国家新医改方案提出，公立医院改革要坚持政府主导与发挥市场机制相结合的要求，充分说明公立医院改革面临的新机遇和挑战。针对目前公立医院改革普遍存在的认识不统一、政策不配套、工作不协调等主要问题，省提出了相应的对策。
改革管办不分，创新管理体制。按照医疗服务监管职能与医疗机构举办职能分开的原则
，推进政府卫生及其他部门、国有企事业单位所属医院的属地化管理，逐步实现公立医院的统一管理。截至2009年年底，全省共完成282所国企自办医院的分离工作，占应分离医疗机构的95.3%。
改革政事不分，创新运行机制。
目前，先在公立医院全面推行院长公选制、员工聘用制与绩效工资制。2008年8月，云南省率先在昆明地区开展执业医师多地区执业试点，取得经验后在全省推广。截至2010年10月底，昆明市已办理医师多点执业1098人，办理人员占昆明地区医师注册人数的4.77%，其中在职人员占78.6%，退休人员占21.4%，副高以上职称人数为740人。这次试点不仅促进了优质医疗资源合理流动，提升了基层医疗卫生机构的服务能力与水平，增强和规范了医师的法律意识与职业行为，也充分体现了医务人员的自身价值。
改革权责分离，创新监管机制。明确界定公立医院所有者和管理者的权责，建立医院管理委员领导下的院长负责制，形成决策、执行、监督相互制衡，有责任、有激励、有约束、有竞争、有活力的机制。
改革以药补医，创新补偿机制。云南省首先对公立医院提供的服务进行了成本核算，明确了提供药事服务的成本；其次，在成本核算的基础上，调整了服务收费标准；最后，落实公立医院政府补助政策。LOcaLhOSt我们目前考虑取消公立医院10%的药品加成率（2005年以来，云南省的药品加成率一直保持为10%）。取消10%的药品加成率之后，医院的损失主要通过三方面来补偿：增加药事服务费，提高服务收费标准，政府投入。其中，增加药事服务费的费用占三成，政府投入占四成，从而解决医院取消药品加成率以后药品获利亏空的问题。
改革公强民弱，创新竞争机制。鼓励、支持和引导社会资本发展医疗卫生事业，先后通过股份合作办医、股份制合资办院、联合国有企业办院、全资收购公立医院、组建大型医疗集团、省市单位联合办院、吸引品牌医院办院，以及大力发展民办医院等方式，加快形成投资主体多元化、投资方式多样化的办医体制。