微差别，企业很难准确把握，容易诱发税企矛盾。税务机关掌握的信息只有货物从区外进入区内的“出口”信息，而且通常只有一般贸易和进料加工贸易的入区信息；一线（区内和境外之间）进出口信息、二线（区内和区外之间）进口信息、以及货物在区内或者不同区域之间的流转信息、区内企业手册结案信息等等，都无法掌握。因此，依靠现在出口退税申报提供的单证以及电子信息，很难全面反映出交易状况。对开票方向、货物流向、资金结算等事项，都要依靠深入细致地人工审核。不仅工作量巨大、效率低下，而且存在相当大的退税执法风险。
5.退税管理的工作负荷不断增加。由于税务部门与海关在直接进出口业务管理上存在很大区别，因而给退税管理增加了难度。一是货物实际入区时间与报关单上注明的出口日期不符。特殊监管区域内，企业分批送货集中报关现象比较普遍，报关单上“出口退税日期”滞后严重，在退税率多次下调的情况下，企业为了避免吃亏，纷纷要求海关更正“出口日期”，或者要求按照货物实际入区时间计算退税，税务机关显得比较被动。二是出口报关单上的错误信息较多，改单时间长，造成企业办理延期申报的情况多，相应增加了退税管理的业务量。
四、整合特殊监管区域功能的建议
作为特殊监管区域，保税区、出口加工区、保税物流区、保税物流中心目前分别享受着不同的优惠政策，政策资源难以共享，影响整体功能的发挥，同时也分散了监管人力，增加了管理成本。为保证特殊监管区域健康发展，节约土地资源和管理资源，切实提高经济效益，有效降低监管风险，要以科学发展观为指导，尽快推动功能整合和政策叠加，在更高起点上重新定位特殊监管区域的发展方向，从而促进特殊监管区域规范有序运行。
1.科学评估现有区域运行效能。特殊监管区域已经运作多年，但尚没有一套涵盖环保、能耗、税收、就业、国际收支、行政管理等领域的科学的评估体系，来对区域的运行效能作出全面评价，因此制约了今后的规划发展。从调研情况来看，现有的特殊监管区域不仅占用了较多的耕地资源（每个出口加工区的占地面积近3平方公里），各区域的初始建设投资动辄数亿元，而且每年管理机构的行政开支和国内税收让渡更是庞大。正因为如此，有必要审视一下这些投入对于宏观经济产生了多少积极作用，又带来了哪些负面影响。目前，各地设立特殊监管区域大多采用自下而上的模式，即先圈地围网，然后招商和上级验收，很容易造成设区的盲目性和土地资源的闲置。要想解决好这个问题，必须设定一些刚性指标，如进出口总额、加工贸易比重、产业分布状况等等，达不到指标的地区，一律禁止圈地，使特殊监管区域布局于进出口金额大、加工贸易比重高并且符合国家产业指导政策的地区。
2.拓展叠加功能，推进互动发展。要按照合理规划、统筹发展、依法行政、经济效能、科学管理、改革创新、整合发展的基本原则，通过模式创新、功能整合、政策叠加，使现有特殊监管区域的政策优势、功能优势、区位优势等最大限度地发挥出整体效能，实现各类特殊监管区域的协调发展、优势互补，使其成为成为先进制造业的聚集区、国际物流的集散区、服务外包的承接区。一是功能的整合，使各类特殊监管区域都基本具备保税加工、保税物流两大功能。二是政策的整合，统一各类特殊监管区的税收政策，包括境外入区保税、区外入区退税、区内出区征税、区内免征增值税和消费税等等。三是监管模式的整合，统一海关监管模式操作流程和信息化管理系统，从而降低管理的风险，提高管理效能。四是资源的整合，将目前分布在各类口岸物流和保税物流网点上的人力物力资源合并重组、科学配置，解决监管资源总体上相对不足的问题。通过功能整合，使各类特殊监管区基本具备保税加工、保税物流两大功能，克服特殊监管区产业链和供应链脱节的缺陷，为吸引更多的物流和加工制造企业、国内外大公司的地区总部、研发机构和营销中心入区经营发展创造有利条件。
3.理顺管理职责，避免交叉重叠。在海关总署牵头草拟的整合特殊监管区域指导意见中，赋予区内企业自主贸易权和分销权，不再认为整合后的特殊监管区域为“境内关外”地区，这给了区内企业更大的经营空间，有利于区域的发展。但是，应明确区内企业就是境内企业，区内区外的货物和劳务交易依然属于境内交易，适用增值税、消费税暂行条例，由税务机关征、退增值税和消费税；而区内企业与境外外商之间的货物和劳务交易继续按照现行规定，由海关管理。只有这样，才能有效防止国内税源向海关税源转化，改变地方财政与中央财政的分配格局。
4.加强信息沟通，实现深度融合。目前，对进入保税区（自由区）的货物事实上存在入区、出区和库内三重监管，造成了手续繁琐和效率低下，增加了企业的经营成本。为此，我们认为，要建立一个部门牵头、其他部门参与的综合协调机制, 在管理手段上依托“电子口岸”信息平台, 对特殊区域实行联网监管，共享管理信息资源, 从而构筑起政府部门间的执法互助体系。在具体业务的操作上，各部门应在一个总体原则下，分别制定具体的操作规程，避免产生矛盾而使企业无所适从。同时，要借鉴国际先进做法，加强信息资源的共享和综合利用，尽快实现商务、海关、税务、外汇、检验检疫等部门之间的计算机联网，加快与h2000系统相接轨、与电子口岸相衔接的步伐，充分利用信息技术等现代化手段，建立适应现代物流发展的高效监管体系，真正实行电子账册和联网管理。

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