实施会计电算化必然会对会计工作及其组织机构产生一定的影响，为了适应电算化的要求，必须探求和设置与之相适应的机构。有以下几种情况：
⒈ 集中管理方式。 这种形式把会计电算化工作，包括管理、开发和使用维护等都放在企业计算中心，财务部不设数据处理部门，也不安装计算机设备。财务部门定期按规定向计算中心提供核算和管理所需的数据，由计算中心负责会计电算化的日常运行。在这种情况下，财务部门的组织机构一般不作大的变动，除了一些业务由计算机处理外，许多工作仍由手工来完成。这种方式有利于充分发挥计算机作用，提高数据共享程度，避免重复开发，也有利于企业统一领导、规划和组织。但是，集中管理也有很大的缺点。第一，计算中心人员和财务人员不能很好地协作，各自不了解对方的知识和业务特点，各自偏重本单位情况，往往导致系统质量低，实用性较差等情况；
第二，各部门极易产生依赖思想，认为开展电算化工作是计算中心的事，从而不能很好地配合和支持系统的实施和运行，影响会计电算化工作的正常进行。
⒉ 分散管理方式。
在这种方式下，企业财会部门单独配备计算机等设备，并配备一定的专业人员，会计电算化工作的实施，完全由财会部门负责进行，计算中心将不再参与。分散管理的优点是，第一，能调动财会部门的积极性； 第二，能根据财会部门的实际需要，分期分批解决急需电算化的项目，并且实用性强、投资少、见效快。其缺点也是明显的；一是缺乏整体考虑，各部门都可能从各自的目标出发，不考虑相互之间的联系，数据不能共享，系统效益不高；二是各业务部门都需要配置计算机专门人员，否则影响系统实施，平时遇到的简单问题及维护工作，都不能及时处理。LOcALhOSt这种方式一般不可取。
⒊ 集中管理下的分散组织形式。 在这种形式下，企业设立专门的机构，统一负责全厂计算机应用规划工作。规划工作包括企业电算化的总体规划，管理信息系统总体设计及子系统划分，统一编码，对所用机型等做出统一安排，指导各业务部门开展电算化工作，若企业已设立计算中心，专门机构的设置就可以以计算中心为主体设置。这种方式，既照顾了各业务部门的特点，又能统一管理组织，是目前一种较理想的组织形式。在这种方式下，实施会计电算化后，就需要调整财务部门的内部组织机构，岗位与职能都可能发生变化。
下图所示，是一种电算化后机构设置形式：
财务负责人
管 数 数 财
理 据 据 务
开 准 处 管
发 备 理 理
维 人 人 组
护 员 员
人
员
管理、开发、维护人员负责会计电算化工作的规划，参与系统开发工作 （如果自选开发的话） ，并负责日后的维护工作；数据准备人员负责电算化会计信息系统的运行工作、包括输入、运行、输出等工作；财务管理组负责一些财务日常管理工作（ 这些工作一般计算机难以直接处理），并参与企业的管理工作。