环境效益审计的技术方法包括环境信息收集技术方法和环境效益分析评价技术方法。前者用于发现事实、收集数据、核实有关说法、测试相关程序，后者用于将环境损失或环境效益货币化，以经济评价反映项目建设的社会经济环境影响。
一、环境信息收集技术
环境效益审计的信息收集技术沿用了一部分传统财务审计的方法，比如审阅法、核对法、函询法、观察法、盘点法等，但也有其自身独特的方法，主要有：
1.实地观察。对整个被审计单位的工作布局情况加以观察，了解经营管理的全过程，看其工作功能的发挥，并获得对组织的整体印象；对环境进行实地观察，取得环境治理状况的直观印象；对于项目、工作现场进行实地观察，可以了解环境保护项目的运作过程。
2.面谈。向有关人员分别提问并获得回答，采用口头询问同时做文字记录的方式。被询问者可以是被审计单位的高级主管、一般管理人员、当事人，也可以是有关外部人员包括某方面的专家等。通过与对方的交流了解不同观点、发现线索，但审计人员对所提供的信息应保持客观评价。
3.问卷调查。当需要向很多单位和人员了解相同或相近的问题时，可以采用问卷调查的方式。关键环节：一是设计一整套科学合理的问题，这些问题应该非常明确，切忌模棱两可或带有某种诱导性；二是保证调查对象对有关问题有清楚的了解；三是要求问卷发送渠道的顺畅。
4.调查表。调查表各项指标围绕审计评价来设计，调查指标不仅要反映收集项目的基本情况，而且指标具体详细，覆盖面大，便于综合分析。lOcAlHOST利用调查表的方式，可取得审计对象基本情况资料。如对各级财政环境保护资金的调查、对污水处理厂建设运营情况的调查等均可采用此法。
信息收集技术方法还包括统计抽样、案例研究、研讨会等其他方法，在开展审计工作时可根据实际情况灵活选用上述一种方法或综合使用几种方法，目的是获取充分、有效、可靠的证据资料，为实施效益审计分析打下坚实基础。
二、环境效益分析评价技术
环境保护的效益既可以用前后污染损失的减少量来评价，也可以用环境改善带来相关行业和产业的收益来评价。具体评价指标体系包括人体健康、工业、农业、林业、渔业、牧业、交通运输业、旅游业、房地产业、教育与科研等多方面。相应的，不同评价指标采用的评价技术方法也各有不同，这就需要审计人员在实践中灵活掌握和运用。主要方法有：
1.市场价值法。该方法是利用因环境质量变化引起的产值和利润的变化来计量环境质量变化的经济效益或经济损失，如，水质变化对农业造成的经济效益或损失，通过被灌溉农田主要农作物产值的前后变化来计量；对渔业的影响则通过同一水域同种鱼类产量和价格的前后变化来计量。
2.人力资本法。该方法指人因为环境质量的变化引发疾病或死亡而造成的经济损失，直接经济损失包括医疗费、住院费、陪护费、丧葬费等，间接经济损失包括人的创造价值，可以当年该地区人均国内生产总值计算。
3.资产价值法。该方法是根据人们对环境资源的支付意愿，利用具有环境属性的商品的价格前后变化计算出因环境资源质量的变化而产生的收益变化。如对房地产市场进行分析，当其他条件不变时，可以用因周围环境质量的变化而导致的商品房价格的差异，来计算环境质量变动的货币价值。
4.机会成本法。该方法指在决定环境资源的某一特定用途时，不直接计算从该种用途可能获得的收益或损失，而是从被放弃的其他用途的损益间接求得。如，因水污染对生活用水造成的损失可用自来水因取水距离增大而增加的管道设备投资和运营成本来计算，而水环境改善的效益则可以用缩小取水距离减少的投资和运营成本来计算。
5.旅行费用法。该方法用于估算消费者使用那些没有市场价格的环境商品所得到的收益，因为对于不必花费门票的某些户外娱乐设施或自然景点来说，无法体现出环境作为商品的价值，这就需要调查消费者使用环境的支付意愿将价值予以量化。
6.影子工程法。该方法指在环境破坏后，人工建造一个工程来代替原来的环境功能，以该工程的投资成本作为环境污染的损失。如，水环境容量价值就可以采用再建造一个同样蓄水规模的水库所需投资来计算。
7.防护支出法。该方法是以对某种活动引起的环境污染采取相应的措施进行预防和治理所支出的费用，来对环境价值进行效益分析。如，某地区减少污水排放的效益可以污水处理厂处理污水的单位成本与减少污水排放总量的乘积来计算。