革试点开始，我们就发现，乡村两级的收入大大减少，加上财政转移支付滞后，导致了乡村基层机制运行面临困难。这个困难的典型表现就是财政来源问题。
中国目前实行分税制财政管理体制。在实行分税制的财政体制下，各级财政的支出范围按照中央与地方政府的事权划分，层层包干，收支层层是平衡的，中央负责中央，地方负责地方。但从1994年税制改革以后，“好税”、利大的税向上收，“坏税”、利小的向下放，财权上收了，事权就下放，其结果是越到基层，事权越大。而我国的乡镇一级政权有相对独立的财政，这就导致他们必然要寻求变通之道，也就是通过运用事权重新加强财政能力。举个例子，农业税没有办法征收，他还可以征收计划生育费，宅地费等，而征收标准，如何征收仍然是基层政府说了算。
在我国县乡两级庞大的政府机构没有大的变动下，取消农业税，必然进一步加重地方财政危机。其一，乡镇机构精简下来的人要买断工龄，这部分钱只能从财政中开支；其二，吃财政饭的教师队伍也仍然由县乡财政出钱，这部分所占比例在很多地方超过乡镇财政总额的50%；其三，乡镇政权仍然在进人，尤其是新分配来的大学生、大专生，这也是干部年轻化、专业化的需要，这部分人也要吃财政饭。新旧干部加在一起，财政负担在有的地方不减反增。
另外一个因素是债务危机。前几年经济开发区等兴起，县乡政权为谋政绩，纷纷搞基建，圈地建开发区等，这些由政府主导的经济行为，不仅造成了大量资源浪费，而且由于不少是向银行贷款或是向私人借款，欠下了很多债务。再加上一些历史遗留，基层政权的负债现象已经十分突出，取消农业税之后，债务偿还能力更加虚弱。
在村一级，多年来农村兴办农田水利设施建设、农村基金合作会、农业开发等生产公益事业，以及兴办工商企业等原因也形成了乡村大量负债现象。农村税费改革前，乡村除从经营性收入外还要从收上来的“乡统筹、村提留”中拿出一部分来偿还债务。改革后，乡村可用财力下降，筹资数量和筹资数额减少，偿还能力受到很大限制，偿债压力非常大。
目前在中西部地区，平均每个乡债务是500万，典型的乡超过1000万。据称，现在全国每个乡的平均债务是400万，村级是20万到100万不等。平摊到每个村民的人头上，也是一笔不小的数目。
这些财政和债务危机如何化解？在取消农业税和除烟叶之外的农业特产税之后，上级财政必须拿出办法来，加大转移支付力度和加快速度，否则，基层政权会通过不断变通的新方法来自行解决这些危机。那幺，这就很容易走向税费改革本意的反面，重新加重农民负担。
当然，另外一个措施就是基层政权自身的转变，取消农业税，消除基层政权以前较为核心的征税职能，正好给基层政府改革以一个新的契机。
下一步是城乡统一税制？
我国即将取消的现行农业税制是1958年税制改革时建立的。我国的农业税是对从事农业生产取得农业收入的单位和个人，就其取得的常年产量或实际收入所征收的税，是对总收益额征税。新中国成立初期，农民缴纳的税费支撑了中国工业化的初期积累。
近年来，随着工业和服务业的快速发展，农业税在国家财政中的比重逐步变小，全国财政收入中来自农业税的收入从1950年的41%下降到去年不到1%，充其量不会超过两百个亿，而去年的财政收入为26000多个亿。我国市场经济发展到现在，取消农业税，反哺农业，作为我国总体经济战略性的一次大调整，也是水到渠成。
农业税取消之后，中央财政还要在几年之内对农业继续扶助。中央领导人去年提出工业反哺农业的时代已经来临，在现代市场经济社会中，指望企业法人对农业进行反哺不太现实，只有动用计划的手段才可能达到这一目标。如果没有政策扶持，基于经济人理性，企业家不会主动去“献身农村”，在解决三农问题上，理想主义情绪只能是一种情怀，而不能从根本上解决让农民富裕起来的目标。因此，反哺的重任只能也只有政府财政才能承担得起。
基于长期政策的考虑，城乡在未来统一税制是一条公平之路。农业税取消之前，城乡征税制度几乎性质完全不同。同样收入程度的两个中国人，由于城市居民和农村居民的身份之差，前者可以享受低保，每个月定期领取政府补助，而后者不仅无钱可发，还要缴纳税费。中国农民的收入水平决定了从事农业生产的收入基本上是生存性收入，包括口粮、种子、化肥、农药、看病、小孩上学都需要这部分农业产出，这种生存性收入按照国际惯例是不应收取税收的。关键的一个差异就是我国过去对农民不是按照收入水平来收税，而是以产量和人头来定量收税。这就造成了严重的城乡税制的不平等。
然而，城乡统一税制不可能一蹴而就，现今时机尚不成熟。原因在于取消农业税之后，农村需要几年的调整期。这也与农民总体收入水平紧密相连。以收取个人所得税为例，城里把800元作为起征点，工资卡上有注明，征税成本电子化，低廉快捷；而在农村，如何量化这个标准，一时都不好界定，何况，即使农民个人月收入超过800元，考虑到在农村约20%的征税成本，亦是“吃力不讨好”，且作为反哺时代的一种策略，也应该使这种对农民好不容易得来的税收福利持久一些，这其实就是以现今看似不公平的措施纠偏，以达到历史性的公平。
取消农业税的基本思路是，在农业生产环节一律免征，只对进入流通和消费环节的农产品征税，也就是说农产品不上市不征税。对上市的农产品征什幺税，是征农产品税，征营业税，还是增值税，这是另一个大课题，有待纳入城乡统一税制的历程中加以衡量。
统一城乡税制，最终还是要对农民征税。这主要是对富裕起来之后的农民征税，农民有缴税的能力了，该缴的仍然应该缴，不然这种政策的差异会引发大面积征税作弊现象，造成国家财政受到不必要的损失。但这至少需要几年的过程，如果马上统一城乡税制，恐会抵消取消农业税所带来的政策效应，影响农村*稳定。
从这个意义上而言，税制的转型对于未来农村的经济和社会发展具有不可低估的作用。转得好，有利于打破城乡二元

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