使农村基层政府在处理地方事务时不至于财力上捉襟见肘。这是一种直接而且见效快的办法。然而，正如贾康，白景明（2002）所指出的，中国现行的多层级分税制下的财政转移支付制度通常是不稳定的，下级政府获得上级政府财政转移支付的稳定性主要取决于上级财政的实际状况和下级财政的公关能力[5]，而且，过于依赖上级财政转移支付并不利于地方发展。另外，在通过转移支付取消农业税过程中，上级（如市、县）财政能否不发生挪用，确保及时足额地弥补基层（如县、乡）财政缺口，其效率和可靠性还有待观察。因此，转移支付并非一个最好的解决途径。
（2）维持目前的财政分权体制，但将部分事权上移，尤其是农村义务教育，应当由中央负担。2002年全国县级教育事业费1578亿元，占全国县级财政支出6313亿元的25%，占全国预算内教育经费2582亿元的61.1%，而中央只占10.3%[6]。将其上移可以大大减轻地方财政压力，而且农村义务教育具有纯公*品的性质，其经费由中央政府负担才合乎常理，也符合世界各国的惯例。这种办法也可以使财权和事权对等，如果在短期内我国财政分权体制没有大的改革，这应是一种可取之策。
（3）调整目前的财政分权体制，将中央和省级财权下移。尤其是对于中西部地区，要使基层政府在税收分割中享受更大的比例，使财产税等税种成为基层政府的主要收入来源，彻底改变农村基层财政依赖农业税的局面。应该说，无论是从理论上还是从世界上多个国家的通行做法来看，使中央、省、县成为我国基本的*政府，并拥有相对独立的事权和财权，都是解决事权和财权不对应问题的根本出路。但由于其涉及到我国财政体制以及目前政府五级管理体制的根本性改革，因此，在短期内实施的难度太大。
2．积极稳妥地推进农村基层政府机构改革
在当前，“三农问题”、县乡财政困难问题和政府（特别是省以下）体制问题相互交织，大大增加了解决“三农”问题的难度。面对这种社会结构转型从县乡财政困难角度反映出的难题，必须着眼于省以下财政体制和政府体制全局求解[5]。所以，如果我国农村基层政府机构不大力改革，节约治理成本，不但债务问题无法解决，而且已有的税费改革成果也有可能难以保全，农民负担很可能再次加重。因此，取消农业税必须与基层政府机构改革同时进行。
第一，改革县级政府机构。从近期看，县级政府机构应大力压缩合并，例如，在县级政府中，仅直接涉及农业的就有农业局、林业局、水产局、水利局、畜牧局、农机局、粮食局、土产公司、气象局、烟草局等多个部门，应对这些机构大力合并。从远期看，县级政府应与地区（市级）政府合并，撤市留县。截至2002年底，我国中央、省、市（地区）、县、乡的比例为：1/31/332/2860/44850，其中，市（地区）一级的管理幅度最小，功能最弱，是当前我国政府中最不应设的一级。如果裁撤这一级政府，省级政府的管理幅度可变成92。随着交通、通讯的发展，这完全是可行的，而且裁撤市（地区）后除了能节约治理成本之外，还能有效地提高上传下达的效率。
第二，精简乡镇政府。乡镇政府尽管机构众多，但大多是县级政府的派出机构，县级政府改革之后，乡镇政府必然要进行相应改革。当然，由于涉及到的人员、机构太多，因此，乡镇政府的改革应分两步来走：在近期，要实现人员分流的目标，将临时人员解聘，对于正式人员，可以采取离职退养或借鉴湖北咸安模式，即采取干部下海锻炼的办法；到远期，要实现撤销乡镇政府的目标，将乡政府目前的职能收归县级管理。
第三，简化村级治理结构。从我们在农村基层的调查来看，干部人数与履行功能的多少并无必然联系。目前村、组的十几个干部中，真正起作用的只有两三个。由于干部人数众多，干部报酬成为村级组织一个沉重的经济负担。简化村级治理结构势在必行，而且取消农业税后，村干部的大部分工作也将不存在，因此，裁撤冗员以降低开支已显得十分必要。从村干部所承担的管理职能来看，一个中等规模的村庄有两位男干部、一位女干部就足够了[7]。
总的来看，取消农业税是一项利国利民的重大举措。然而，由于目前农村的改革是牵一发而动全身，处处需要通盘考虑，因此，取消农业税也必须充分考虑到社会各阶层既得利益格局的刚性以及体制转换成本，尤其是必须考虑到其对农村基层政府的影响。如果缺乏相应的配套措施，很难说我国这一次的税制改革会不会再一次陷入“黄宗羲定律”的怪圈之中。所以，只有正视取消农业税给农村基层政府在收支和治理结构上带来巨大的冲击，并对现有的财政分权体制和农村基层政府机构进行改革，才能保住取消农业税的成果，也只有这样，取消农业税才能真正成为我国农村继联产承包责任制后的第二次革命。

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