模式上都坚持以人为本，重点保障参保人员的医疗待遇，同时兼顾好定点医疗机构的服务补偿，而且费用结算办法也基本统一。
五是信息网络化建设统一。目前，新农合和城居医保都建立和完善了信息管理系统，通过信息网络极大程度地方便了城乡居民的参保登记、申报缴费以及就医结算，增加了医疗保险运作的透明度。 六是制度设计统一。《意见》和《方案》中都明确推进医疗保障制度建设必须达到人人都公平享受医疗保障，制度覆盖全体国民，可以满足多样化的基本医疗需求，制度设计符合大数法则，能够有效地分担风险，有力约束保障对象的就医行为和医疗机构的服务行为，在能够满足人民群众医疗需求的同时，有效地控制医疗费用增长，在提供医疗服务的过程中促进国民身体素质的提高。
（二）不同点：
一是筹资标准不同。导致参保积极性不同，新农合的
筹资标准简单直观，不论是成年人还是未成年人都是一个缴费标准，在实际操作中便于农民群众理解和支持，而城镇居民的缴费标准多样，成年人的个人缴费远远高于新农合，且对低收入60岁以上的老人没有明确的界定标准（容易导致部分城镇居民钻政策漏洞），在实际工作中，城镇居民对政策的理解容易产生混淆。
二是组织程度不同。导致两项制度的参合率高低不一。**市新农合的参保率高于居民医保，有城镇居民医保启动时间不长的原因外，还存在两个方面的原因：1、农民的组织程度远远高于城镇居民，农村的号召力大于居委会的号召力，在农村可以通过完善的基层组织把农民宣传发动组织起来，而城镇
居民流动性强，而且没有政策要求强制参保，更多的依赖于居民的自我保障意识；2、新农合的财政比例相对较高，个人负担较低，每人年缴纳20元，而且还有18元要配置到个人帐户，实质上个人的缴费仅一年2元钱，而城镇居民中成年人一年需缴纳160元，个人帐户配置26元后，个人的实际缴费一年需要134元，为新农合的67倍。城镇居民参保率在一段时间内将始终低于新农合。
三是人员结构不同。新农合覆盖了各个年龄层次的农村人口，而且要求以家庭为单位参保，人员规模大，基金共济能力强。城居医疗保险覆盖的范围主要是“老、小、病、残”，人员规模远远小于新农合，尤其是在城镇化程度不高的贫困山区显得尤为突出，有的统筹单位城镇居民的人数仅1至3万人左右，基金的共济能力十分有限。
四是医疗消费预期值不同。目前，我国医疗卫生资源配置的现状是绝大多数的医疗机构在县级以上城市，城镇居民就医方便，而且城镇居民的经济负担能力高于农民，因此，城镇居民的医疗预期值远远高于农民。
五是待遇保障水平不同。使两项制度吸引力各异。从个人帐户配置看，新农合的个人帐户为18元/人/年，可能结转，可以用于支付住院的自费部分，而且可以建立家庭帐户，便家庭成员内部的调节使用。而城镇居民的个人帐户虽高于新农合，但占个人缴费的比例偏低，而且还没有建立门诊统筹的补偿方式，个人帐户对门诊费用补偿所发挥的作用微忽其微，从住院保障看，在一二级医疗机构，新农合的补偿标准高于城居，而且**市新农合综合补偿比例高于城居7.3%。
六是保险费征收和经办管理体制不同。保险费征收方面，新农合通过乡镇财经所直接征收，能够方便参保人员的缴费，城镇居民医保的保险费由地税部门负责征收，而地税部门在各乡镇没有工作机构，对保险费采取巡回征收，参保人员缴费不便捷及时，甚至影响到参保人员的看病就医。管理体制方面，乡镇农合办为市农合办的派属机构，人员编制由市农合办统一管理调配，便于市农合办的领导，各乡镇的参保管理工作有专人负责，既能方便参保人员，也能切实加大对定点医疗机构的监管力度，堵塞基金支付的漏洞，提高基金的使用效率，而城镇居民医保在乡镇没有专门的办事机构和人员负责日常的管理监督，仅靠市医保局有限的工作人员通过突击检查、巡回抽查的方式进行管理，管理的力度不够，基金支付过程中存在漏洞。
（三）两项制度管理运行中存在的问题。
1、在参保人群设计上缺乏总体规划。参保范围存在交叉。按规定城居医保的覆盖范围应该是城镇非就业人口，进城务工农民和失地农民，新农合的覆盖范围是农村人口，而在实际操作中，一是部分农业户籍从业人员在参中城镇职工医疗保险的同时又在户籍所在地参加了新农合；二是城镇居民就业后，未及时退出城镇保险；三是农村户籍的中小学生在城镇中小学读书的是参加新农合还是参加城居没有明确的政策界定；四是在对待失地农民问题上，新农合和居民医保都有权办理，但责任主体不明确。
2、制度之间缺乏有机衔接。一是城镇居民和新农合在医疗保险待遇标准上，没有进行统筹规划，保障的侧重点各自不同，城居对住院保险补偿的重点放在二级以上医疗机构，新农合对住院补偿的重点放在一级和乡镇卫生医疗机构；二是补偿模式不一，城镇居民医保采取的补偿模式是“住院补偿+门诊大病补偿+个人帐户+超限额大病补偿”。新农合采取的是“住院补偿+门诊大病补偿+家庭帐户+个人帐户补偿”，城居医疗保险对超过3万元以上的费用设立了大病医疗保险，而新农合未开设。因此，新农合参保人员发生重大疾病之后的高额医疗费用目前没有制度保障；三是两项制度之间参保人员的身份发生转换后，保险关系的接转同有统一的政策规定，缴费年限的认定没有政策依据，直接影响到参保人员的待遇。
3、存在多头管理，资源浪费。目前，城居医疗保险、新农合和城乡医疗救助分别由劳动、卫生、民政三个部门管理，管理办法、操作程序各不相同，增加了管理运行成本，加重了财政负担，而且业务出现交叉，增加了管理难度。突出表现在一是两项制度的信息网络都是单独开发，增加了管理成本；二是两项制度参保人员的基础数据库分开运行，无法实现信息资源共享，造成资源浪费。可能出现一个人参加两项保险，在统计参保人员时出现重复，重复享受各级财政补助资金；三是参加两项保险的人可能会出现双重享受保障待遇的现象；四是定点医疗机构要成立单独的城镇职工（含城居）医疗保险管理科室和新农合管理科室，分别应对医疗保险经办机构和农合办

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