一是进一步加强制度建设。及时清理现有的各项治理制度，按照依法行政、依法理财和建立市场经济体制的要求，修订和完善好现有制度，建立新的规范化的治理制度，使每项支农专项资金都有相应的治理办法,形成支农资金较完善的监管体系。
二是规范项目立项程序。本着“公平、公正、公开”的原则，进一步完善项目立项程序。其一规范项目申报程序。严格执行财政支农项目治理办法，按规定组织项目申报，杜绝无序申报、重复申报和随意争取资金的行为。其二完善项目立项机制。在选择确定支持项目时，继续坚持执行标准文本治理制度、公示公告制、现场核查制和专家评审制，规范项目立项行为，努力提高立项环节的公平性、公正性和透明度，避免暗箱操作。
三是建立支农资金运行治理长效机制。推行县级报帐制，避免资金被截留、转移和挪用，努力提高支农资金使用治理的安全性、有效性和规范性。
四是强化有关部门的配合与协调。加强财政与项目主管部门及项目实施单位地协调工作，取得有关部门的理解、支持。各司其职，齐抓共管，形成合力，把专项资金管好用好。
五是加强监督，强化财政职能。首先开展经常性的检查。采取事前财政参与立项、事中按工程进度拨款、事后跟踪问效的监管模式，有计划、有步骤、有重点地加大对财政持贫、农业综合开发、以工代赈、水土保持治理以及森林生态效益补助等重点资金的监管力度，提高资金的使用效益。其次是协同县审计局对支农专项资金的审计。