在2001年进行的乡镇机构改革中，按照人口保持在3万人以上、能够形成*经济文化中心的原则要求，乡镇被精减合并到了39715个。按照上述三种乡镇分类和全国三类乡镇每个乡镇平均4万人的标准，还应继续再撤并1／3的现有乡镇，使总数维持在3万个左右。对乡镇机关内部机构的设置，二类乡镇一般可将内设行政机构（党政办、经贸办、农业办、民政办、镇村建设办、经管站、审计站、渔业水产办）归并，成立三个综合性办公室：党政办、经济发展办、社会事务办。一类乡镇可在二类乡镇的基础上，视情况增加相应的机构。三类乡镇不设内部机构，视工作需要实行助理员分工制。
关于以块为主，撤并合转。目前应遵循“区域覆盖”和就近服务原则，将上级业务部门派驻到乡镇为农业和农民提供服务的事业机构和人员，全部下放到乡镇管理，上级业务部门对其仅进行业务上的指导。通过放权于乡镇，真正建立起以“块”为主的乡镇管理体制，进一步加强和完善乡镇管理经济和社会事务的功能，增强乡镇的调控能力，真正实现权、责、能的统一，将“乡政”建成真正统一、效能的农村社区政权组织。对原来的事业站所，按照“政事”、“政社“、“政企”分开的原则，通过“撤、并、合、转”，进，步理顺关系，使乡镇事业单位从行政依附型向社会自主型转变，彻底改变事业单位行政化、官僚化倾向，同时使服务性、技术性和社会中介性质的机构彻底从乡镇党政机关分离出来，使理应由经济组织负责的经营管理工作也从乡镇党政机构中分离出来，成为独立自主的市场经营主体。“撤”即撤销粮管所、食品站、企管所等不适应市场经济的计划经济产物；“并”指将计划生育指导站、土地所、规划所等单位并到职能相似的政府工作机构内部；“合”是合并文化站和广播站、经管站和统计站等职能相近的平行工作机构；“转”就是把具有创收职能的农口站等工作机构转为自收自支的事业单位、集团公司或经济实体。对公安、税务、工商等具有经济监督检查和行政执法职能的站所可打破乡镇界限，按照区域进行设置，职能由上级垂直管理。通过“撤、并、合、转”，将原事业单位合并为五个事业机构：农业综合服务中心、财政所、经济发展服务站、司法所、社会保障服务站。
关于定编竞员，分挂归退。总的原则是机构要依法设置，编制要依法核定，人员要依法管理。定编要根据工作需要定岗，一个工作人员一年有效工作日约为230天，工作量满230天的设一岗配一员，不足230天的交叉兼职；实行人员竞争上岗、优化组合。配合定编竞员，可以采取多种方式进行分流。一是实行整体分流，将具有创收职能的部门改造为自主经营、自负盈亏、自我约束、自我发展的经济实体；二是实行转移性分流，将乡镇机关的食堂、文印、车辆等后勤服务工作划出来，实行机关后勤服务社会化；三是实行带职分流，从乡镇干部中选拔一批思想作风好、政策水平高、懂经营、会管理的干部到企业、村任职或挂职，既分流乡镇机关千部，也解决企业、村管理人才不足的问题；四是实行开拓发展性分流，鼓励以服务为主的事业站所分流人员，兴办服务经营实体，探索为农业服务的新路子；五是实行归队性分流，让来自企业、事业单位的借用人员回到原单位工作；六是实行内退性分流，对男性年满55周岁、女性年满50周岁、且工龄在30年以上的人员可办理提前退休手续并按同职级退休人员管理；七是实行政策性分流，坚决清理清退临时人员和超编超计划人员等等。
关于撤销乡镇政府，设立县政府派出机构。随着服务性、技术性和社会中介性质的机构和由经济组织负责的经营管理工作彻底从乡镇党政机关分离出来，撤并乡镇政府、设立县政府派出机构便成为必然。撤销乡镇政府后，可继续保留乡镇一级党委机构，负责本区域党的路线方针政策的宜传贯彻、党员的发展教育等党务工作。撤销乡镇一级政府，设立乡镇公署为县（市、区）人民政府的派出机构，负责协调县（市、区）各部门在乡镇机构的关系。乡镇党委、乡镇公署内设机构可设综合办公室、纪检监察办、人武部。撤销乡镇一级政府后，乡镇的政府事务大部分由县（市、区）政府的各部门通过设立在乡镇的站、所来管理，乡镇各站所的人事财务关系均属上级部门管理。

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