企业办理银行结算业务，按规定需要向银行支付一定的费用，这些费用包括凭证工本费、手续费、邮电费。此外，如果单位违反银行结算纪律和规定的行为，银行还要按规定收取一定的罚款。
(1)凭证工本费的核算。银行收取凭证工本费分为当时计收和定期汇总计收两种方式。
各单位向银行领购各种结算凭证时，按规定应填制一式三联的结算凭证领用单，并加盖其预留银行印鉴，送开户银行。开户银行审查无误后，实行当时计收的，向领用人收取结算凭证工本费，并在第一联结算凭证领用单中加盖“转讫”章或“现金收讫”章后退回给领用人。各单位财务部门根据银行盖章退回的结算凭证领用单第一联和银行收费凭证编制现金或银行存款付款凭证。
例：某单位12月20日向银行领购结算凭证10本，用现金支付凭证工本费50元，财务部门根据银行盖章退回的结算凭证领用单和银行收费凭证编制现金付款凭证,作如下会计分录：
借：财务费用 50
贷：现金 50
如果采用定期汇总收费的，则领购时不直接支付，其汇总收费时一次性转账结算。银行汇总收费时向各单位发出特种转账借方凭证作为支款通知。各单位财务部门根据银行特种转账借方凭证编制银行存款付款凭证。会计分录为：借记“财务费用”账户，贷记“银行存款”账户。
(2)银行手续费和邮电费。银行办理结算业务，按规定的范围和规定的标准向客户收取一定的手续费。另外，银行办理结算业务还需向客户收取邮电费。邮电费和手续费合在一起交纳。
银行收取手续费和邮电费也采取当时计收和定期汇总计收两种方法。LOCalhoST当时计件的，各单位在办理结算时直接用现金交纳或者直接办理转账，财务部门根据银行盖章退回的有关凭证（如汇票委托书第一联等）和银行收费凭证编制现金或银行存款付款凭证。其会计核算方法和工本费相同。采用汇总计收的，应根据银行特种借方凭证编制银行存款付款凭证，其会计核算方法和工本费相同。
(3)结算罚款。各单位在办理结算过程中，由于违反结算纪律和银行结算的有关规定如签发空头支票等而被银行处以罚款时，各单位应根据银行的罚款凭证编制银行存款付款凭证，其会计分录为：借记“营业外支出”账户，贷记“银行存款”账户。