市场经济中，农业合作社的生成与运行逻辑可用委托—代理理论来解释。大量分散的农户和农业企业——委托人单独进入市场的交易成本是巨大的，为节约交易成本而自愿进行联合联合雇用代理人——农业合作组织。代理人不直接从交易中盈利，而是从委托人处领取佣金，由此形成非盈利性合作组织；代理人也可完成委托人的任务，并直接从交易中盈利，而不是从委托人处领取佣金，由此形成盈利性合作组织。
２０世纪６０—７０年代，在激进错误思想指导下，中国的农业合作经济从互助组开始，到初级合作社，再到高级合作社，进而狂热地跨入一大二公的“人民公社”，合作经济深陷“歧途”，导致中国人心目中的合作社概念严重扭曲。以致人们不再愿意谈论合作经济。
然而，世界各国的经验表明，合作社是现代农业发展的重要组织形式，发展农业合作组织是建设现代农业的重要方面。在市场经济中，为了克服“小农户、大市场”的矛盾，为了增强分散的农户在市场交易中的谈判能力，降低交易成本，发展农业合作经济组织却是不容回避的选择。
５、稳定家庭组织。家庭既是消费单元，又是生产单元。作为生产单元，以家庭为单位组织农业生产经营活动的基本特点是“小规模、兼业化”。小规模使农户难以通过扩张土地经营规模的方式以获得“规模经济”。兼业化要求它们能够跟随多种农产品市场动态，学习接受不同学科的知识和不同生产门类的技术，处理大量的科技和产品信息等，对于文化程度不高的农民来说，这无疑非常非常之困难。但是，家庭集所有者、经营者和劳动者三位于一体，经营控制权与剩余索取权高度集中，“委托—代理”关系内置，无须进行专门的激励约束机制设计。这种治理结构和激励机制，极大程度地克服了组织内部的ｘ——无效率，确保家庭成为农业经济高效率组织。中国的家庭经营能够突破“人民公社”体制，充分说明家庭经营在农业所具有的强大生命力。
综合权衡其效率得失，并结合中国“人多地少、土地事实上具有生存保障功能”的特殊国情出发，兼顾公平，在保证劳动力自由流动的前提下，应该稳定家庭组织这种经营方式。
６、壮大企业组织。企业是现代市场经济中的经典组织，其存在的理由是为了节省交易成本，发挥规模经济，是社会化大生产的必然产物。经济发展史表明，经济的发达程度与企业的发达程度是高度正相关的，发展经济必须发展企业，壮大企业组织。如果说，受制于人多地少的特殊国情，种植业以家庭经营为主是不得以而为之，那么，种植业以外的其他产业实行企业化生产经营应该是发展的方向。
特别要提到的是农业产业化经营。农业龙头企业与合作社、农户通过纵向产业协作，在协作过程中使各自的“外部经济”得以释放，利益共享，风险共担。从这种意义上说，产业化经营也是企业化经营，支持龙头企业就是支持农业，就是支持农民，是现代农业的一个重要方面。
７、改革集体组织。农村集体经济组织的形成源于人民公社时期形成的集体资产，集体组织的存在依赖于集体资产的存在。集体经济或集体资产具体表现为集体所有土地、水利设施以及由集体出资兴办的企业等。
与国有资产的政府——国资委——国有企业的其委托代理链关系相似，集体资产的委托代理链关系是乡镇政府（村委会）——集体经济——集体企业或农户，相应地，在二者产权和治理结构等经济性质方面相似，都面临运营效率低下问题。为改善国有资产效率，政府通过改革国有资产管理体制以改善外部效率，在国有企业内部则通过产权改革和完善治理结构以改善内部效率。
集体经济作为一种组织形态，其产权属性是相对而言模糊的，大量的事实表明，家庭承包的是集体所有土地、水利设施以及由集体出资兴办的企业效率损失严重。从减少组织监管费用，提高运行效率的角度考虑，建议借鉴国有企业改革思路，从管理体制、产权、治理结构等方面着手，改革集体经济和改革集体组织。

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