3、不征税收入界定不明确给应纳税所得额计算带来不便。新企业所得税法实施条例第二十八条规定：“企业的不征税收入用于支出所形成的费用或者财产，不得扣除或者计算对应的折旧、摊销扣除”。这一规定不区分支出性质，“不征税”的精神未真正体现。如果纳税人将不征税收入用于与取得应税收入有关的支出，而不能按配比原则进行扣除，则必然造成对不征税收入事实上的征税。
4、成本费用扣除项目规定不明确，使企业恶意增加成本费用扣除项目，减少应税收入，而适当凭证概念的引入，也给日常征管中对税前扣除项目的认定带来较大的弹性，使税、企间存在一定的分歧，无形中放宽了税前扣除的条件。如工资薪金的扣除，新法第八条和实施条例第二十七条、第三十四条中都用了“合理”一词，但“合理性”作为一个相对模糊的概念，在具体执行中由于理解角度和知识背景等差异很容易在征纳双方甚至征管机关内部形成不同的意见，另一方面对“在本企业任职或者受雇的员工”的界定亦不明确，在实际操作中，对于使用劳务派遣企业提供的劳务人员，企业职工应如何界定缺乏统一的征管口径。
5、税收优惠方面的时间认定规定模糊与相关规定不衔接，给实际工作中具体操作造成了困难。如开发新技术、新产品、新工艺的研究开发费用，根据《财政部国家税务总局关于企业技术创新有关企业所得税优惠政策的通知》中，企业年度实际发生的技术开发费当年不足抵扣的部分可以在以后年度企业所得税应纳所得额中结转抵扣，抵扣期限最长不得超过5年，新法对企业以前年度结转技术开发费未抵扣额如何过渡处理无明确规定；又如新法规定运输工具、电子设备的最低折旧年限由5年分别缩短为4年和3年，而是仅适用于2008年1月1日后购买的设备还是包含以前购买的设备规定不明。
（三）征管能力问题及影响
1、“一税两管”经过六年多的实践运行，导致税收征管成本不断增加、工作交叉、矛盾不断、效率降低，给征纳双方带来了很大的不便，无法体现税法的刚性，已成为当前企业所得税管理中面临的主要问题。虽然国家在2006年出台了有关企业所得税管理权限的文件，但给企业在对企业所得税管理权限的选择上留下了操作空间，企业会随意变动注册资本中货币资金的比例，选择国、地税管理部门，另外由于国、地税两家对企业所得税管理程度的不同，势必会造成同类纳税人因归属不同的税务机关管辖而出现税负“倚重倚轻”的问题。
2、所得税优惠由传统的以区域优惠为主转变为以产业项目优惠为主的方式，给税务机关征管带来了很大的难题。如高新技术企业优惠、专用设备投资优惠、公共基础设施项目投资优惠等享有优惠产业和项目的资格认定问题，由于有关法规和文件对认定部门各方的责任划分不明确，税务机关成为了最主要的责任承担者，而以税务机关的专业领域来看，显然难以承担审核和认定的能力，客观上造成了认定责任和专业能力的失衡，必然带来管理上的隐患和漏洞。“开发新技术、新产品、新工艺”的认定亦存在类似问题。
3、税收征管信息系统中所得税相关模块升级相对滞缓，导致软件模块功能与所得税政策规定不同步、不衔接，无法真正实现管理与信息化同步发展。新旧税法更替，征纳双方在短期内面临新旧申报表的同时运用，如何及时保证更新税收征管信息系统，对税务机关的征管能力是一次考验。
（四）对企业所得税税收收入的影响
1、税率调整对收入的影响
从我市的情况看，管辖范围内原适用33%税率，现在适用25%税率的企业约占盈利企业的29%，其应纳所得税约占我局年度应纳企业所得税98%；原适用33%的税率，现在适用20%的优惠税率的企业约占盈利企业的71%，其应纳企业所得税占我局年度应纳企业所得税2%，新税法实施后，若以2007年度数据为基准，不考虑企业自身经营状况和市场变化两因素对企业所得税收入的影响，税率变化将使企业所得税收入下降9%左右。
2、税收优惠政策和福利企业优惠政策变化对收入的影响
新企业所得税法对福利企业按安置残疾人支付工资的数额进行加计扣除，不再实行全免政策，此政策的实行将增加福利企业所得税收入，以2007年数据比较，此项变动将使企业所得税收入增加约2%左右。而其他税收优惠政策对税收收入的影响大小，则需要等到明年企业所得税汇算和减免税审批时候才能体现出来，目前无法测定，但新法对企业所得税优惠政策的放宽，基本可以确定将减少企业所得税的收入。
3、扣除项目的变化对收入的影响
新企业所得税法取消计税工资扣除政策，对职工福利费、教育经费、工会费三项费用按照实际发生额列支，并且要求在支出时冲减2007年底挂账部分，这将对应纳税所得额有比较大的影响，影响深度将有待年度所得税汇算时候才能得以测算。
三、加强企业所得税管理的基本思路和对策
面对以上实际征管工作中存在的问题，要想确保国家税收收入稳步增长，国家税制改革顺利实施，新企业所得税法落到实处，首先应当从机制上给予创新，为税收工作带来新的血脉，其次应不断健全制度，以新企业所得税法的实施为契机，强化并完善各项工作制度，不折不扣的执行新的企业所得税工作要求，我们认为具体来说应从以下几个方面来做：
（一）从完善新企业所得税法规体系方面
1、完善总分支机构企业所得税计税及征管体系。首先要细化计税办法，进一步加强对分支机构利用组织结构变化避税的监督，明确、细化对二级分支机构及二级以下分支机构做出判定的适用标准，统一各地税务机关征管口径，同时，加强对外经营环节的管理，提高总机构对挂靠项目的财务核算的监管；其次理顺总分机构企业所得税征管关系，对非法人分支机构进行一次清理，重新明确所得税征管权限，以保证总机构与非法人分支机构的主管税务机关一致。
2、优化应纳税所得额扣除规定。进一步完善新企业所得税法实施条例中关于不征税收入的表述，明确企业的不征税收入用于与取得应税收入有关的支出所形成的费用或者财产，不得扣除或者计算对应的折旧、摊销扣除，明确工薪扣除标准，弥合新税法与新会计准则的差异，明确福利费扣除衔接方法，

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