根据现在的税收制度和债券品种，在各类债券中，只有国债利息免税。其他品种，如央行票据、企业债、金融债和次级债等，投资者均需对利息缴税。此外，债券交易中产生的资本利得也需缴税。这里需要澄清一个概念，有很多人一想到利息要缴税就认为是20％利息税。这对个人投资者是适用的，并由券商代扣代缴。但对机构投资者来说，利息收入做为投资收益进入机构的损益表，并成为税前利润的一部分，进行必要的纳税调整后再缴纳所得税。此外还有针对利息和资本利得收入缴纳的营业税，数额较小，在此忽略。
税收因素对债券收益率有较大影响。如果把国债收益率当成无风险利率，在理论上，同期限其他债券品种的收益率应是无风险利率加信用溢价、流动性溢价和税收溢价。在目前市场中，国债、金融债和央行票据的信用等级很接近；流动性方面也差不多，只是国债稍好一些。因此在各品种收益率之间的利差包含了较大的税收溢价。从某种意义上说，税收因素使金融债和央行票据的收益率高于国债。
目前国内的保险公司中有几家在海外上市，在境外披露的报表需要根据上市所在地适用的准则进行编制。但是由于这些保险公司都在中国境内注册，在中国纳税，因此在税收方面要遵守中国的金融企业会计制度以及相应的税收制度。我国的金融企业会计制度与境外准则有较大区别，如对债券的管理意图分类中，国内准则按照意图持有时间区分为长期投资和短期投资；而香港准则分为交易类、非交易类和持至到期类；国际准则的分类与之类似，还增加了一个源生贷款类。在收入确认上也有所不同。这些区别导致对债券投资的评价出现一定差异，比如有时在金融企业会计制度下盈利的交易在国际准则下会是亏损的。LocAlhost尽管出现差异，但在税收上应该以国内准则为准。这也可能会使境外投资者对公司价值的评判出现混乱，当然这已经超出了本文的讨论范围。
国债利息收入是免税的，在债券投资实践中需要结合公司的经营状况来灵活利用这个“税盾”因素。一般来说，公司有承保利润时，需要多投资于国债，从而充分利用免税效应。在公司出现承保亏损，需要利用投资收入来平衡损益表时，企业债等非免税品种的投资比重会逐渐上升。从国外市场看，美国非寿险公司的国债投资比重随着承保利润率的下降而逐渐减少。对于寿险公司来说，一般来讲最初的几年都不会有经营盈利，因此在这个阶段里也适宜投资于企业债、金融债等品种，待盈利后转而投资于国债。有一个特别的因素是投资连接产品的投资。如果这些产品的投资收益无需纳税，而直接给付投资者的话，则可以忽略税收因素，投资于国债以外的品种。从精细化操作角度讲，应该精确计算公司经营利润状况，从而确定出多少利润需要用国债利息收入来进行避税。但从实际情况看，由于很难事前准确地计算出需要避税的部分，因此实现这种精细管理并不容易。
根据国内金融企业会计制度，连续两年市价低于成本的长期投资应提取减值准备，即使没有信用风险的国债投资也不能豁免。减值准备直接减少了当年损益表中的税前利润。但是在计算所得税税基时，需在税前利润中加上超过原成本1％的减值准备，也就是说虽然超过1％的减值准备减少了税前利润，却还必须缴纳所得税。国债等高等级品种到期必然获得全额兑付，届时在此前提取的减值准备都会被冲回，成为当年利润，此时又需要缴税。这样就造成了重复征税，非常不利于投资者。当然，这个问题不仅仅局限于债券投资，股票、基金以及其他形式的长期投资都面临这个困扰。由于高信用等级的长期投资债券减值准备必然被冲回，因此这个问题尤其突出。笔者建议对于用做长期投资的高信用等级债券不提取减值准备。
金融债是一个具有我国特色的品种，类似于美国市场的政府机构债，政策性银行发行金融债的主要目的是进行基础设施建设，其功能在一定程度上类似于国债。央行票据是我国央行的一个创新，是进行货币政策调整的重要工具。这两个品种的信用等级很高，而且具有宏观政策工具功能，如果税率降低将有利于降低融资成本，更好地发挥宏观调节功能。笔者建议，为避免对国债产生“挤出效应”，不一定完全免税，但可以适当降低针对这些品种的所得税率。
债券市场正处于快速发展阶段，客观上要求会计准则和税收制度能够跟上形势的发展。比如已经推出的买断式回购、一直在议论中的市政债、上面提到的减值准备问题等等，需要投资业与会计界、税务部门等进行比较密切的沟通，促使制定出具有一定前瞻性的合理的税务规则。2004年12月中国国债协会曾邀请财政部国库司、税政司、会计司、税务总局以及有代表性的若干机构投资者就国债投资中的税收问题进行了讨论，这是个很好的开端。希望今后能有更多的机会就更多的问题进行沟通。