中央关于发展粮食生产、促进农民增收的一系列战略部署的过程中，出现了一些困难和问题，有些需要国家在政策上继续研究、加以完善，有些需要通过加强宏观调控予以解决。
第一，２００４年以来，农业生产资料涨价幅度较大，增加了农民的种田成本。据凤阳县反映，按市场均价尿素每百斤由去年的７０元涨到９０元（最高卖到１０５元／百斤），碳氨每百斤由２３元涨到３０元，复合肥每百斤由７５元涨到９０元，除草剂每瓶由２０元涨到２３元以上。２００４年农民种一亩地仅化肥投入就要增加３０元以上。肥料、农药、机耕、种子、农用塑料等费用分别上涨２９．６％、８％、２２％、２５％和４０％。国家有关部门先后出台了一些农资限价措施，但收效甚微。统计表明，仅农资涨价一项就冲抵了政策补贴农民收入的８５．７％。
第二，“三农”政策向种粮农民倾斜，山区非粮农（林农、茶农等）负担反而加重。安徽省山区面积占三分之一，人口占五分之二。就黄山市而言，常年有６３万缺粮人口，按年人均需要粮食５２０斤计算，全年需要粮食１６．３８万吨，目前粮食收购价每斤超过０．７０元，最低的商品粮均价也在０．８—０．９元，为此，每人每年要多支出２１０多元。青阳县山区林农人均年收入仅为１０００元左右，由于公益林不能砍伐减少收入、粮食涨价增加支出等因素，有４６２０人需要领低保，月人均低保仅为４８元，生活极其困难。
第三，研究解决国家惠农政策执行中的问题。一是粮食补贴和良种补贴资金发放工作量大，手续繁杂，工作重复进行，运行成本高，一些地方出现了违反中央规定，用粮补资金抵扣农业税，粮补通知单没有发放到户，村干部代领补助资金的现象。二是对购置大型农机具给予补贴与粮食直补和良种补贴并称为“三补”，已深入人心，但购机补贴资金安排很少，致使补贴资金不到位，一些应该享受补贴的购机户得不到补贴，群众中有国家补贴政策得不到落实的反映。三是良种补贴存在简单化的做法，不管是否使用良种，普遍发放。早稻每亩补１０元，中稻补１５元，晚稻补７元，实际上成了一种普惠补贴，难以发挥鼓励推广使用良种的作用。
第四，中央有关部门的政策相互之间以及前后不够协调，甚至出现矛盾，使得农村基层在执行过程中无所适从。例如，凤阳县把“七站八所”合并为综合服务站，人员由原来的１５００多人缩编为７０５人，其中兽医由１２０人减少为３５人。去年出现“禽流感”疫情后，有关部门规定，每１万人中要有一名具有中级职称的兽医，按此标准凤阳县远未达标。
三、地方的强烈反映和急迫要求
一是安徽在全国率先实行农村税费改革，２００４年全国许多省都取消了农业税和农业税附加，安徽希望２００５年把４．８％的农业税完全取消，也不过只有２０亿元。
二是希望在主销区征收“粮食安全基金”，用于加强粮食主产区的农田水利基础设施建设、农业科技推广等，加大调控粮食主产区和主销区之间关系的力度，建立粮食产销利益联结机制。
三是县乡财政困难，上级要求的项目地方配套资金难以落实，希望项目资金全额拨付。
四是近年来，安徽省自然灾害频繁，省政府及其粮食部门为解决重灾民的口粮问题开仓借粮，累积借粮７．４亿斤，占用贷款４亿多元，灾民还粮有相当困难，建议国家予以豁免。
四、一些看法
中央经济工作会议指出，为了搞好“三农”工作，２００５年“政策不变、力度不减、实惠不减”，这给广大农民吃了“定心丸”。从安徽情况看，２００５年即使天气条件不如２００４年，只要没有大的自然灾害，粮食产量不会低于５００亿斤，能够保持和发展今年的好势头。
从长远看，对种粮农民增补和粮价继续上涨的潜力已经越来越小，同时，农村水利设施欠账多，农业抗灾和粮食生产的能力不强，因此，粮食增产和农民增收的基础不牢固。更大的考验还在粮食供需缺口弥补之后，我国还没有从粮食“多了少，少了多”的怪圈中走出来，这需要从体制和机制上加以解决。只是局限在农业这个小圈子里研究“三农”问题是不够的，必须在更大的范围内，从宏观上开展研究工作，从宏观上解决问题。
财政是公共权力赖以生存的基础，目前县乡财政面临的严重困难不是一个简单的经济问题，它已经阻碍了基层政权的顺利运转和农村各项事业的健康发展。世界上很少有国家像我国实行五级政府架构，行政层次多，管理成本高，工作效率低？？财力分散。解决县乡财政困难？？最根本的是要发展地方经济？？有效培养税源？？同时减少财政供养人口。建议研究探讨减少政府层次和预算级次的可行性，省可直接管到县，乡镇一级政府作为县政府的派出机构，其预算由县政府统一编制，省以下逐步实行两级政府和两级预算体制，全国逐步实行中央、省、县*政府和*预算体制；重新调整和进一步明晰各级政府的事权，将已经不适当下放的事权上收，或在事权不上收的前提下，明确中央或省市政府的投入责任，按事权多少的原则安排转移支付，适度调整中央和省、省和市县、县与乡镇之间的财政分配关系，从体制上确保县乡财政基本支出需要；对农村义务教育要进一步强化中央及省级政府的投入责任，最好由中央和省两级财政负担，国家既然强调九年制义务教育，就应该尽到履行九年制义务教育的责任；县级国税、地税和财政部门合并，成立财税局，隶属本级政府管理，实行统一征收，及时分解，分别入库。

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