2005年，安徽省在国家将农业税税率统一降至2%、以及对扶贫工作重点县实行免征农业税试点的基础上，在全省范围内取消农业税。这是我省自费提前一年进行的改革，同时2005年我省粮食直补资金将增加1.85亿元，粮补资金总共达到8.65亿元，良种补贴和大型农机具的补贴力度也将持续加大。农业税的取消和国家农业补贴力度的加大对于调动农民的种粮积极性，增加农民收入，促进农村经济发展无疑会产生巨大的推动作用。但是我们也应该注意到当前我省的具体情况，尤其是土地制度方面存在的一些问题使得农业税的取消可能会引起土地纠纷，值得我们提起重视。
农业税全免之后农民的种粮收益增加，再加上各种补贴力度的加大以及各级政府部门对农业的重视程度，增加了农民土地经营的预期收益，土地又重新成了农民的香饽饽。使得以前放弃土地或没有土地的农民纷纷要地，许多地方出现土地纠纷。这些要地的农户有的是将土地流转出去的，有的是二轮土地承包时因嫌税费过高没有要地的，有的是外出打工后自动放弃土地承包权的，有的是新添了劳力或新增人口的，有的是按照二轮承包时的政策不应分地的等，尤其是外出务工经商的农民返乡要地的现象最为普遍。
这种情况一方面不利于我省农业的规模化经营。我省本来就是人多地少的省份，2003年我省户均耕地面积仅4.64亩，并且土地大多不成片，不集中，分散化经营严重。前几年土地经营收益下降，大量劳动力放弃农业经营纷纷外出，一定数量的土地得以流转出来，使土地有所集中，土地的规模经营效应有所体现。但是由于最近农业税减免各方面利农措施的实施，农民的土地经营预期收益增加，不少原先放弃土地经营的农户又重新开始经营土地，使得原先已经流转出去的土地又回到分散的小农户手中。LOCAlHost分散的小农经营势头有所增加，不利于农业生产效益的进一步提高。
另一方面，由于土地承包管理本身存在的问题，将导致土地纠纷日益增多。据调查，约有6％的农户没有签订二轮承包合同，还有一部分存在着二轮承包合同管理不善的问题。甚至有的地方农民缺乏对土地承包经营权证书的重要性认识，导致土地承包经营权证书的遗失。这都会为土地纠纷埋下大的隐患。
还有就是土地制度的设计问题。土地承包法规定，耕地的承包期为三十年，草地的承包期为三十年至五十年，林地的承包期为三十年至七十年，特殊林地的承包期经国务院林业主管部门批准可以延长。但是现实中由于集体内成员边界不稳定，成员的增减变动较大，而且新增成员具有“天赋资源权"和法定的"公平、公开、公正"的承包权，因此，土地"承包关系的稳定"与"承包地关系变更”的矛盾始终存在。这将给土地承包管理工作增加难度，并且有进一步激化的可能。