税的改革方向。由于农产品生产经营活动的复杂，征税环节设定在流通环节，很难操作，建议在生产环节征税，农产品生产者即为纳税义务人。按照税收政策的一般规则，课税对象应为商品性农产品即生产者已销售的、用于加工成其他制成品的部分（自食部分不征税）。在改革的初期按农民生产的产品扣除规定的自食部分（由省政府统一规定）的差额征税，待条件成熟后，按销售额据实征税。根据目前法定增值税，考虑对农产品实行低增值税税率，农产品税率以10％左右为宜，当然税率的确定要结合多方面因素（包括税收各要素的确定办法等）综合权衡、测算。
考虑到改革的协调推进和城乡一体化的财政分配格局尚未完全形成，在这个阶段可以保留一些以提供准公*品为目的的收费，但以提供公*品为目的单独向农民征收的收费应予取消。即使保留的部分也要严格按照村民自治的原则，实行民主议事、民主管理，村级组织不可越俎代疱，乡镇政权更不得收取除法定税收以外的规费。
第三步：对农民直接补贴
直接补贴主要是发达国家的做法，缘于价格补贴的失败，目的是为了提高农民收入和保护环境等。对农民直接补贴虽然是我们设想的第三步改革内容，但目前已经很现实地摆在了我们面前。
第一，我们已经加入世贸组织，我们的农产品将进入国际市场。目前，发达国家的农产品的成本比我们低，具有明显的竞争优势，主要原因之一是他们在不违背世贸组织规则的前提下，对农民实行直接补贴。世贸组织《农业协议》中，把直接补贴列为不受限制的“绿箱”政策或“蓝箱”政策，我们完全可以充分地予以运用。
第二，我国的粮食保护价收购政策仍存在弊端。一是价格补贴扭曲了市场价格信号，造成市场竞争的不公平。二是效率低，国家巨额的补贴款只有一小部分真正落到了农民手中。直接补贴是把钱直接发给农民，不经过流通过程，没有中间环节的流失。
第三，对农民实行直接补贴的资金来源于过去的粮食价格补贴、政府财政预算安排、财政支农资金。这样“合三为一”用于对农民的直接补贴，切实可行、效果理想，符合中国国情。
直接补贴的方法可以采用税费改革中稳定农业税的办法，以土地面积和常年产量之税作为基础，同时要考虑到保护农民种粮积极性的因素。所不同的是税费改革是以此为依据向农民征收农业税，直接补贴是以此为依据向农民补贴。基期（一般为前五年）面积和产量核定后就固定下来了，可签10?15年的长期合同。美国的“脱钩补贴”大体就是这样操作的。补贴的比例额度考虑到农业生产的复杂性，应由相关部门综合测定，按地区确定统一标准，特种经营生产可不包括在内。在实施这一改革步骤时，可以首先取消价格支持补贴，把价格补贴的钱用于直接补贴，使之转为“绿箱”政策范围的支出，然后根据财力的可能逐步扩大直接补贴范围。
农村财政制度三步改革的核心内容可概括为“一步减，二步免，三步补”，这是一个渐进的系统工程。第一步改革为第二步改革打下基础。第二、三步的改革可以同步进行，甚至第三步可以在第二步改革之前在部分地区试行。农村财政制度的变革将有力推动农业产业结构的调整和生产力的进一步提高，农民的积极性、创造性将得到充分发挥，中国农业的发展将步入快车道，一直困扰我们的“三农”问题将成为历史。

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