的系统性不足。整个农村制度是一个整体，改革前虽然各项制度相互之间配合并不是太好，但是由于各种制度之间是兼容的，还能勉强维持“一个萝卜对一个坑”的状态。但是税费改革后，减少了许多萝卜，又不能从外面大量补充萝卜，还要坚持“一个萝卜对一个坑”，显然是一厢情愿。这就说明了农村税费改革系统性不够。从理论上讲，农村税费改革是相互配套的，“农民减负，乡镇减人，民主支持”，一减对一减，正好还可以维持“一个萝卜对一个坑”。但是百密一疏，始料不及的是负担好减，人难减，而且还不仅仅是一个减人的问题，还要减债、还要提前支付减人成本，等等。
对农村税费改革的困难估计不足。农村税费改革当时只是认为，只要将农民负担减少，改革就成功了，农民就会欢天喜地。但是事情并没有如此简单。从改革试点的情况来看，农民负担的确减少，但是反弹的势头还很大，因为负担减少是以减少其他必要的支出的为前提的。减负造成的乡村财政收支缺口就成了乡村的“硬伤”，而这些“硬伤”在改革前是没有预案的。一是没有预料到，改革后乡村二级的财政缺口会如此大；二是没有估计到到期的乡村债数量是如此多，而且乡村根本没有偿还；三是没有想到乡镇干部的分流如此难，而且分流干部还必须花费成本，连财政缺口都无法弥补，更谈不上用成本来分流干部，但是如果干部不能分流，缺口就会更大。这就使改革陷入一个恶性循环。
农村税费改革政策本身的局限性。农村税费改革政策本身也存在不少问题：一是虽然农村税费改革较大幅度地减轻了农民负担，但是农民的负担依然很重，这个制度设计仍然是对世界上收入最低的群体征税的制度，这与世界上对农业进行低税甚至负的税收发展趋势是背道而驰的。二是与支持保护政策背道而驰，加入wto，要使我国的农业立于不败之地，必须加大对农业的保护，不取消和大大降低农民的负担，又怎能谈得上保护呢。三是农村税费改革加重了多种田农户的负担。税费改革前，农民负担是地税人费，按土地面积征收农业税，按人头征收乡统筹、村提留及其他费用。改革后，农业税费是按农村第二轮承包土地面积征收，而原先按人头征收的费用，合理的并入了农业税，不合理的都一律取消，所有的农村税费负担都落到了土地上。同时，农业税率从5%提高到8.4%（含附加）。承包土地的农民既要承担以前由土地承担的税，又要承担保留下来的以前按人头承担的费。因此，有地、多地、从事粮食种植的农户负担增加。这与改革的初衷是相悖的。四是统筹提留产生的原因一种租的形式，即乡村让出土地所有权而得的回报，现在将这种因为所有权的经济收入变成了税收，就混淆了土地所有者与国家之间的身份与位置。农村土地产权更加不明确了。这些都说明了农村税费改革政策在制度的设计和安排上存在不少问题。
三、农村税费改革“囚徒困境”的治理策略
中国农村问题盘根错节，税费制度正处在一个关节点，牵一发而动全身。农村税费改革的上述局限性也说明：要理顺农村税费关系、理顺政府跟农民之间的关系，单单依靠农村税费改革还不够，还必须进一步深化农村经济*体制改革，才有可能真正把税费问题解决好。其主要思路就是从整体上推进农村经济*体制改革，扭转农村税费改革单兵突进的局面。
1.撤销乡镇政府，推动乡镇自治。首先要将乡级政府改为县级政府的派出机构。在市场经济条件下，乡镇不应沿袭以前的思路建立一级完全的政府，应按“强县弱乡”、“实县虚乡”的原则，将乡镇定位于县级政府的派出机构（类似于过去的乡公所），主要的职能就是协调民事纠纷，宣传落实国家的政策，承办上级政府的委托事宜，其编制、人员、经费由县政府统一掌握，政府要办的事（如应由县级财政支出的基础设施建设和各种转移支持）由县财政统一纳入预算。将乡镇及其站所承担的社会职能交给社会中介组织，或者把相关站所直接改为社会中介组织或者行业协会。乡镇机关年轻的、素质比较高的充实到工商、税务、公安的部门，以强化行政执法。建立以县为主的农民协会、行业协会和专业协会，满足农民、农业市场化的需要，提高农民的组织化程度，提高农民与基层政府、企业集团和垄断行业的对话能力。
如果认为上述机构改革方案过于激进，也可以在保留乡镇这一级政府的基础上。提出改革“极限”目标，即按照乡镇有多少收入，养多少人，办多少事的方法。大力削减人员。笔者认为，一个乡镇包括站所最多只需要20个人（不包括工商、税务和公安）。20个工作人员的主要职责就是宣传党的政府、为农民搞好服务、协助其他执法部门搞好执法。
2.剥离乡村所承担的农村公共品和公益的责任。不管是保留乡镇这一级政府还是撤销这一级政府，都需要对农村公共品的供给制度进行重新安排。否则矛盾是更多，问题会更大。要重新界定乡镇的职能，对于民兵训练、乡村公路建设、计划生育、农村义务教育、跨区域的农村基础设施建设等公共品、公益品应该由乡镇以上政府为主来承担。
其中，民兵训练和计划生育是一种全国性的公共品，应该由国家财政来负担，由国家从中央财政的转移支付来解决。
农村义务教育应由省级以上政府来承担。因为现在大多数的县级政府还是农业政府，收入主要来自于农村、农业，由县政府负责也是农村自己负责。这与改革前负担主体大致差不多，都是农民。因此，笔者建议农村义务教育的经费由省级政府负责统筹，并以省级政府为主。
农村基础设施建设，除了跨地区的基础设施由省级财政或者中央财政负责统筹建设外，其他的应该以地级政府为主来统筹和建设。其中，乡村道路以县级政府为主，地级政府协助解决。对于国家商品粮食地区，中型以上的水利设施和乡级道路都必须以省级为主解决。只有从根本上减轻了乡村公*品的供给责任，才能使农村税费改革真正改到位
3.重构农村财税体制。在保留乡镇政府的前提下，必须重构农村财税体制。这也是解决当前改革中矛盾的关键（如果撤销乡镇政府，这个问题就不存在了）。因为前二项改革都无法解决迫在眉捷的乡村财政危机和债务危机。这个问题必须扭转非农化偏好的财政制度，重构乡村财税制度。
农业税收制度改革分二步，第一步，近五年

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