地增长迅速，城镇建设用地的“双轨制”特征表现得尤为明显。在这些地区，大量的集体建设用地和大量的国有建设用地在“双轨制”上并存，“城中村”和“村中城”相互交错。与此相对应，城镇建设用地市场被人为地分割为城市企业和城市居民的国有建设用地市场，以及农民、农村集体和乡镇企业的集体建设用地市场，城市企业和居民购买农村集体建设用地受到严格限制。由于地租规律和“地尽其利”的市场法则决定了建设用地天然地具有在城乡企业、居民之间流转的内在要求，这就形成了存在于集体建设用地和国有建设用地之间的隐形交易市场。比如，在不少地方，城市企业通过与乡镇企业名义上的合营、入股等形式进入集体建设用地市场，一些城镇居民通过与农民私下买卖房屋也进入了集体建设用地市场。总之，以二元土地所有制为基础、与城乡企业和居民的身份相挂钩的城乡建设用地“双轨制”，以及由此形成的建设用地市场分割，使农民不动产权益的充分实现受到了不应有的限制。
（五）农村土地财产权利仍然没有得到具有国家统一法律效力的严格登记，农民上地财产权利意识的发展受到阻滞
土地登记是国家在法律上确认和保护土地财产权利的一种手段。土地登记具有不动产物权设立的公示功能、不动产交易安全的保护功能、促进公共政策实施的管理功能等。受部门条条管理体制等多种因素的影响，我国至今未建立起专业化、规范化、属地化的农用地权属统一登记管理制度，农民的土地财产权利仍然没有得到具有国家统一法律效力的严格登记。
由于不同用途农用地的承包方式、承包期限以及土地调整频率不同，特别是受部门利益牵制，各类农用地土地承包经营权的登记管理一直未能在法律上统一起来。就耕地而言，由于土地承包是按照“人人有份”的原则进行的，农村许多地区根据人地关系变化对承包耕地进行不同程度的调整，农户与承包耕地之间的占有关系不时发生变动，因此，在《农村土地承包法》颁布以前，国家在法律上一直没有对农民在耕地上享有的土地承包经营权的登记做出明确要求。对于林地、草地、“四荒”地、水域等其他用途的农用地，由于一经承包后土地承包关系就相对稳定或者土地承包多数是按照竞争原则进行的，因此，国家比较早地分别在《森林法》、《草原法》。《渔业法》等资源管理法规中对这类农用地的土地承包经营权的登记做了具体要求，但是一直没有颁布专门的土地登记法规予以统一规范。
为了更好地保护农民的土地财产权利，在实践中，许多地方按照政策要求在保证村社集体与农民签订土地承包合同的同时，事实上还以政府的名义向农民发放形式不一的土地承包经营权证书；许多地方依照有关法律对林地、草地、水域等农用地，也以政府的名义向农民发放土地使用权证书。但是，由于各类农用地的登记分别由农业、林业、牧业和渔业等主管部门负责管理，便形成了多头分散管理的登记制度。
由于土地登记法律不完备，登记机构不统一，因此，不同用途农用地的登记发证，无论是在法律程序上，还是在技术规范上，都远未统一起来。这就造成各类农用地权属登记管理缺少统一的地籍调查，各类农用地登记发证缺乏统一的地籍簿作为基本依据，各类农用地权属证书只不过是土地承包合同的简单复制，实际生活中潜伏的许多矛盾并未通过权属登记管理予以有效解决。由不同主管部门对不同用途农用地组织颁发的各类土地权属证书，例如土地承包经营权证或土地使用权证、林地使用权证、草原使用权证、水面养殖使用权证等，其形式、证载事项、土地权属名称等五花八门，甚至一些地方出现了在同一宗地上发放两种权证的情况，这些都大大降低了土地登记在土地财产权利界定、保护以及维护土地交易安全等方面的作用，削弱了国家对农民的土地财产权利进行统一界定和保护的效力，严重阻滞了农民土地财产权利意识的健康发展。

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