会计电算化的应用使会计人员摆脱了繁重的手工记账、算账、编制会计报表工作，取而代之的是快速、高效、准确的微机处理方式。这不仅大大提高了工作效率，节约了大量的人力、物力、时间，还增加了会计核算的准确性和可靠性，促进了财务管理水平的提高。但我们也应看到，会计电算化的应用也对会计的内部控制工作提出了更高的要求，原有的手工会计核算方法下的内部控制制度已失去作用，不能适应会计电算化的特殊需要。这就要求我们建立一整套电算化模式下的科学、可靠的内部控制制度，保证会计信息真实、准确、完整以及数据资料的安全。加强会计电算化下企业的内部控制，应从以下几方面着手：
1．合理设置岗位，实行操作人员分级授权管理
目前，我们应根据会计电算化系统的业务要求，调整现有岗位设置，将现有的财务负责人、主管会计、出纳、稽核等岗位，调整为电算化主管、系统管理员、电脑操作员、系统维护员、电脑审核、会计档案管理员等。在岗位设置的同时，应建立岗位责任制，明确职责，责任到人。在分工时，应做到相互牵制、相互制约，从而防止出现舞弊和欺诈行为。应将数据维护管理岗位与审核岗位分设，系统操作岗位与系统档案管理分设。另外，还应建立岗位轮换制。
对设置的各个岗位，我们还应建立权限控制制度，用密码加以控制，防止非法操作和越权操作，防止财务机密外流，确保会计数据的安全、准确、可靠。密码应由电算化主管统一管理。
2．严格上机管理制度
会计电算化系统下，会计信息的安全尤为重要。因为储存在计算机磁性媒介上的数据容易被篡改，有时甚至是不留痕迹的。LoCAlhOsT目前，许多企业虽然有上机管理制度，但能严格执行的不多，大多数流于形式，这就给会计数据安全种下了隐患。为了确保财务信息的安全、完整和保密，我们应认真对待上机管理制度，填写上机操作记录，注明上机人员姓名、上机时间、上机操作内容、离机时间等。
3．会计数据的输入控制
数据输入的正确性和可靠性是保证会计信息准确的首要环节，这个环节任何细小的错误都会导致整个会计信息的不准确和失真。首先，应对进入系统的数据设置相应的审批制度；其次，应对较重要的数据设置各种密码来控制输入。如建立科目代码与名称参照；试算平衡控制，即每笔分录和借贷方进行平衡检查，防止输入金额出错；顺序检查法，即检查记录、凭证号码有无遗漏或重复。
4．加强档案管理
对会计电算化系统的有关资料应及时存档，并对档案定期进行备份。磁性介质数据应保持双重备份。制订档案被破坏事件发生时的应急措施和恢复手段。
5．会计数据的输出控制
目前，对会计数据的输出大多未作设定，几乎每个会计人员都可以打印输出会计资料，而会计资料是一个企业的机密，任何疏漏都可能给企业带来一定损失。为此，我们应采取相应措施，规定输出权限，对输出的打印资料和磁性资料均要登记名称、份数、日期、送达部门等，从而达到限制输出信息的目的。
对数据的输出还应进行人工审核，以确保输出会计资料的可靠、正确，并经财务主管审批后方能报出。
6．提高软件自身的控制功能
财务软件应有防止重复操作、遗漏操作和错误操作的控制程序，并及时予以提示和制止。财务软件的修改功能在方便使用的基础上应加以限制，设定修改权限和修改痕迹控制。一是已复核凭证若需要修改，必须首先取消复核，然后修改，修改后再复核方可记账。二是对已记账凭证，不允许恢复记账，必须作冲账凭证，保留修改痕迹。三是对已记账的凭证和账簿，不提供修复功能。四是财务报表必须按系统定义的格式和数据来源格式自动生成，系统不提供修复功能。