国库集中收付制度的实行增加了财政宏观调控能力，如何结合会计委派制集中核算的业务特点，使会计核算中心的账务处理方法科学化、规范化成为关键。
一、本级财政部门统一调度会计核算中心资金的账务处理
本级财政国库管理部门根据财政资金的储备情况调用会计核算中心（某些地方称“会计工作站”）“基本户”银行存款，需出具合法的批件和收款收据。会计核算中心建立独立的核算体系，真实记录与本级财政国库管理部门发生的资金往来，代理单位的银行存款数额则不发生变动。
调出时，
借：暂付款——财政国库部门——明细科目（行政单位）
其他应收款——财政国库部门——明细科目（事业单位）
贷：银行存款—会计站基本户
调入时，作反方向会计分录。
二、本级财政国库管理部门根据各会计工作站备用金实有数，核拨部门预算款项的账务处理
1．本级财政国库管理部门拨入部门指标款时（资金没有发生空间位置转移），入账依据有单位收款收据、部门预算和预算审批表。
行政单位会计分录：
借：暂付款——财政国库部门——明细科目
贷：拨入经费——经常性经费
——专项经费
预算外资金收入
事业单位会计分录：
借：其他应收款——财政国库部门——明细科目
贷：财政补贴收入
拨入专款
事业收入——财政专户拨款
2．发生支出项目交由本级财政国库管理部门直接支付时，入账依据有发票、合同和工资表等。LOCaLHOst
行政单位会计分录：
借：经费支出——经常性支出
——专项支出
预算外支出
贷：暂付款——财政国库部门
——明细科目
属于固定资产的借固定资产，贷固定基金。
事业单位会计分录：
借：事业支出
专款支出
贷：其他应收款——财政国库部门——明细科目
属于固定资产的借固定资产，贷固定基金
3．授权会计核算中心支付时，入账依据有发票、合同和其他支出资料等。
行政单位会计分录：
借：经费支出——经常性支出
——专款支出
预算外支出
贷：银行存款——基本户存款
属于固定资产的借固定资产，贷固定基金。
事业单位会计分录：
借：事业支出
专款支出
贷：银行存款——基本户存款
4．本级财政国库管理部门通过银行划入上述部门预算指标款项时
借：银行存款——基本户存款
贷：暂付款——财政国库部门
——明细科目
其他应收款——财政国库部门——明细科目（事业单位）