财政部颁布的新《村集体经济组织会计制度》(以下简称新制度)自2005年1月1日起在全国农村集体经济组织执行。2004年12月13日，财政部发文对村集体经济组织新旧会计制度有关衔接问题作出了处理规定，要求以2004年12月31日为时点进行新旧会计科目调账结转，编制会计报表，建立新账。
新制度比旧制度30个会计科目增加了7个，合并了4个，减少了2个，共33个。其中资产类增加了“牲畜(禽)资产”、“林木资产”，负债类增加了“应付工资”、“一事一议资金”，增加了成本类“生产(劳务)成本”，损益类增加了“农业税附加返还收入”、“补助收入”；资产类“库存物资”和“产成品”合并为“库存物资”，所有者权益类“公积金”和“公益金”合并为“公积公益金”；资产类减少了“其他资产”，损益类减少了“提留统筹收入”等科目。
财政部印发的《村集体经济组织新旧会计制度有关衔接问题的处理规定》，对原账“短期投资”科目如有存放在乡（镇）、村农村合作基金会的“代管资金”的余额，应转入新账“应收款”科目；原账“长期投资”科目如有以货币资金入股加入乡(镇)、村农村合作基金会且期限在一年以上的股金余额，应转入新账“应收款”科目。
新制度明确规定，“应收款”科目核算村集体经济组织与外单位和外部个人发生的各种应收及暂付款项。村集体经济组织存放在乡（镇）、村农村合作基金会的“代管资金”属于村集体经济组织的货币资金，视同银行存款，而不属于债权性资金。《村集体经济组织新旧会计制度有关衔接问题的处理规定》将其转入“应收款”科目，改变了资金属性，把货币资金核算改变为债权资金核算，在账面上虚增了村集体经济组织债权数额，也不能直观反映其可用货币资金余额，更容易造集体资产的挪用和流失，还增加了村集体经济组织支取“代管资金”的难度。lOCALhost
各地普遍实行了“村账乡（镇）管”，成立农村财务代理中心，有的农村财务监管部门乡镇经管站已和财政所合并。在新制度出台前，各地在坚持“四权不变”的前提下，在乡镇设立了村级“代管资金”银行专户，统一监督管理村级货币资金，并增设了“财政专户存储资金”科目，明了直观地专户核算乡镇代管的村集体资金，视同银行存款，村集体经济组织可随时存取。
目前农村合作基金会已清算撤销，乡（镇）、村农村合作基金会代管的村集体资金转入“应收款”科目核算，会导致村集体经济组织收款无门。笔者认为，以上资金转入“应收款”科目核算有些欠妥。各省、市、区、县应进一步作出补充规定，增设“财政专户存储资金”相关科目核算“代管资金”，或者在“银行存款”科目下设“乡镇代管资金””二级科目核算“代管资金”，从而真实地反映村集体经济组织货币资金数额。村集体经济组织存放在农村合作基金会代管的资金暂时不能退还的，按当初约定仍然应在“短期投资”科目中核算，以货币资金入股农村合作基金会且期限在一年以上的股金，按入股约定，也仍然应在“长期投资”科目中核算，以确保集体资金安全和保值增值。