计师与被审计企业保持经济意义上的独立；（2）审计师不能与被审计企业存在任何有损于财务报告客观性的利益关联；（3）审计师与被审计企业的关系或行为不得影响或参与被审计企业的管理决策。因此，无论审计环境如何变化，审计独立性原则都要求审计师在执行审计程序时保持公正的职业判断，回避令其独立性受到置疑的情况。
在传统的审计任务结构中，这种审计独立性一般不容易受到技术因素的影响。但是在电子商务环境下，审计师要有效地完成审计任务，尤其是对被审计企业的实时在线审计任务，就必须在信息系统的技术配置上与被审计企业的会计及其他管理信息系统形成一定的关联关系。实时数据的采集、在线审计程序的执行、网络为载体的财务披霹审计及其鉴证报告，这些审计内容都离不开被审计企业信息系统的技术支持。
非鉴证业务也是与审计独立性相关的另一个重要因素。有些关于电子商务的非鉴证性服务，如协助客户设计、实施电子商务软件，帮助客户在传统会计系统中置入电子商务信息系统等，都会对审计师的执业独立性产生影响。审计师在向企业提供这些与电子商务相关的非鉴证性服务时，不得偏离独立性这个关键的前提。传统审计禁止审计师参与审计客户的日常簿记、直接参与或干预审计客户的管理控制过程等有损于执业独立性的行为。将这个原则应用到现代电子商务审计中，就要求审计师在服务于审计客户过程中，不得代行企业员工职能，不得进行客户企业的网站服务器控制、网络管理、电子商务软件和数据库维护等经营性活动。如果审计师向审计客户提供监管客户企业日常经营的信息系统和维护管理审计客户网站的服务，就很有可能影响其审计的独立性。

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