分配政策和制度是农民负担过重的根本原因。
中央政府实行城市偏向的分配政策，过度提取农业资源为城市工业发展积累资本而农村居民却面临种种限制政策，如，现行的城乡隔绝的户籍制度、农村税费制度和财政收入支出制度等。（1）我国实行改革开放至今，虽然对农产品市场逐渐放开，工农产品可以自由交换，生产要素市场也开始出现，但由于城乡隔绝的户籍制度的存在，严重地阻碍了农民向城市的永久性迁移，使大量的农村剩余劳动力仍滞留在农村，在这种条件下，不可能存在真正的农产品市场价格。因此，尽管政府一再提高农产品收购价格与限制农用工业产品的价格，但这并不能改变工农产品之间的比价。在农产品收购价格提高之后，工业产品价格必然也跟着上涨，从而产生了工农产品比价复归的现象，继而工农产品剪刀差依然存在。（2）我国一直实行城乡二元税制，对农村实行一套独立的农业税制。而我国农民负担过重的一个重要原因就是在实行传统的农村税费制度条件下，乡镇政府与农民没能形成规范的分配关系。（3）1994年建立的财政管理体制重新界定了中央．地方政府之间的财权和事权范围，着眼点是增强中央政府的宏观调控能力，明确各级政府的权、责、利。当时尚做不到配套确定省以下政府之间财力分配框架，原本寄希望于通过深化省以下体制改革，在动态中解决此问题。但由于省以下体制改革的深化近年并未取得明显进展，财权划分模式与事权划分模式出现了两相背离的格局。这在很大程度上加剧了基层政府的财政困难。因此，不得不允许基层政府通过额外收费筹集资金。按照《乡（镇）财政管理实行办法》和《农民承担费用和劳务管理条例》的规定，原应由财政预算负担的乡村教育、计划生育、优抚、民兵训练、道路建设等公益事业，都通过征收乡统筹费、教育集资自筹资金或义务工解决。再者，财政转移支付制度不完善也是其原因之一。虽然改革以后，政府重视对农业的财政投入，但财政支农支出的份额由1978年的13．4％下降到1997年的8．3％，财政支农支出占农业增加值的比重由1978年的14．79％下降到1997年的5．49％。
2、形成农民负担过重的另一个直接原因就是我国目前的行政体制存在问题。我国目前实行的是五级政府的行政框架结构，这在世界上恐怕也是独一无二的，而且基层的乡镇机构庞大，人员臃肿。而政府层级过多，则会大大降低分税制收入划分的可行性。目前一些地方，实行合并乡镇和行政村的做法，但却扩大了乡镇和行政村的规模，现在很多乡镇都有七套班子。有一个乡镇的政协联络处设主任一人，副主任二人，都是“吃皇粮”的公务员，而这个镇连一个统战的对象都没有！改革乡镇机构，目前的裁员定编，采取“大庙变小庙”以求减少“菩萨”的做法，必然还会出现巧立名目，另辟蹊径向农民伸手收费的现象，是不能从根本上解决农民负担问题的。
3、村级财务缺乏监督。村级收入目前主要有村提留及工业、副业的劳务上缴，支出主要用于购置固定资产、植树造林、兴办集体企业、农村福利事业、五保户、特困户的补助及管理人员的费用。由于在实际执行中控管不严、监督不力，存在“自收、自支、自管”的现象，不公开、不透明，再加上收支管理人员素质不一，乱花乱支，不足再向农民伸手。
三、对规范和减轻农民负担的建议
1、取消城乡分割的户籍制度。消除工农产品剪刀差的关键是改革城乡分割的二元体制，勾画城乡社会经济，建立统一的要素市场。通过劳动力以及资本自由流动这种市场化的过程修正工农产品的不合理比价，逐步消除剪刀差。这既是提高农民收入的根本出路，也是实现城乡居民负担平等的根本措施。
2、统一城乡税制。对于农业税制，世界上多数国家采取的是与工业和城市一套税制的做法，即大体相当于工业税制延伸至农村。具体说，统一城乡税制就是废除专门对农民征收的各种农业税和乡统筹费、农业教育集资，将种田的农民视为个体工商户，征收增值税和土地税。
第一，农业土地税是以农业土地为征收对象，向使用土地的农户和单位按土地面积征收的一种税，其目的是为了调节土地的级差收入和保护基本农田，促进农业生产持续发展。其中：应纳税款＝占用土地面积×适用税率。
第二，农业增值税。为切合实际，应把农民视为小规模的纳税人。据统计，农民为生产农产品而购买的化肥、种子、农膜等生产资料所付出的费用占农业总收入的70％，因此，粮食产品增值税计算如下：应纳增值祝祝额＝每亩计税常年产量×市场平均价×（1－70％）×计税土地面积×13％。其中农业特产品交纳的增值税，应将其亩产量折合为当地的主粮产量，然后再计算出应当纳的增值祝。这样，就为我国加入wto和发展市场经济铺平了道路。
3．改革财政收入和支出制度。统一城乡税制减轻了农民的负担，必然相应减少了乡镇政府的财政收入。因此：按照公共财政的要求，重新划定地方乡镇的事权，然后根据事权分财权，保证乡镇政府实现其职能并为农村公共事业筹集足额的建设资金。按照公共财政的要求改革支出管理制度，改善重城市轻农村的支出政策，增加对农村的投入，完善财政转移支付制度向城乡提供相对均等化的公共服务，并对农业加以扶持，而这也正符合我国wto规则“绿箱政策”中的财政支农政策。
4．进行行政体制改革，可考虑结合农村税费改革试行精简乡镇级次，进一步转换政府职能，比如可以将乡级政府转为县级政府的派出机构，以求大量精简不必要的乡级机构和人员。这样有利于减少行政运转费用，减轻企业和农民的负担。当然，在没有取得行政体制改革的根本突破之前，还是要妥善解决减负与维持行政运转的关系，否则农民的负担即使暂时减轻了也难免会反弹。

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