学者所关注的农民组织的类型不同，因此这些不同的农民组织的法律地位也就各不相同。除总的俄，对于同一类农民组织的法律地位，人们的认识还是比较一致的。
三、分歧之二：关于社区合作经济组织的属性
对于农村社区合作经济组织能不能算得上是农民的合作经济组织，理论界在20世纪80年代曾经有过激烈的争论，这个争论也被带入了20世纪90年代、甚至21世纪。关于这个问题最近几年仍然存在着两种观点。大多数人的主流观点认为，农村社区合作经济组织在农村的地位不可替代，起着很重要的作用；但是由于这类组织总体上存在着"官化"的倾向，农民的自主参与程度较低，不能体现农民的组织化程度，因而也缺少活力，需要进行较大的改革才能真正变成农民自己的组织，起到更大的作用。另外一部分人则认为，农村社区合作经济组织是传统经济体制的产物，体现了较大的天然地域性和行政化的特征，不能与新型的农民合作经济组织相提并论。
持第一种观点的有赵昌文、陈吉元、陈文科、范小健、潘劲、朱信恺等人。如赵昌文在《农业宏观调控论》中提出要"增强社区集体经济组织的引导功能"，陈吉元等人在《21世纪中国农业与农村》提出要"完善农村集体服务组织"。陈文科等人认为，农村社区性的农业生产合作组织是农民在保留农业合作化合理内核的基础上，形成的以家庭承包为基础、土地等生产资料集体所有，统一经营与分散经营结合的农村集体经济组织，是中国农村中最普遍、最基础的集体经济组织，有很大的优越性，也存在着很多问题需要解决。范小健把社区性合作经济组织作为农民合作经济组织的三种形式之一，但是指出了它存在的法律地位不明确、服务协调能力不强、行政色彩浓厚而合作属性淡化、与基层政府和自治组织的职能不清等问题。潘劲认为，社区合作组织还不是严格意义上的合作经济组织，应该根据国际合作社的原则对其进行改造和完善。李俊超等人也承认社区性合作经济组织是农民合作经济组织；并且还专门比较了社区合作经济组织和专业性合作经济组织的特点、它们在农业产业化经营中的地位和作用、以及未来的发展趋势。朱信恺、鲁靖也把社区合作经济组织作为农村合作经济组织的三种类型之一。
第二种观点主要以牛若峰为代表。牛若峰对农村社区合作经济组织持一种相当低调的态度，他认为社区合作经济组织"有名无实"，只是"为与官方和学界认同保持一致"，他才使用社区合作经济的概念。社区合作经济在很多情况下是集体经济的遗产或社区集体经济，一般是以社区性和某种生产资料公有为基础，其成员因为是该社区的人并与土地或其他集体所有的资产相联系而自然地成为其一员。他们并无经典的合作社成员那样的自愿入社、自由退出、民主管理、按交易量返还利润或按股份分红等权利，因而"不加区别地将农村合作经济组织称为合作经济组织是不准确的、勉强的"。解决这个问题可供选择的办法是，按照股份合作制原则，以农村土地集体所有权和农民承包土地使用权为基础，在相应的社区内建立土地股份合作社。实行土地股份合作制才能使农村社区合作经济组织成为真正的名符其实的农民合作经济组织。
四、分歧之三：关于如何对待"两社"的问题
"两社"即农村中的供销合作社和信用合作社。这两个组织；本来属于农民根据自愿、平等、互利的原则组建起来的合作经济组织，但是由于历史的原因，它们实际上已经演变成了官办、半官办的组织。改革开放以后，尤其是在深化农村体制改革中在如何对待"两社"的问题上，人们存在着很大的争论。争论的焦点在于，是应该按照国际合作社的原则重新改造两社，使其恢复农民合作经济组织的本来面目呢，还是应该根据现在的状况把它们按照一般的商业企业组织来对待，而不再承认它们的这种名不符实的合作经济组织地位了。围绕着这个争论有两种不同的看法。
第一种看法是按照国际合作社的原则改造农村供销合作社和信用合作社，使其恢复原有的群众性、民主性和灵活性的"三性"。这也是中国政府改革开放以来在这个问题上的政策选择。持这种看法的人比较多，如张晓山、陈文科、何广文、陈小玲、朱信恺与鲁靖、闵学冲、吴硕、李海涛等及他们中的不少人还对如何改造"两社"提出了具体的目标和措施。
第二种看法认为应该因地制宜，分别对待，具备条件的可以改造为农民合作经济组织，不具备改造条件的就不要勉强。这种看法也是以牛若峰为主要代表。他认为，针对"两社"发生的变异，政府提出要进行回归性改革，目前看来"两社"机构对改革是积极的，尤其在与政府脱钩方面迈出了步伐。但是，在与社员"合"的方面存在的问题还比较多，远未消除异化现象。经过几十年的异化发展，利益结构关系发生了重大变化，不加区别地要求"两社"完全彻底回归"三性"并不现实，有的时候甚至是不可能的。因此。我们应该采取"因势利导，因地制宜，分类处理"的办法。"就供销社来说，大多数不具备改造成合作经济的，索性设定为营利性非合作性质的商业企业组织，仅将那些具备条件的（尤其是基层社）改造为农民合作经济组织，例如依托供销社建立专业合作社"。 至于农村信用合作社，同样应当根据不同情况做出不同的选择。
从以上综述来看，目前对于中国农民组织化问题的研究还主要集中在农民经济组织上，研究者对农民在经济上的组织化探讨比较多，涉及问题的范围比较广，研究也比较深入。而对于农民在*上的组织化问题研究还比较少，目前呼声也不集中，至于把农民在经济上的组织化与在*上的组织化放在虑的研究目前似乎还没有出现。

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