决定了地方土地管理部门处于了地方政府和上级土地管理部门不同工作目标的聚焦点上。在分级管理体制下，一方面，地方土地管理部门在业务上受上级土地管理部门的指导，在分级土地利用总体规划控制下，按照上级核定的用地计划指标，安排建设用地，保护开发补充耕地，执行土地资源利用公共管理职能；另一方面，地方土地管理部门还要按照地方政府的经济社会发展规划和实际需要保障各类建设用地，按照地方政府的要求代行国有土地资产管理职能。这就是说，保护耕地与建设用地之间的矛盾在实践中还具体表现在地方政府与土地管理部门之间的冲突上。

由于作为地方政府的一个职能部门，地方土地管理部门主要领导人的人事任免权在本级地方政府，因此，地方土地管理部门不得不完全听命于本级地方政府，土地管理部门自上而下的规划管制、计划控制、用地审批等管理措施的落实受到严重干扰。实际上，许多违法用地都得到了当地地方政府及其土地管理部门的事前默许，甚至一些地方政府的土地管理部门在本级政府的压力下和用地者合谋变相转用、占用耕地。比如，在最近国土资源部公布的一些严重违法案件中，多数违法主体就是地方政府，有的违法占地量很大地方政府土地管理部门不可能不事前知晓。实行省以下垂直管理，目的是通过强化部门的条条管理，以此来约束地方政府的行为。当然，实行省以下垂直管理，可能会加大条条和块块之间一些新的摩擦。比如，在建设用地审批方面，由于中央政府和省级政府拥有主要的用地审批权和人事权，在部门垂直管理的监督约束下，如何提高用地审批效率，及时、有效、合理地保障各类建设用地，这类问题如果处理不当就有可能成为新的矛盾焦点。

总之，我国土地资源利用和管理中面临的一系列深层次矛盾和冲突说明，要妥善解决我国经济社会发展中的土地问题，就必须进行全方位的配套改革和制度建设。这包括：建立和完善农用地分级分类保护体系，如以基本农田保护为核心的耕地保护体系、以基本草原保护为核心的草原保护体系等；在保护农用地尤其是保护耕地的同时，加快建立和完善一整套农业支持和补贴体系，补偿农民因承担耕地保护、国家粮食安全保障、可持续发展等公共利益所承受的损失；改革征地制度，缩小征地范围，提高征地补偿标准，规范政府征地行为；建立新型的经营性农地转用制度，保障农民在经营性的农地转用和转出中拥有自主决策权，保障农民集体分享土地增值收益的权利；在必然要转用一部分农用地的情况下，通过完善土地租、税、费体系，保障将农地转用中取得的一部分土地增值收益持续稳定地投入到农用地开发、整理和农村闲散、废弃的居民点用地复垦、整理中去，建立和完善耕地补偿机制；修订和完善各级土地利用总体规划，使之更加切合各地经济社会发展的实际需要；深化城乡土地使用制度改革，完善以土地使用权为核心的土地产权制度，开通城乡建设用地市场；改革二元土地所有制基础上的城乡分割管理体制，完善以土地用途管制为核心的城乡土地统一管理；完善事实上存在的国有土地分级所有制，强化对土地资产性收益的专项管理；完善部门垂直管理体系，强化对地方政府的有效监督和约束。

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