整承包地，多留机动地；不尊重农民的生产经营自主权，强迫种植、强迫流转承包地等。给发包方和具有农村土地资源管护责任的村民委员会、乡镇政府等侵害农民承包经营权益制造了条件。
3、现行法律对农村集体土地所有权主体的设定概念模糊。"农民集体"没有明确的法人代表，在行使具体权力时，作为所有权人的农民集体的真实意愿难以得到真正体现，使一些农村干部利用其地位，充当所有权代言人，为自己牟取利益，使农村土地承包关系以法律形式规定下来存在现实困难，农民长期而有保障的土地承包经营权得不到实现。
4、没有在法律理念上把土地承包权当作农民神圣不可侵犯的财产权利，对农民权益的保护现行法律中缺少最直接、最具体的规定。农民的积极性能不能得到很好的发挥。农民的土地承包权能不能得到很好落实，归根结底还要落实到法律在农村土地承包权的规定上。
5、缺乏必要的矛盾调处机制。农村土地承包纠纷的诉讼、调解、和仲裁制度不完善，矛盾发生时没有相应的机构及时调处,有个别纠纷案件已经上升为刑事案件。由土地侵权引发的村民集体上访案时有发生。大量纠纷直接到法院起诉，而法院审理案件受相应程序法律的限制，不能及时审结，往往造成延误农时，使农村土地承包合同纠纷和农民权益得不到及时处理和保护。
三、对完善农村土地承包经营制度的几点建议
1、提高对以法律形式确认和保护的农村土地承包户的市场主体地位的认识。保持农村土地承包关系的长期稳定，为农业发展和农村稳定提供基本的制度保证。在依法保障农民土地承包经营权的前提下，依法、规范、有序地推进土地承包经营权多种形式的流转，稳步实现社会化服务与家庭承包经营的紧密结合。
2、保持与时俱进的精神状态，更新理念和观念，对农村集体土地推行自主承包。规范农村土地承包经营，缓解因为土地承包经营带来的社会矛盾和社会问题，使农民的现实利益和长远利益在土地承包经营中得到保障。正视农民对土地的承包使用权，保护农民的土地经营权，保护农民的物质利益。
3、加大对土地承包合同履行的保护力度，杜绝土地承包合同履行过程中的违法现象。“契约必须被遵守”，这是自罗马法起就已确立的古老法则，在当代，仍有其意义。土地承包合同的实质是一个物权契约，合同一旦生效，契约一方的承包经营人便取得了土地的部分物权权能，由于物权的位阶高，效力强，权利人具有追及力，请求力，排他力和优先力，这都是土地承包权利人权利受侵害时可以依据要求保护的法律理由，解决农村中的土地承包合同纠纷问题应特别注重调解工作。
4、把农民的土地承包权视为农民的财产权，并予以严格的法律保护。稳定农民对土地收益的预期。将土地承包权通过法律硬化为一种财产权，有利于土地承包权的商品化，促进土地流转市场的形成。承认农民的土地财产权，将提高农民的社会归属感，有利于乡村社会的稳定。农民的土地财产权越是得到尊重，就越有利于农村社会的稳定。由于土地不同于一般财产，它具有明显的区位性，所以明确农民的土地所有权，也不能一概而论。
5、规范土地承包合同，明晰权利义务，健全土地流转条件。在适当时机，将已经夫去实际意义的现行土地承包合同，通过民主程序予以解除。吸取先进地区土地承包的经验，将土地所有权、承包权、经营权三权分离，明晰土地产权关系。从而达到明确集体土地所有权，稳定农民土地承包权，放活生产者土地经营权的目的。在土地承包合同中设立土地承包权的流转条件。农民土地承包权按照承包合同的约定可以采取不同形式进行流转。流转年限必须在二轮承包期内，即可以在土地承包权持有者之间流转；也可以由集体经济组织按经济和社会发展需要，通过一定民主程序，有计划、有组织地进行流转。无论是土地在承包权持有者之间进行流转还是向其它的社会主体流转，都必须履行土地承包权流转手续，签订合同。集体经济组织要对土地承包权流转实施有效管理。

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