乡镇财政困难由来已久，有其制度上的原因。
1994年分税制改革，基本确立了中央和各省之间分税财政体制的基本框架。中央对省的财政体制，直接决定了各省对下进行财力分配的资金总量。从而形成了中央与省、省与地市(或县)、地市与县、县与乡镇四对分配关系。
受“财政自利”影响，各级财政普遍形成财力集中在上，事权承担在下的分配格局。而处于五级财政底层的乡镇财政，往往是话语权最少的。在这种情况下，乡镇财政不可避免地成为县财政转嫁财政危机的一个重要渠道。其结果是“乡镇财政高比例的收入上解和返还补贴”，缺乏财政自主权的乡镇政府在巨大的支出压力下，不得不在制度外“另辟蹊径”谋求资金收入。
农村税费改革带来的一个重大成果，就是使农村分配关系趋于规范化和法制化，对加重农民负担的口子扎得更死，已经把农村长期潜伏的深层次问题逼出了水面。乡村财力不足问题以前之所以不醒目，原因仅仅在于乡村可以通过各种形式的收费、集资、摊派和加码等，把这些漏洞糊起来。但税费改革以后，税费征收趋于规范化、法制化，封住了“三乱”的口子，再也不能像以前那样缺了就向农民收。
税费改革后，乡村财力的骤然紧张，正好从反面说明了一个容易忽视的事实：就是长期以来，农村政权的运转，相当一部分是靠农民微薄的收入支撑的，不同程度地建立在加重农民负担的基础之上。可以说，正是农村税费改革，把这个危害极大而又隐藏极深的问题逼了出来。国务院总理温家宝在3月5日所作的政府工作报告中再一次提出，“三农”问题是当前工作的重中之重。LoCAlhOST要解决好这个问题，除了减免农业税、给予优惠政策这样的直接措施外，配套的制度和机构改革是更为重要和根本的。否则，我们解决“三农”问题就会流于表面甚至陷入停滞，拖延经济和社会发展全局的进程。