特别是20世纪90年代初以后，虽然国家工业化开始步入中期阶段，工业已经具备了自我积累的能力，但是工占农利政策非但没有发生根本性的改变，反而更加突出。有专家估算，20世纪90年代以来每年的工农业产品价格剪刀差均在1000亿元以上，且呈扩大趋势（朱新武，1998），再加上近年来平均每年400多亿元农业税，仅此两项就远远超过改革开放前的平均水平。此外，改革开放后工占农利还出现了一种新的形式，这就是征地剪刀差。据陈锡文（2004）估计，近20年内，国家通过先低价向农民征用土地、后高价向市场出让方式，至少从农民手中拿走资金2万亿元以上。由此可见，我国工农关系长期处于扭曲状态。这种不合理的工农关系及其固化，尽管把工业前途给照亮了，但对农业发展和农民增收产生了持久的阻滞作用。
20世纪90年代中后期以来，我国粮食生产和农民收入一直在低谷徘徊，城乡差距呈不断扩大的势头。种粮比较效益本来就很低，加之部分行业过度投资，土地、资金等要素大量转向非农产业，2003年我国粮食播种面积下降到建国以来的最低水平，粮食产量下降到近14年来的最低点，农民收入增幅已连续7年低于5％。面对以粮食全面减产和农民增收困难为核心的“三农”问题的日益凸现，中央及时做出加强宏观调控的决策和部署，果断采取了增加农民收入、发展粮食生产、强化农业基础地位的宏观调控措施。取消农业特产税并逐步减免农业税，对种粮农民实行直接补贴、良种补贴和农机具购置补贴，以及增加财政对农业的投入，这一系列政策的出台，标志着国家对农业已由过去的“多取、少予”转变为“多予、少取”，工业对农业已由过去的“抽吸”转变为“反哺”，并且这种转变已不可逆转。
（二）城乡关系的突破 我国自20世纪50年代后期开始，为了集中力量进行国家工业化建设，形成了以户籍制度为核心内容的一系列偏向城市的城乡二元体制。严格的户籍制度与城市偏向的粮油供应制度、劳动就业制度、社会福利制度、教育制度相结合，将农民无情地排斥在工业化、城市化进程之外，从而造就城市居民和农村居民两大不平等的社会利益集团。陆学艺（2000）称之为“城乡分治、一国两策”。改革前，由于工业大多集中于城市，因此体制安排上的城市偏向是工业优先政策取向的必然结果。改革开放以后，城乡分割的户籍管理体制有所松动，粮油供应制度被取消，农村大量劳动力流入城市打工。但是，这只是一种体制外的、暂时的流动，不改变户籍，不享受城市福利，也不纳入城市管理，甚至一些城市还出台了若干排斥、歧视农民工就业的政策。因此，尽管“城乡分治、一国两策”是在计划经济条件下形成的，但随着计划经济向市场经济的转轨，这一体制并未受到根本触动。在经济上，农业人口和城市人口在赋税、所有制、就业等方面所享有的国民待遇仍然有显著差别；在*上，如选举全国人大代表时，城市人口是24万人选举产生一个代表，而农村人口却是96万人产生一个代表；在社会上，农村人口在教育、医疗、社会保障等方面与城市人口所享有的国民待遇也有天壤之别（陆学艺，2004）。由此可见，改革开放以后，城乡分割的二元体制已逐渐演变成一种权益结构，维护着城市阶层的既得利益，农民阶层则长期受这一体制的束缚而成为最大的利益受损群体。事实上，在中国城乡差距已经畸变为一种城乡鸿沟（雷晓宁，2003）。
面对日益扩大的城乡鸿沟，中央依据科学发展观的要求，明确提出解决“三农”问题必须统筹城乡经济社会发展，且将农村作为协调发展的重点。加强农村基础设施建设，将新增教育、卫生、文化等事业经费主要用于农村，为农村发展创造了基础条件。深化农村经济、社会、*体制改革，则为农村发展提供了必要的体制保障。这表明，长期存在的“城乡分治”已开始向城乡一体化方向发展，城乡鸿沟将逐渐弥合。
（三）政府与农民关系的突破 和国际上通行的*政府不同，我国实行的是五级政府架构，即“中央—省—地级市—县（区）—乡镇”。其中位居基层的县乡基本上是靠“以农养政”，“搜刮”农民是县乡财政的主要来源（李昌平，2004），改革开放以来，基层政府尤其是乡镇政府部门以农业税为载体，派生出从农民攫取剩余的名目繁多的税费负担，且“取之于农民”不是“用之于农民”，而是为了解决乡镇干部的吃饭和福利的需求。由于乡镇政府的主要职能已由服务农民异化为“搜刮”农民，加之农民负担过重已经威胁到一些农民的最基本的生存需要，必然导致“集体性抗议”的不断增加，大规模群众上访事件的不断发生，干群关系全面紧张，这些已经成为影响农村稳定的重要因素。
面对农民的不堪重负及由此引发的一系列社会问题，中央决定在巩固和发展近年来农村税费改革成果的基础上，从2004年起取消农业特产税（除烟叶外），逐步降低农业税，平均每年降低1个百分点以上，5年内取消农业税。农业税减免的意义不仅在于每年减少农民人均几十元的负担，更重要的是为乡镇机构改革和农村基层民主建设增加推力，创造条件，从而也为改善农村干群关系营造氛围。首先，农业税减免以后，乡镇不再靠“以农养政”，上级政府（中央和省两级）的拨款而非“搜刮”农民将成为乡镇财政主要来源，从而实现“农不养政”。乡镇政权靠上级财政统筹后，乡镇政权的基本职能才有可能变“搜刮”农民为服务农民，上级政府也才会产生真正改革乡镇体制和机构的动力。其次，农业税减免以后，乡镇政府不再找农民收钱了，村干部的主要工作不再是完成乡镇布置的任务，而是管理本村事务；村委会主要不再是对乡镇负责，而要越来越对村民负责。这时村民自治便顺理成章、水到渠成，以村民自治为核心的农村基层民主建设才会有实质性进展。
三、新“三农”政策的三大走向
尽管新“三农”政策在工农关系、城乡关系、政府与农民关系上取得了重大突破，并在实践中已初见成效，但作为一项刚出台不久的新政策，它又不可避免地存在某些局限性。针对这些局限性，需要对现行“三农”政策加以充实和完善，以便更好地发挥其政策效应。
（一）现行“三农”政策带有一

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