企业组织理论学的研究，企业管理组织机构设置通常有四种模式，即以产品为基础的模式、以职能为基础的模式、以客户为主的模式和融合前三种的矩阵模式。按照前述税收管理机构的改革目标和国外税收管理机构设置的做法，适宜采用按税种类型和职能分工相结合的模式设置内部机构。在基层局(县、区局和将来实现征管实体化的地市级局)适宜按职能分工和纳税人类型相结合的模式设置机构，除稽查局可作为外设机构外，其它专业局都应全部转为内设机构，同时还应撤销过去外设的直属局、外税局，实现对内外税、不同行业、不同预算级次企业的统一管理。基层局的主要职能是对辖区内税源税基的控管。分类管理是专业化管理的基础，对纳税人实施分类管理是国际上许多国家的成功做法。
三要构建与信息化相适应的税收征管运行机制，实现税收征管的信息化。利用信息技术改变税收管理的流程和组织结构，建立一种层级更少基层管理人员权责更大的管理体制。在县(区)局内部，根据税收征管和信息化的内在规律，重新设计和优化税收征管业务和征管流程，将咨询受理等纳税人找税务机关办理的涉税事项集中到前台办税大厅实行全方位服务，解决纳税人多头多次跑的问题；将纳税评估、调查执行、稽查审计等税务机关找纳税人的所有管理事项，集中到后台实施分类管理，解决税源税基控管薄弱的问题。
四、税收管理的制度创新
深化税收管理改革，既需要消除不适应现代税收管理发展要求的制度性障碍，更需要针对解决新情况、新问题作出新的制度安排。优化税收管理制度设计是税收管理改革与发展重要内容，也是从制度层面解决当前税收管理存在问题的必然要求。LOcALHOst税收管理的制度创新应当紧紧围绕提高纳税人税法遵从度和税务机关管理效能，降低税收风险即法定税收与实际税收之间差额这一税收管理目标，在税收管理制度体系优化设计上求得新突破。
当前税收管理制度创新应当突出两个重点。
(1)要着眼提高纳税人的税法遵从度，促使其如实申报纳税，解决税务机关与纳税人信息不对称的问题。
一要建立以纳税人为中心的税收服务制度。税收服务是保证纳税人依法纳税的重要条件，必须按照新征管法的要求，尽快将税收服务从过去的道德范畴上升到行政职责，构建起以纳税人为中心的税收服务制度体系，为纳税人提供享受各种税收服务的制度保障，包括设立多渠道政策性服务的制度，确保所有公民享受和获得税收知识的权力，使纳税人有能力自觉、及时、准确申报纳税，减少无知性不遵从；设立以客户为导向的程序性服务制度，确保办税公平公开，程序简便规范“一站式”服务到位，使纳税人减少“懒惰性”不遵从；设立完善的权益性服务制度，确保客观公正开展行政复议，主动实施行政救济，保障纳税人合法权益，减少情感性不遵从。
二要建立以纳税评估为基础的纳税信用等级制度。纳税信用度的高低直接体现着税法遵从和税收管理水平的高低。实施纳税信用等级制度，根据纳税人纳税诚信度实行差别管理，对信用等级低的纳税人严加管理。制定鼓励诚信守信，制约惩处失约失信的政策措施，促使纳税信用成为与纳税人生存发展紧密相联的无形资产。让依法纳税者受到社会广泛尊重，使诚信纳税者得到实惠，增强忠诚性遵从的荣誉感；让失信违法者付出利益代价和荣誉代价，促使纳税人诚信纳税。同时要把建立纳税信用等级制度与建立纳税评估制度紧密结合起来，建立起科学的纳税评估机制。
三要建立“轻税重罚”的违法处罚制度。增大违法成本是强化税收管理的重要举措。对外要健全偷逃税处罚管理制度，增大偷税成本；严惩知法违法者，对不按规定履行纳税义务，该罚的要罚，该判刑的要判刑，减少纳税人自私性不遵从，增加预防性遵从。
(2)要着眼提高税务机关内部管理效能，约束税务人员寻租，对工作业绩进行有效激励，解决管理者与被管理者信息不对称的问题。
一要建立科学的税收管理绩效考核制度。考核税收管理绩效是促进税收管理水平不断提高的重要手段。税收管理绩效考核导向至关重要。要彻底扭转过去绩效考核重收入轻管理，重上级机关对下级机关轻机关内部考核的倾向，从组织收入型向执法保障型转变。要以正确实施国家税收政策，降低税收风险为目标，将绩效监控和评价贯穿税收管理全过程，使绩效考核成为加强管理的有效手段。可以考虑从上级机关对下级机关和机关内部两个层面建立绩效考核制度。上级机关对下级机关的绩效考核，应从税收风险、执行政策、服务质量、人力资源利用、成本效益等方面，通过客观科学地制定考量目标和指标体系，准确评价下级税务机关税收管理的成效和不足，激励先进，鞭策落后，使之明确税收管理的改进方向。对机关内部工作人员的绩效考核，应重点围绕行政行为、行政过程和行政结果等方面进行考量，可采取事项与岗职相结合的绩效考核办法，通过定岗位、定职责、定事项、定人员、定目标、定指标、定奖惩等方法，充分运用计算机网络对税务人员工作业绩进行有效的监控和评价，使个人工作绩效与集体组织绩效高度关联，激发个人和群体奋发向上的活力。
二要适应税收管理信息化要求建立各种新的制度规范。根据税收管理技术发展的要求，进一步完善税收管理的制度环境，为现代科学管理扫清制度性障碍。除了要从法律法规上对电子申报数据合法性、电子签名不可抵赖性等重大问题作出新的规定外，特别是要针对税收管理信息化的要求，及时废除不合理的规章，尽快改变传统纸质条件下信息流转的各种制度设计，以新的视角、新的理)念和新的方式，重新设计优化以计算机网络为基础的各种税收管理制度，从制度上保证税收管理整体效能的发挥。
三要不断完善以人为本的竞争激励机制。加大人力资源开发利用的力度。通过健全思想政治工作制度，用先进的思想武装人；健全干部培训制度，用科学的知识充实人；健全选人用人制度，用正确的导向激励人；健全勤政廉政制度，用科学的机制约束人，从税收管理制度上确保实现人尽其才、才尽其用，激发干部队伍的活力，挖掘每个干部的潜能。