是比较复杂的，也就是说要把会计信息系统与外围其他系统的关系（接口）描述清楚是一件不容易的事情，何况各个行业也有各自的特殊性，要想制定出一套标准，确实面临着许多困难。
2、会计信息系统的结构和功能还不是很成熟。
从我国会计信息系统的发展过程可以看出，会计核算软件相对比较成熟，但是财务管理软件（管理型会计软件）和决策型会计软件以及适应企业管理软件要求的会计软件还不成熟，有关的标准制定可能还需要一定的时间。
3、还需加强会计信息系统标准化制定组织的建设。
在我国，以前会计电算化标准和规范的制定，都是由财政部会计司负责。现在，会计电算化和企业管理软件的标准化工作已转到了非政府部门的“中国软件行业协会财务及企业管理软件分会”，也就是说，以后有关会计电算化方面标准的制定工作交由民间的协会来办理，因此必须加强协会的权威性，加强各软件公司的协调，及时地制定出会计信息系统和管理信息系统的各种标准，为我国会计电算化事业推波助澜。
4、加强与会计信息系统标准制定有关的部门的沟通和联合。
与会计信息系统标准制定最密切的部门是审计和税务部门。目前，商品化会计核算软件很多，单是通过财政部评审的就有30多家，加上各省（市、区）财政厅（局）和行业主管部门评审通过的，少说也有几百家之多，再加上自行开发的专用软件，更是不计其数。而审计软件还没有一家通用的，因为，对如此众多的数据结构和处理过程各异的会计软件，编制通用化的审计软件是不可能的。这个问题的实质，其一是会计信息系统缺乏一套完整的标准，其二是现有标准制定很少或根本就没有考虑审计、税务等部门的需要，因此，在今后会计信息系统标准的制定中，要充分考虑相关部门的需求，使标准的适用范围更广，以带来更大的社会效益。

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