来“增减记账法”、“收付记账法”、“借贷记账按”三种复式记账方法同时应用。但随着新的预算会计制度的出台，各企事业单位和行政单位统一使用“借贷记账法”记账。所以，目前企业出纳记账应当采用借贷复式记账的方法。
(３)审核与填制凭证。审核并填制凭证，是为了保证会计核算质量，审查经济活动的合团牲、合法性而采用的一种专门方法。出纳人员对经济业务进行账务处理，在过账前，也要复核有关原始凭证，填制或复核记账凭证。原始凭证是经济业务的书面证明，是记账的依据，对记录每一经济业务的原始凭证进行严格的审核，并根据经审核后的原始凭还填制记账凭证，然后再据以记账，可以保证核算质量，明确经济责任。出纳人员对原始凭证的复核与专管费用报销人员对原始凭证的审核是两个不同的过程，出纳人员的复核是一种复查性的，是保证会计核算质量的重要的和必不可少的一种手段，是出纳工作的一个步骤，而费用报销的审核则是一项专门的财务管理工作；出纳人员不得兼管费用报销等审核工作。LOCAlhoST
(４)登记账簿。登记账簿是根据记账凭证，在账簿上连续、系统、全面地记录经济业务的一种专门方法。按照记账的正规方法和程序登记账簿，并定期进行对账、结账，可以提供完整的、系统的核算资料。出纳日记账要逐笔序时进行登记，定期结出借贷发生额与余额，出具出细报告单与总账会计进行核对。其中现金日记账还要每日结出余额，并与库存现金核对。
(５)财产清查。财产清查是对各项资产物资进行实物盘点，账面核对以及对各项往来款项进行查询、核对，以保证账账、账实相符的一种专门方法。通过财产清查，可以查明各项资产物资、债权债务、所有者权益等情况，加强物资管理，保持账记与实存的一致性，并为编制报表提供可靠的资料。出纳要每天清点核对库存现金，经常性地与银行进行账目核对，适时清点核对库存各种有价证券和结算票据。
(６)编制会计报表。编制会计报表是以表格形式，定期总括地反映经济活动和财务收支情况的一种专门方法。编制会计报表，可以反映企业财务状况、经营成果和预算、计划的执行情况，为企业增产节约、提高经济效益提供可靠的资料；为有关政府部门进行宏观调控提供有关信息；为投资人、债权人进行投资决策提供所需资料。出纳部门主要是报告本单位现金收支与结存情况，现金收支计划的实现情况，资金利用情况，资金使用效益等情况。
(７)会计分析。对核算资料进行分析利用，是对核算资料所反映的各项经济指标进行对比分析，以便挖掘收入潜力，找出降低成本办法，扩大经营成果。
上述专门方法构成了一个完整的总体，它们是相互联系，紧密结合的，必须一环紧扣一环。缺少哪一环，或在哪一个环节上出了问题，都将影响整体核算质量。