实际税率则是16.8％。又因为农民在购进农用生产资料时，增值税不能抵扣，实际农产品增值税税负要达到19%。而工业品增值税一般税率是17%。农产品增值税率比工业品高，这在世界上是少有的。
3.税负不公平。城镇个体户的增值税有月销售额600元――2000元的起征点，工薪阶层所得税也有月收入为800元的免征额。而农业税并没有起征点和免征额，无论土地常年产量是多少，是自用还是外销都要纳税，按全额计征，这不符合税收公平原则。
4.不利于提高中国农产品国际竞争力。据国务院发展研究中心韩俊推算，美国每亩玉米农业生产者平均税收负担为3.89元人民币，我国每亩玉米农业税平均10.72元，另外每亩还分摊24.22元的“三提五统”，生产成本畸高。对于园艺产品、畜产品等具有比较优势的产品，由于我国设置了较高的农业特产税率，也削弱了其出口竞争力。
2004年3月底，中央决定在黑龙江、吉林两省进行全部免征农业税试点。

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