、一般性转移支付、各项结算补助和其他补助等，种类过多，错综复杂，政策指向不明确，多年沿袭的财政体制利益交错，得不到良好的解决。转移支付形式种类繁多，补助对象涉及各行业，缺乏统一、严密的制度，资金分配的标准或依据尚不够科学，造成专款的分配过程不透明，资金零星分散，难以发挥财政资金的规模效应。这种多形式转移支付制度，不可避免地使各级政府所承担的公共事务划分不稳定，省以下地方各级政府所承担的公共事务与其财力不匹配。
从专项补助来说，由于专项转移支付涉及基础建设、教育科技、农村农民、文化卫生、社会保障、劳动就业等较多方面，有的专项过多，如卫生专项转移支付几近巧立名目，杂乱无章；有的专项太少，如基础教育、科研、环保等方面，资金零星分散，难以重点突出。同时，上级专项补助地方支出的项目几乎涵盖所有预算科目，有的项目设置依据不足，失去政策导向作用；有的分类不科学，交叉重复，改变了原意；有的用途不明，事权界限模糊等等。并且，专项资金的分配使用缺乏事权依据，分配方法缺乏严格的制度约束，随意性大，客观性差，容易发生“寻租行为”。
(三)影响地方预算的完整性
目前由于上级政府在安排补助下级专项补助资金时的预算不细化、用途较模糊，而且预算管理不透明、资金分配随意性较大，致使下级政府无法全面掌握上级补助地方支出的规模和种类，在年初的预算安排中也无法准确编入上级补助的收入和支出预算。对于地方来说，每年的转移支付是不可预测的，年初不能知道转移支付的数量，无法和地方自主财力一起统筹考虑使用。同时，不稳定的专项转移支付分配，使下级财政对上级财政的转移支付难以准确预测，在编制年度预算时无法纳入当年的财力安排，影响了预算的全面性和完整性。
此外，中央有些属于自身职能范围的支出政策，中央只通过转移支付安排一部分资金，其他的要求地方安排配套资金。由于地方的财力年初预算已经有所安排，如果安排配套资金，对地方预算将造成较大冲击。
(四)增加地方政府利息负担
再者就是转移支付的拨付不及时，地方不得不靠银行贷款使资金按时到位，由此背上沉重的债务和利息负担，更增加了地方的财力紧张程度。如社会保障专项转移支付，由于地方自身社保基金收不抵支，和自由财力不足，必须依靠上级财政专项转移支付来提供保障，如果上级财政的专项转移支付资金不及时到位，下级为按时兑现落实政策，除财政拿出一部分进行补助外，大部分基金缺口需向银行贷款解决，因此背上了沉重的债务包袱和利息负担，更为为严重的是，地方财政并未将债务收支列入预算，因此债务负担自然也就成为地方财政的无形缺口，当勉强维持政府运转的地方财政在偿还债务的情况下，必然挤占用来保工资、保运转、保稳定的资金，甚至诱发专项资金的违规和错位，严重侵蚀财政的根基。
四、创新现行财政转移支付制度的若干建议
创新现行的财政转移支付制度，首先要实现转移支付制度的功能复位。财政转移支付制度的主要功能就是纵向或横向平衡财政。但是，中国现行的财政转移支付的这种作用并不明显：财政转移支付的的趋势是向财力发达地区集中，转移支付资金中真正用于均等化的不多，没有起到保证最低社会公共服务的作用。产生此现象的一个重要原因在于转移支付的规定和做法杂乱无序，很不规范。因此，要调整并规范财政转移支付，使转移支付制度从形式到内容都符合规范化要求。
(一)短期思路：调整规范，合并相类似的项目，将已固化的专项并入一般性转移支付等
简化转移支付种类，实行规范的转移支付形式，首先应分类处理，将具有一般目的转移支付性质的资金纳入过渡期转移支付，以确保资金的公平合理分配。对具有专项转移支付性质的资金，应纳入专项拨款的范围，根据成本补偿或其他原则，针对特殊政策目标进行分配。同样，决算补助也要根据情况，能进体制基数的进基数，对其中具有财力补助性质的资金要纳入过渡期转移支付中。
其次，应根据我国的情况，确定合理的转移支付形式。转移支付形式的选择主要依据两条原则：一是在近期如何有利于新旧体制的衔接；二是我国现阶段的实际情况。建议，我国的转移支付可分为如下四种类型：1、税收返还。为了保持制度的延续性和稳定性，不对地方财政情况造成剧烈的冲击，从目前的情况看，还必须在一定时期内保留税收返还这种形式，等它的比重逐渐下降到一定程度时，再予以取消。2、一般性的转移支付或称均等化拨款。在分配方法上，采用因素法，根据各地的客观差异，确定不同的参数变量，再按照有关法定公式对各地区的补助额进行测算。在扩大“过渡期转移支付办法”规模，逐渐完善计算方法的基础上，以之为主体形成我国的均等化拨款。3、专项拨款。应该大力规模现有的专项拨款，使之成为国家在环保、产业等各个方面对地方政府加以引导，进行宏观调控的重要手段。 4、分类拨款。建议设立分类拨款来贯彻国家的宏观产业政策和区域经济政策，主要是对地方的农业开发、交通运输、通信、能源、原材料和教育、科技等方面的经济发展和社会事业特定项目进行补助。
再次是应结合外部环境的变化和转变管理机制的要求，清理现行专项转移支付项目，使项目的设置更科学、合理。该项工作的重点为：规范政府行为，取消不合理的专款项目，如用于支持生产性企业的科技三项费用等；将部分具有财力补助性质、宏观调控作用不明显的专项补助改为一般财力补助，作为中央对地方一般转移支付时考虑的调整因素。具体上，可将现有专项转移支付项目分为取消类、整合类、固定数额类、保留类等四种类别，并分别处理。对到期项目、一次性项目以及按照新形势不需要设立的项目，予以取消；对使用方向一致、可以进行归并的项目予以整合；对每年数额固定，且分配到各省数额固定的项目，调整列入财力性转移支付；对符合新形势需要的项目继续予以保留。目前中央财政加大对教育、社会保障、医疗卫生等关乎民生的社会事业投入力度大多采取增加专项转移支付的方式，这是符合当前政策和管理方式需要的。从长远看，管理制度完善后，一些专项转移支付可以自然形成地方支出基数，相当于财力性转移支付。
(二)长期思路：纳入到整个财政

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