企业经营”的矛盾，并在此基础上，把资本主义划分为科学技术人员和资本家两大阶级，认为解决资本主义经济制度矛盾的方法就是让科学技术人员掌握经济控制权。他把制度变迁的动力从个人主义的“理性选择”转变为人的“本能行为”，尽管有时他也认为技术是根本性的。而康芒斯则指出，个人主义方法论和唯物辩证法都有缺陷，因为：“极端个人主义和极端集体主义经济学都想消灭冲突，极端个人主义期望在私有财产基础上的未来利益协调；极端集体主义期望在集体财产基础上未来利益的协调。它们都不是对现有冲突以及怎样从冲突中产生秩序的科学研究。”所以他的经济学方法论就是要达到个人主义和集体主义学说调和一致。但理论经济学在他那里变成了僻释交易现象的经济学，制度变迁的动力也被归结为立法和司法机构规定的制度规则和惯例、习俗的改变，最终陷入了唯心主义。
最后，老制度经济学在批判个人主义方法论过于强调个人理性选择行为的同时，也否定了个人行动在经济活动中的能动作用和基础地位，从而走向了另一极端，即片面强调制度对人的制约作用，把个人行为看作是既定的环境、习惯和规范等制度约束的结果，人类行为很大程度上是根据其日常生活的固定模式建立的、更为特殊的习惯和常规问题。这使得他们无法科学说明个体与整体的内在联系机制，及个人与制度之间的辩证关系，因此，它们的整体思维方法本质上是形而上学的。
由此可见，老制度经济学的方法论属于恩格斯所说的这样一种方法论：“旧的、还没有被排挤掉的唯心主义历史观不知道任何基于物质利益的阶级斗争，而且根本不知道任何物质利益；生产和一切经济关系，在它那里只是被当作‘文化史’的从属因素顺便提一下。lOCaLhOsT”其本质上是唯心的和形而上学的。
他们反对个人主义方法论在从抽象的人性出发建立经济体系的同时，也把历史关系抽象掉了的做法，而他们自己“虽然承认历史现象的规律性，但不能把这些现象的演进看作自然历史过程。”之所以如此，“这是因为他们只限于指出人的社会思想和目的，而不善于把这些思想和目的归结于物质的社会关系。”正是基于此，马克思经济学的制度分析方法才不能简单归结为整体主义方法论。马克思经济学制度分析的根本方法是唯物史观与辩证法的有机结合。
他虽然也从有机整体上考察制度的形成与变迁，但他是在唯物史观的基础上，对构成社会有机整体的各种关系进行科学抽象，从复杂的社会关系中抽出反映人与人之间物质利益关系的“经济制度”，即社会生产关系，并将其作为制度分析的核心内容，然后把社会生产关系归结为生产力，同时联系上层建筑，对资本主义社会制度形成及其变迁展开研究。可见，马克思制度分析的方法论是唯物辩证法。