门的联系。
2 分析部门在企业中可以涉及到的项目，分析部门处于项目工作流程的哪一个环节，或属于流程中的哪一个作业链条之中，存在何种风险，部门需要参与哪些工作任务，在执行任务的过程中可能会遇到的风险种类及大小，初步评估部门面临的风险，并进而确定关键控制点。
3 根据控制点确定所要进行的控制活动，进行责任和权力的具体分派，制定业绩考核标准。一个部门是由若干流程组成；一个流程由若干作业组成；一项作业由若干项任务组成；一项任务都是由一个或几个人来完成；而为了完成任务，每个人都必须被指定明确的责任。在部门设计中，可以按ａｂｍ的方式来进行设计，即按价值链或作业链来进行设计。第一步，明确各部门涉及到的作业（如部门的作业可分为三种：接受顾客需求作业；满足顾客需求作业以及辅助作业），明确部门的作业链和价值链以及作业结构；第二步，确定部门的主要工作流程以及各流程的投入与产出；第三步，确定流程中的各项作业以及相应任务；第四步，从按作业收集耗费的资源成本数据出发，确定作业的产出指标；第五步，制定作业的业绩指标，即将部门的业绩指标分解到各项作业，并根据部门的实际业绩作出评价。
按作业链进行部门的内控设计，使部门明确在整个内控制度中自身涉及到的内控项目有哪些，处于流程中的何种地位，部门即能保持一定的独立性，又能实现很好的衔接，集合各部门为整体，实现全企业的作业成本管理，可以将企业有限的经济资源合理地在部门之间进行分配，资源会实现合理配置。
4 设计部门内控制度时建立部门内部以及部门间的信息与沟通，部门内上下级、同级、部门间能迅速取得他们在执行任务、管理和控制企业运营过程中所需的信息，并互相交换这些信息。
5 部门的内控制度应具有监督职能，包括例行的管理和监督活动，为确保内控制度的执行，还应具有协调小组，即纵向协调或横向协调小组。
6 设计部门的内控制度也应区分常规性事件、非常规性事件和混合性事件。常规性事件的控制可按上述方法进行，而非常规性事件和混合性事件的控制可按本文第三部分总体设计中的有关思路进行。
内控制度设计后，应在部门内部进行测试，测试的基本方法是：以部门为基础，对部门的职能及岗位设置在内控制度中的实际执行功能进行测试。部门测试的结构可分为以下几个部分：部门的组织结构及岗位设置、部门应具备的功能、部门管理的权限及范围、人员的职责划分，部门的主要业务（分业务种类绘制流程图）、部门与其他部门的衔接（主要是业务上的衔接）。针对部门的测试主要看部门是否能够完成规定的职能，部门之间的职能是否存在重叠，部门之间职责的分配是否合理， 是否符合内部控制的一些基本原则，是否存在有的环节大家都管，而有的环节又无人问津的情况，及管理上是否节约而有效。根据测试结果决定是否修订或增补该项内控制度。按部门设计最实质的内容是流程设计。
（二）按项目设计一个项目，有其自身的业务流程，跨越不同的组织部门。按项目设计应遵循以下步骤：
1 分析每个项目的组织维度和流程维度。即分析在执行该项目时都会涉及到哪些部门，部门的层级、部门之间的相互关系怎样，组织结构如何，以及该项目会牵扯到哪些业务流程。同时分析在执行项目时可能面临的相关风险，然后按项目的业务流程来进行具体设计，根据执行项目的环节和流程，确定控制点，从组织和流程两方面来制定相应的内控制度：即项目的审批、授权、核实查证、责权分离、确保资产安全以及检查等，还应建立完善的信息和沟通以及监督机制。
2 制定项目内控制度的执行测试方法并形成测试报告。在项目设计中，设计一套内控制度的制定、内控制度的执行、内控制度的测试、内控制度的测试报告程序，来考证项目的组织结构方面，包括层级、单位和责任是否合理，以及项目的业务流程方面是否能进行实际操作，测试需结合ｃｏｓｏ报告关于内控的五个要素进行，即查看项目的控制环境、风险评估、控制活动、信息与沟通和监控。
3 设计项目内控制度的修订和增补程序。形成测试报告后，就可以根据报告结果决定是否对该内控制度进行修订。经由内控制度的制定、执行、测试、报告、修订等一系列循环周转的过程进行项目内控设计，可以使制定的内控制度符合企业实际，具有操作的可能性。同样，按项目设计的最实质的内容是流程设计。
（三）按流程设计按流程设计，是对企业某项业务流程的控制制度进行设计，如对销售流程、采购流程进行内控制度的设计。一个业务流程中包括若干作业，而每项作业又由若干任务组成。按流程设计的思路是：
1 明确业务流程的工作环节的前后衔接，确定流程的投入与产出。
2 明确业务流程中涉及的作业，作业间的相互关系，建立一条作业链，并制定每一作业相应的作业标准，根据每一项作业的投入与产出，制定相应的考核指标，即将总投入与产出指标进行细化，落实到每一项作业中。
3 明确每一项作业的任务组合。对每一项任务规定出相应的标准，即制定完成任务的指标，包括量化指标和非量化指标。
4 将每一项任务落实到执行任务的每一个组织成员。即用上述量化和非量化指标作为考核组织成员的业绩指标，同时，任务需要落实到组织、单位直到个人，涉及到授权与责任，所以，流程设计与组织设计达到了有效的结合。在一项业务流程的执行过程中，又可能涉及到不同的内控项目，也即组织、项目、流程的三维组合。需要注意的是，上述流程设计必须建立在企业的业务流程比较合理的基础之上，而为了达到这一点，就应对企业的业务流程进行优化分析，进行业务流程再造。

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