1、国家技术经济部门、乡村集体经济组织和农村专业合作经济组织都是农业社会化服务体系的组成部分，要注意发挥各自的优势，搞好分工协作共同为农业和农民服务
农村专业合作经济组织是一种新型的农民合作组织，它和原有的社会经济组织有着密切的联系，有的农村专业合作经济组织本身就是原组织职能转化或体系分化的结果。还必须看到。在现阶段乃至今后一个很长的时期，农村专业合作经济组织在整个农村组织资源中比重不会很大；同时，在农业社会化服务体系中也只能起到补充和载体作用。所以，必须加强与其他组织的合作，协调好各方面的关系，才能搞好服务，才能促使它健康发展。现阶段，农村合作经济组织迫切需要处理好以下几个关系：
2、专业合作经济组织与社区集体经济组织的关系
专业合作经济组织是围绕专业生产经营开展服务，其成员往往是跨社区的，然而又不可能脱离社区开展服务，专业合作经济组织的成员既是社区集体经济组织的成员，又是某个专业合作经济组织的成员，所以，它要在社区集体经济组织的配合支持下开展服务。在一些由社区集体经济组织牵头兴办的农村专业合作经济组织更是如此。
3、农村专业合作经济组织和科技部门的关系
这种关系实际上是指导与被指导，互为支持的关系。农村专业合作经济组织要积极争取科技部门的支持，主动承担技术推广的中介和组织任务，建立科研开发、示范基地，聘请科技人员直接参与农村专业合作经济组织工作，充分发挥科技部门在指导专业合作经济组织，普及科技知识、发展农业生产过程中的骨干作用。
4、农村专业合作经济组织与各级政府的关系
从目前我国实际情况出发，专业合作经济组织的发展离不开政府的扶持与引导，这和民办原则并不矛盾，这种扶持与引导需要把握住几点：l）政府要制订必要的适度干预与扶持政策，予以正确引导；2）政府部门切不可包办代替，把农村专业合作经济组织搞成官办的组织；3）当地政府领导不要在专业合作经济组织中担任实职；4）农村专业合作经济组织可以聘请专业技术人员到农村专业合作经济组织兼职或任职；5）充分尊重农村专业合作经济组织的经营自主权和财产所有权，不能搞“平调”，不能加重其负担；6）绝不能一哄而起。LOcalhosT