社扩大规模和信贷业务高度专业化以后，信用社的民主管理更加难以实现。在省联社与县联社之间，在组织形式上，省联社是行业自律组织，承担着规范与管理县联社的职责，而实际上，县联社是省联社的股东，作为一级法人，它有合法经营的自主权，省联社对县联社的管理成了法人管法人，会出现县联社不服管的局面。就股份制商业银行来说，募集的股本中，中小股东所占股本比例太小，而法人股东尤其是政府股份占较大比例，可能造成内部人控制或者是政府对信用社的行政干预，为信用社偏离其经营目标埋下了隐患。合作制银行的改革形式，也存在一定的问题，合作制中，自然人股东多，股本小，农民的无知和对合作社的不关心，使信用合作社的民主管理无法落实。而且，一人一票的表决方式，使大股东也没有对合作银行的实际支配权，而成了行长说了算。
二、农村信用社改革对农村经济发展的影响
（一）积极影响
1、农信社交由省级政府管理，使地方政府与信用社的关系从行政干预到对其负责。农村信用社交由省级政府管理，一方面有利于落实管理责任，发挥地方政府的作用，帮助农村信用社改善经营和发展业务；另一方面，地方政府管理信用社后，直接承担了信用社的盈亏责任，这样，地方政府会加大打击逃废信用社债务行为的力度。而不像过去，把信用社的资金当作地方的第二财政，只要借到款，而不管是否有偿还能力，也不管所投资的项目是否有可行性，为了地方经济增长，为了地方财政收入，盲目上马，盲目投资，甚至为企业逃废债务创造条件，提供保护。这样，就能有效防范和化解金融风险，营造地方经济发展的良好环境。事实上，由于充分调动了地方政府的积极性，地方政府更加重视和支持信用社的发展，各地纷纷出台了支持本地信用社发展的政策措施，信用社的经营状况开始得到改善。据初步统计，2003年及2004年的前两个月，全国农村信用社共增资扩股203.7亿元，其中，8个试点省（市）增加股金173.6亿元。2003年全国农村信用社轧差后增盈减亏49.7亿元，其中，8个试点省市增盈减亏13.4亿元。2004年前两个月，全国农村信用社连续出现当月全行业盈利。
2、利率市场化（存贷款利率上浮）有利于农村信用社吸引资金，用于农村地区的发展。我国农村信用社率先实行利率市场化改革，在1998、1999年再次扩大贷款利率浮动幅度的基础上，2002年，全国8个县的信用社实行了利率市场化改革的试点，贷款利率浮动幅度由50%扩大到100%，存款利率最高可上浮50%。农村信用社存款利率上浮后，一方面是吸引来自原来存在其它金融机构的存款；另一方面是吸引来自民间的资金。我国的民间金融虽一直处于非法经营状态，但生生不息，生命力极顽强，其原因就在于它有市场。现在，信用社的存贷款利率提高了，存款人可以得到更多的收益，借款人可以通过较高利率更便利地借到款，而其运作形式合法化，这样，民间资金可以以较少的利益损失换来较高安全性，民间资金自觉地走上了正规金融的轨道，纳入了信用社的业务范围。
3、农村商业银行、农村合作银行的建立有利于支持农业产业化经营和城乡一体化发展。在经济发达地区，二三产业迅速发展，农业产值和农业就业的比重都日趋下降，农村信用社作为一种合作金融组织，逐渐失去了服务对象。农业产业化经营组织及民营企业发展所需资金量大，信用社已不能满足其需要，所以，成立股份制商业银行和农村合作银行，成为农村经济发展的迫切需要。
4、成立县联社统一法人后，能更好地支持县域经济发展。农村信用社成立县级统一法人后，农村信用社加强了管理，节约了成本和费用，资金调节能力增强，业务范围得到扩展。同时，由于税收减少及一些优惠政策的实行（无息再贷款，呆坏账分期进入成本核销，成立信用社风险补偿基金），使信用社的盈利能力增强了，信用社有更多的资金用来支持农村经济发展；成立县级统一法人后，授信额度增大，农业产业化经营所需的较大额度的资金在更大程度上得到满足；由于统一法人后，县联社统一提取准备金，统一核销呆坏账，过去的风险社支付压力减小，相对落后的农村地区更有可能得到金融支持。
（二）不利影响
1、农村信用合作社自身发展的需要使其偏离合作金融方向。我国的农村地区经济发展水平低，资金投入不足，资金回报率低，农村金融体制改革总的方向就是要增加农村资金投入，建立为农村经济发展的完善的金融体系。信用社作为农民的金融合作组织，农村金融服务的主力军，承担着为农业、农民、农村服务的义不容辞的责任。然而，农业是弱质产业，自然灾害风险和市场风险都很大，比较效益低，如果信用社的资金大量投入农业，必然造成资金回报率低、回收难。信用社改革后，成为自主经营、自负盈亏的经济组织，信用社自身的发展无论从其本身吸收股本、扩大规模，还是从提高资金使用效率、降低经营风险来看，都不愿意把大量资金投入农业领域。所以，农村信用社有着烈的离农倾向。出现了中央要支农、地方要发展、监管部门要防范风险、农信社要生存的矛盾。
2、信用合作社资金非农化倾向。目前，我国以合作制形式存在的农信社大多有着大量不良资产，亏损严重，资不抵债。鉴于信用社经营资产不良状态，没有人愿意入股。而且，落后地区的农民相当贫困，很少有货币财产，靠他们入股集资，是达不到开办农信社的标准的。落后地区，有钱的人不需贷款，不愿意入股信用合作社；无钱的人想贷款但没有钱入股。这就决定了农村信用社的资金筹集只有走股金资本化的道路，只有这样才能不断补充资本金，维持信用社的生存与发展。因此，出现了合作金融的性质与股金资本化之间的矛盾。在资金的运用上，成立县级统一法人后，县联社与基层社的权力配置发生了变化，基层社的经营自主权变小了，原来，基层社可以根据本地情况，确实贷款的对象、期限与额度，现在，受到县联社的制约，对要地急需资金的农户和经济组织难以及时给予支持。基层社的贷款授权一般在10万元以下，对农户小额信用贷款最多也不超过5万元，对最大的一宗客户贷款余额不得超过信用社资本总额的30%（孔发龙，2003）。那些最缺资金的农户和企业得不

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